PDB-6xi3: Crystal structure of tetra-tandem repeat in extending region of l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xi3

タイトル

Crystal structure of tetra-tandem repeat in extending region of large adhesion protein

要素

Large adhesion protein (Lap) involved in biofilm formation

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Adhesion protein / bacterial adhesin / Calcium-binding protein / beta-sandwich domains / Ig-like domain

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinobacter hydrocarbonoclasticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ye, Q. / Vance, T.D.R. / Davies, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2020
タイトル: Essential role of calcium in extending RTX adhesins to their target.
著者: Vance, T.D.R. / Ye, Q. / Conroy, B. / Davies, P.L.

履歴

登録	2020年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xi3.cif.gz	99.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xi3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xi3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/6xi3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/6xi3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xi1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uui-d 6h9l-d 3u0c-d 4zxq-2 4cc0-1 4zxq-1 4cc1-1 4cbz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Large adhesion protein (Lap) involved in biofilm formation

ヘテロ分子

41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.833, 45.631, 58.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.994, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-926- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Large adhesion protein (Lap) involved in biofilm formation 分子量: 40549.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinobacter hydrocarbonoclasticus (strain ATCC 49840 / DSM 8798 / SP17) (バクテリア) 株: ATCC 49840 / DSM 8798 / SP17 / 遺伝子: MARHY3363 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H8W6K8

#1: タンパク質

Large adhesion protein (Lap) involved in biofilm formation

分子量: 40549.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Marinobacter hydrocarbonoclasticus (strain ATCC 49840 / DSM 8798 / SP17) (バクテリア)
株: ATCC 49840 / DSM 8798 / SP17 / 遺伝子: MARHY3363 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H8W6K8

-
非ポリマー , 7種, 509分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-EDT / {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID / EDTA 分子量: 292.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₈
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 6000, sodium acetate, sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.7712 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日 / 詳細: Ultra-low expansion titanium siliicate flat mirror
放射	モノクロメーター: DCM, Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35779 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.218 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2310 / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.144 / R_rim(I) all: 0.493 / Χ²: 0.69 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→46.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 4.059 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2308	1769	4.944 %
R_work	0.1791	34009	-
all	0.182	-	-
obs	-	35778	99.05 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.192 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.931 Å²	-0 Å²	3.106 Å²
2-	-	1.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.887 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→46.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2638	0	42	498	3178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.637	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.56	1.58	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.116	5	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.765	27.981	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.932	15	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.501	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.144	0.2	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.157	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.072	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.104	2.799	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.092	2.798	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.76	4.185	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.76	4.187	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.474	3.171	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.473	3.174	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.019	4.606	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.018	4.609	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.105	38.532	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.806	37.212	2817

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.273	136	0.242	2173	X-RAY DIFFRACTION	87.5948
2.052-2.108	0.277	143	0.215	2427	X-RAY DIFFRACTION	99.6897
2.108-2.169	0.259	125	0.206	2443	X-RAY DIFFRACTION	99.9611
2.169-2.236	0.254	131	0.194	2250	X-RAY DIFFRACTION	99.958
2.236-2.309	0.249	112	0.181	2263	X-RAY DIFFRACTION	99.9159
2.309-2.39	0.239	124	0.178	2173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.286	115	0.168	2089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.582	0.254	99	0.171	2020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.696	0.217	93	0.172	1972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.828	0.225	97	0.171	1855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.981	0.197	82	0.169	1788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.981-3.161	0.21	77	0.175	1659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.161-3.379	0.228	77	0.194	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.379-3.65	0.235	75	0.202	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.998	0.209	63	0.179	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
3.998-4.469	0.246	55	0.156	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
4.469-5.158	0.172	56	0.142	1101	X-RAY DIFFRACTION	100
5.158-6.313	0.226	50	0.181	933	X-RAY DIFFRACTION	100
6.313-8.911	0.206	38	0.158	740	X-RAY DIFFRACTION	100
8.911-9.56	0.215	21	0.153	430	X-RAY DIFFRACTION	99.3392

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