+
Open data
-
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6v1a | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | immune receptor complex | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Immune receptor | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationinduction of bacterial agglutination / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / fibrinogen complex / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity ...induction of bacterial agglutination / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / fibrinogen complex / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / blood coagulation, fibrin clot formation / positive regulation of memory T cell differentiation / cellular response to leptin stimulus / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / CD4 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / MyD88 deficiency (TLR2/4) / intermediate filament / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / extracellular matrix structural constituent / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / T-helper 1 type immune response / plasminogen activation / transport vesicle membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / positive regulation of vasoconstriction / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of exocytosis / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / protein polymerization / cellular response to interleukin-1 / epidermis development / Integrin cell surface interactions / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / detection of bacterium / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / T cell receptor binding / fibrinolysis / negative regulation of T cell proliferation / Integrin signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / MHC class II antigen presentation / platelet alpha granule lumen / cell-matrix adhesion / trans-Golgi network membrane / positive regulation of protein secretion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / response to calcium ion / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / platelet aggregation / cognition / positive regulation of protein phosphorylation / Interferon gamma signaling / Signaling by RAF1 mutants / MHC class II protein complex binding / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / endocytic vesicle membrane / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / Platelet degranulation / extracellular vesicle / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / : / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | |||||||||
Authors | Lim, J.J. / Rossjohn, J. | |||||||||
| Funding support | Australia, 1items
| |||||||||
Citation | Journal: Sci Immunol / Year: 2021Title: The shared susceptibility epitope of HLA-DR4 binds citrullinated self-antigens and the TCR. Authors: Lim, J.J. / Jones, C.M. / Loh, T.J. / Ting, Y.T. / Zareie, P. / Loh, K.L. / Felix, N.J. / Suri, A. / McKinnon, M. / Stevenaert, F. / Sharma, R.K. / Klareskog, L. / Malmstrom, V. / Baker, D.G. ...Authors: Lim, J.J. / Jones, C.M. / Loh, T.J. / Ting, Y.T. / Zareie, P. / Loh, K.L. / Felix, N.J. / Suri, A. / McKinnon, M. / Stevenaert, F. / Sharma, R.K. / Klareskog, L. / Malmstrom, V. / Baker, D.G. / Purcell, A.W. / Reid, H.H. / La Gruta, N.L. / Rossjohn, J. | |||||||||
| History |
|
-
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
Downloads & links
-
Download
| PDBx/mmCIF format | 6v1a.cif.gz | 406.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6v1a.ent.gz | 293.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6v1a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6v1a_validation.pdf.gz | 507.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6v1a_full_validation.pdf.gz | 522.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6v1a_validation.xml.gz | 35.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6v1a_validation.cif.gz | 48.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1a | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6v0yC ![]() 6v13C ![]() 6v15C ![]() 6v18C ![]() 6v19C ![]() 6bilS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||||||
| Unit cell |
|
-
Components
-HLA class II histocompatibility antigen, ... , 2 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 21919.594 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-DRA, HLA-DRA1 / Cell line (production host): HEK 293S / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01903 |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 23080.488 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-DRB1 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P13760, UniProt: P01911*PLUS |
-Protein , 2 types, 2 molecules DE
| #4: Protein | Mass: 22871.131 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|---|
| #5: Protein | Mass: 27609.865 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 4 molecules C

| #3: Protein/peptide | Mass: 1292.445 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P02675*PLUS |
|---|---|
| #6: Sugar |
-Non-polymers , 3 types, 310 molecules 




| #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | ChemComp-NA / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.89 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M trisodium citrate, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 22, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.29→49.24 Å / Num. obs: 49925 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 40.9864860328 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.7 |
| Reflection shell | Resolution: 2.29→2.36 Å / Num. unique obs: 4179 / CC1/2: 0.812 / % possible all: 91.1 |
-
Processing
| Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6BIL Resolution: 2.29→43.72 Å / SU ML: 0.253021454426 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.5391670115
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 53.6986682417 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→43.72 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 1items
Citation















PDBj






















