PDB-6uui: Crystal structure of the heterocomplex between coil 2B domains of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uui

タイトル

Crystal structure of the heterocomplex between coil 2B domains of wild-type keratin 1 (KRT1) and keratin 10 (KRT10) containing mutation Cys401Ala

要素

Keratin, type I cytoskeletal 10
Keratin, type II cytoskeletal 1

キーワード

PROTEIN FIBRIL / intermediate filament / cytoskeleton / skin / coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of epidermis development / structural constituent of skin epidermis / keratin filament / Keratinization / complement activation, lectin pathway / intermediate filament organization / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.069 Å

データ登録者

Lomakin, I.B. / Bunick, C.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	K08AR070290	米国
Other private	Foundation for Ichthyosis and Related Skin Types	米国

引用

ジャーナル: Yale J Biol Med / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of Keratin 1/10(C401A) 2B Heterodimer Demonstrates a Proclivity for the C-Terminus of Helix 2B to Form Higher Order Molecular Contacts.
著者: Lomakin, I.B. / Hinbest, A.J. / Ho, M. / Eldirany, S.A. / Bunick, C.G.

履歴

登録	2019年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6uui.ent.gz	120.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6uui_full_validation.pdf.gz	319.8 KB	表示
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CIF形式データ	6uui_validation.cif.gz	4.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/6uui	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zryS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6f62-d 2e7s-5 2xzr-1 2e7s-10 6xi3-d 4cc0-1 4cbz-1 4cc1-1 2e7s-7 5ctd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Keratin, type II cytoskeletal 1

X: Keratin, type I cytoskeletal 10

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.124, 100.124, 224.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-656- HOH

#1: タンパク質

Keratin, type II cytoskeletal 1 / 67 kDa cytokeratin / Cytokeratin-1 / CK-1 / Hair alpha protein / Keratin-1 / K1 / Type-II keratin Kb1

分子量: 13850.421 Da / 分子数: 1 / 断片: 2B domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRT1, KRTA / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04264

#2: タンパク質

Keratin, type I cytoskeletal 10 / Cytokeratin-10 / CK-10 / Keratin-10 / K10

分子量: 14102.493 Da / 分子数: 1 / 断片: 2B domain / Mutation: C401A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRT10, KPP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13645

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.97 %
結晶化	温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Ammonium phosphate dibasic, Tris, N-octyl-B-D-glucoside

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日

放射

モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.0689→100 Å / Num. obs: 41346 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 58.7223753258 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.162 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.07-2.11	10.7	6.295	2004	0.107	1.978	6.606	0.937	98.6
2.11-2.14	10.8	4.894	2008	0.31	1.536	5.135	0.855	98.9
2.14-2.19	10.6	5.029	2017	0.321	1.591	5.281	0.864	99
2.19-2.23	10.5	3.931	2016	0.432	1.252	4.131	0.881	99
2.23-2.28	10.1	3.037	2012	0.579	0.992	3.2	1.07	98.7
2.28-2.33	9.6	2.243	2019	0.665	0.748	2.369	0.951	99.1
2.33-2.39	11	1.672	2028	0.75	0.52	1.753	0.89	99.3
2.39-2.45	11	1.226	2019	0.791	0.378	1.284	0.916	99.4
2.45-2.53	10.9	0.971	2030	0.868	0.303	1.018	0.962	99.3
2.53-2.61	10.8	0.666	2043	0.931	0.209	0.699	1.023	99.6
2.61-2.7	10.6	0.531	2059	0.956	0.169	0.558	1.108	99.5
2.7-2.81	9.8	0.424	2047	0.966	0.14	0.447	1.144	99.4
2.81-2.94	10.6	0.296	2063	0.982	0.095	0.312	1.279	99.6
2.94-3.09	11.2	0.211	2052	0.988	0.066	0.221	1.39	99.8
3.09-3.29	10.9	0.162	2077	0.987	0.051	0.17	1.543	99.8
3.29-3.54	10.6	0.125	2109	0.993	0.041	0.132	1.762	99.8
3.54-3.9	10.1	0.101	2108	0.994	0.033	0.106	1.695	99.7
3.9-4.46	11.1	0.083	2125	0.995	0.027	0.088	1.64	100
4.46-5.62	10.1	0.07	2170	0.997	0.023	0.074	1.261	99.6
5.62-100	10.1	0.057	2340	0.998	0.02	0.061	0.977	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZRY

