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Yorodumi- PDB-6uri: HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uri | ||||||
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Title | HIV-1 Nef in complex with the CD4 cytoplasmic domain and the AP2 clathrin adaptor complex | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / CD4 | ||||||
Function / homology | Function and homology information virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / VLDLR internalisation and degradation / Retrograde neurotrophin signalling / Nef Mediated CD8 Down-regulation / protein trimerization / clathrin adaptor complex / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / low-density lipoprotein particle clearance / MHC class II antigen presentation / AP-2 adaptor complex / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / regulation of vesicle size / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Recycling pathway of L1 / maintenance of protein location in cell / peptidase activator activity / clathrin coat assembly / T cell selection / Retrograde neurotrophin signalling / Formation of annular gap junctions / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle / Gap junction degradation / LDL clearance / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / suppression by virus of host autophagy / vesicle budding from membrane / MHC class II protein binding / membrane coat / clathrin-dependent endocytosis / membrane organization / coronary vasculature development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / CD4 receptor binding / signal sequence binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / thioesterase binding / endolysosome membrane / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / aorta development / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of T cell activation / ventricular septum development / Neutrophil degranulation / T cell receptor complex / extracellular matrix structural constituent / low-density lipoprotein particle receptor binding / Other interleukin signaling / clathrin binding / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / host cell Golgi membrane / MHC class I protein binding / Recycling pathway of L1 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / regulation of calcium ion transport / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / regulation of endocytosis / Generation of second messenger molecules / synaptic vesicle endocytosis / T cell differentiation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PD-1 signaling / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / clathrin-coated pit / vesicle-mediated transport / regulation of calcium-mediated signaling / viral life cycle / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / MHC class II antigen presentation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Jia, X. / Kwon, Y. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: Structural basis of CD4 downregulation by HIV-1 Nef. Authors: Kwon, Y. / Kaake, R.M. / Echeverria, I. / Suarez, M. / Karimian Shamsabadi, M. / Stoneham, C. / Ramirez, P.W. / Kress, J. / Singh, R. / Sali, A. / Krogan, N. / Guatelli, J. / Jia, X. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6uri.cif.gz | 766 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6uri.ent.gz | 534.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6uri.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6uri_validation.pdf.gz | 260.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6uri_full_validation.pdf.gz | 260.3 KB | Display | |
Data in XML | 6uri_validation.xml.gz | 1.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6uri_validation.cif.gz | 14.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/6uri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/6uri | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-AP-2 complex subunit ... , 4 types, 4 molecules ASBM
#1: Protein | Mass: 72069.844 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Ap2a2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q66HM2, UniProt: P18484*PLUS |
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#2: Protein | Mass: 17066.701 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AP2S1, AP17, CLAPS2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P53680 |
#4: Protein | Mass: 69473.812 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AP2B1, ADTB2, CLAPB1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63010 |
#5: Protein | Mass: 15518.836 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AP2M1, CLAPM1, KIAA0109 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q96CW1 |
-Protein , 2 types, 2 molecules ND
#3: Protein | Mass: 21032.518 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Gene: nef / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q90VU7, UniProt: P03406*PLUS |
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#6: Protein | Mass: 6881.758 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B4DT49, UniProt: P01730*PLUS |
-Non-polymers , 1 types, 2 molecules
#7: Water | ChemComp-HOH / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.94 % / Description: Rods |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch / pH: 6.9 Details: 15% Peg 4000, 0.2M potassium chloride, ~10% 1,6-hexanediol, 0.1M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-2 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 8, 2019 |
Radiation | Monochromator: Si 111 double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 41865 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 16 % / Biso Wilson estimate: 90.23 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.296 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.8 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.11 Å / Redundancy: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4189 / CC1/2: 0.366 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.999 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2XA7, 4EMZ Resolution: 3→48.82 Å / SU ML: 0.3956 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.5837
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 118.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→48.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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