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- PDB-6urh: Crystal structure of broadly neutralizing antibody AR3X in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6urh
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody AR3X in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain
要素
  • AR3X Heavy Chain
  • AR3X Light Chain
  • HCV envelope glycoprotein E2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1
類似検索 - ドメイン・相同性
Core protein precursor / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus C (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127469 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: An ultralong CDRH2 in HCV neutralizing antibody demonstrates structural plasticity of antibodies against E2 glycoprotein.
著者: Flyak, A.I. / Ruiz, S.E. / Salas, J. / Rho, S. / Bailey, J.R. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2019年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: HCV envelope glycoprotein E2
H: AR3X Heavy Chain
L: AR3X Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1218
ポリマ－79,7433
非ポリマー3,3785
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.730, 69.231, 176.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 CH

#1: タンパク質 HCV envelope glycoprotein E2


分子量: 29116.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus C (ウイルス) / プラスミド: pCMV / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293-6E / 参照: UniProt: A0A2P0NE21, UniProt: A0A2P0NE26*PLUS
#2: タンパク質 AR3X Heavy Chain


分子量: 27450.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293-6E

-
抗体 / 非ポリマー , 2種, 203分子 L

#3: 抗体 AR3X Light Chain


分子量: 23175.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293-6E
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 5種, 5分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b3-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % / Mosaicity: 0.46 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.25 M ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→64.73 Å / Num. obs: 40956 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 44.39 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 243765 / Scaling rejects: 194
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Num. measured all: 20579 / Num. unique obs: 3516 / CC1/2: 0.375 / Rpim(I) all: 0.626 / Rrim(I) all: 1.537 / Net I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLM7.2.2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MWF, 6MEI

4mwf

6mei


解像度: 2.2→54.493 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 1965 4.81 %
Rwork0.1865 38918 -
obs0.1887 40883 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.27 Å2 / Biso mean: 58.4741 Å2 / Biso min: 23.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→54.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4697 0 225 202 5124
Biso mean--99.77 51.72 -
残基数----616
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2550.35831490.29842747100
2.255-2.3160.36731430.3115271398
2.316-2.38420.32951240.2788273799
2.3842-2.46110.31661300.25552734100
2.4611-2.54910.30841370.2412766100
2.5491-2.65110.29291430.232274599
2.6511-2.77180.28641210.22292798100
2.7718-2.91790.27161320.2152274499
2.9179-3.10070.29061380.21252773100
3.1007-3.34010.25011510.18912776100
3.3401-3.67620.20841610.1795275999
3.6762-4.20790.1761380.153279999
4.2079-5.30080.17121500.1294286499
5.3008-54.4930.22071480.1733296399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.15370.44072.4746.4570.00299.39620.025-0.6875-0.30590.32380.167-0.08970.2893-0.2681-0.14970.4377-0.18860.06490.53790.02430.3898-22.901-19.45526.463
25.6463-0.05650.293.0823-1.01452.7242-0.2415-0.6741-0.360.06070.0266-1.098-0.61831.29350.34040.7576-0.2899-0.00410.70220.12170.5345-12.891-13.28422.455
33.5477-0.59041.02413.443-0.28083.7675-0.28480.508-0.312-0.72880.2938-0.11670.3928-0.1342-0.00340.5912-0.28610.05410.5719-0.07230.4252-22.827-21.90912.244
46.46063.17741.12978.5971-2.73175.50780.03320.3115-0.5596-0.3179-0.1332-0.9558-0.00751.14060.08380.5767-0.32010.06980.7592-0.08260.5433-9.684-11.48113.313
54.12982.20864.76922.38722.40375.53770.24660.6370.5922-0.5456-0.1522-0.28461.1283-0.04490.03040.8837-0.27810.08060.7502-0.00240.541-12.178-4.091.278
68.92321.70891.8864.37252.7082.332-0.22710.69140.7104-0.2146-0.47750.0433-0.44260.56130.80110.6418-0.32250.03540.71170.03020.5375-12.515-4.1195.276
70.99530.34881.87922.20141.78617.2569-0.26990.2810.0102-0.34940.2758-0.049-0.35790.1955-0.00360.3604-0.05440.00620.4370.00110.3237-20.389-8.98648.502
83.78-2.91461.5526.4775-1.59023.0245-0.00930.038-0.06280.0457-0.1906-0.11580.03670.18360.21630.13270.0033-0.00030.30170.0050.3276-2.956-20.25280.771
92.20810.87320.75695.6765-1.77825.2532-0.04720.4916-0.404-0.76620.34570.17940.9144-0.3185-0.28650.5424-0.0843-0.07910.5126-0.12250.3947-24.821-29.40752.858
101.2861-0.0190.53534.13682.51846.8170.1039-0.1792-0.2970.0560.18830.03690.41590.0412-0.29640.15840.0303-0.06130.28830.03280.461-15.354-27.51587.549
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 421:438 )C421 - 438
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 439:495 )C439 - 495
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 496:564 )C496 - 564
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 565:624 )C565 - 624
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 625:636 )C625 - 636
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 637:645 )C637 - 645
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 4:142 )H4 - 142
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 143:214 )H143 - 214
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 1:107 )L1 - 107
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 108:213 )L108 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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