4zry

解像度: 2.069→48.8648485788 Å / SU ML: 0.403595528138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33335827305 / 位相誤差: 38.2322970729

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276910471286	2062	5.00315426797 %
R_work	0.250342981498	-	-
obs	0.25174692579	41214	99.2653965654 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 123.819188818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.069→48.8648485788 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1731	0	26	107	1864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00385866497699	1785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.611012842497	2396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0293374473061	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00241519526848	318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.7110693992	1137

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.069-2.117	0.500193376293	133	0.459249614237	2486	X-RAY DIFFRACTION	96.820702403
2.117-2.17	0.470398454305	126	0.412169973825	2560	X-RAY DIFFRACTION	98.7137081955
2.17-2.2287	0.464236910068	131	0.403594536507	2541	X-RAY DIFFRACTION	98.7800369686
2.2287-2.2942	0.42310008188	108	0.375889816014	2549	X-RAY DIFFRACTION	98.516870597
2.2942-2.3683	0.354567814965	149	0.356176449113	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.152854512
2.3683-2.4529	0.358813156165	121	0.317211999771	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.5596330275
2.4529-2.5511	0.386721412609	132	0.331587654403	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.4141340168
2.5511-2.6672	0.300867092645	142	0.300005312044	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.6706915477
2.6672-2.8079	0.299643638365	132	0.289358943157	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.4907238996
2.8079-2.9837	0.320056039868	127	0.273795087162	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.7450837582
2.9837-3.2141	0.312654774959	143	0.294118756494	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.9281092739
3.2141-3.5374	0.32349762801	145	0.260421648053	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.964054637
3.5374-4.0491	0.243832660929	155	0.215430683352	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.8930481283
4.0491-5.1006	0.197398149433	157	0.195498493395	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.9303135889
5.1006-48.86	0.275847127953	161	0.233198968731	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.4422572178

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0197773633574	-0.0132261200576	-0.022452070297	0.0200276184671	0.02348455064	0.0225879079776	0.225845278617	0.296511870698	-0.365792552575	-0.102116267888	0.0569738737085	-0.203986942726	0.338789362953	0.0610632166168	-0.00110069345506	2.06739863314	-0.458626267333	-0.58109912535	2.47404654851	0.456370367458	3.05625172794	-56.6158426329	72.8944651551	310.302836835
2	0.072750974797	0.0868930802482	-0.122034119507	0.118160039009	-0.19075083186	0.26092892706	-0.516333684374	-0.853103976269	0.401037797358	1.6065181345	-0.4565500775	1.50344011089	-0.0713589172164	-1.21295064239	-0.0110338564254	0.971180870043	-0.0203735763099	0.2579946333	1.32939496153	-0.564045210247	1.08000035032	-51.3207953714	58.2194583144	301.131315986
3	0.485054552726	-0.656366940949	-0.191975258042	-0.110595100664	1.0901043212	0.270411408234	-0.146599522015	-0.0243349078522	-0.0670036325142	0.997640135098	0.328850589027	0.207610866126	1.50243698635	0.912786118946	-0.00298238187647	0.910514759439	0.147675932645	-0.0829064708538	0.858882057967	-0.256119089108	0.751890458743	-39.4211125847	31.3890691745	273.642843829
4	0.531675489365	-0.256286164898	-0.388384681647	0.457561131946	-0.0499014179387	0.473552140592	-0.516641324584	-0.504004269529	-0.0714455824067	0.0402473797382	0.384735593037	-0.111302391262	0.205534037562	0.675595299686	-0.000235969177669	0.705551165766	0.12481635737	-0.0308423295654	0.650987927823	-0.039358991103	0.573987744658	-35.4226811868	0.95633718326	236.288123374
5	1.82565156755	-1.41645698791	-0.803352385627	1.89306919579	0.427650484896	0.691510916579	-0.883633942415	1.43128090469	-1.28271177937	-1.09423463747	-0.0366340090339	0.430914768432	0.664515905186	-0.930439223917	-0.376803431681	1.4536429045	-0.487059836499	0.348140561903	1.05200291497	-0.439816361032	0.997707601647	-45.4265093953	-18.1071630647	210.458786061
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain C and resid 383:387)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain C and resid 388:405)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 406:443)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain C and resid 444:467)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 468:489)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain X and resid 349:352)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain X and resid 353:375)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain X and resid 376:407)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain X and resid 408:438)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain X and resid 439:456)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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