PDB-6un0: Crystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96(4-IF) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6un0

タイトル

Crystal structure of photoactive yellow protein (PYP); F96(4-IF) construct with 3-Br-p-coumaric acid chromophore

要素

Photoactive yellow protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / photoactive yellow protein

機能・相同性

機能・相同性情報

photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.85 Å

データ登録者

Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Photochem Photobiol A Chem / 年: 2020
タイトル: Structural and spectroscopic characterization of photoactive yellow protein and photoswitchable fluorescent protein constructs containing heavy atoms.
著者: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6un0.cif.gz	94.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6un0.ent.gz	70.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6un0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6un0_validation.pdf.gz	691.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6un0_full_validation.pdf.gz	692.3 KB	表示
XML形式データ	6un0_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	6un0_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/6un0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6umyC 6umzC 6un2C 6un4C 1nwzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pyp-d 2d01-d 1j56-d 3qn2-d 1doi-d 1zgx-d 1krx-d 6mkt-d 4ica-1 1upd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Photoactive yellow protein

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.891, 65.891, 40.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Photoactive yellow protein / PYP 分子量: 14296.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) 遺伝子: pyp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物	ChemComp-QBV / (2E)-3-(3-bromo-4-hydroxyphenyl)prop-2-enoic acid 分子量: 243.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇BrO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 mM potassium phosphate, pH 6.0, 1 M NaCl; 1.9 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.72929 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.72929 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.85→23.36 Å / Num. obs: 88292 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.274 % / B_iso Wilson estimate: 6.26 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 1.032 / Net I/σ(I): 17.76 / Num. measured all: 1436878 / Scaling rejects: 28

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
0.85-0.87	10.1	1.556	1.2	65337	6505	6469	0.527	1.64	99.4
0.87-0.9	12.032	1.232	1.79	76056	6321	6321	0.704	1.287	100
0.9-0.92	12.71	0.997	2.43	78853	6206	6204	0.776	1.039	100
0.92-0.95	12.88	0.782	3.19	77051	5984	5982	0.862	0.815	100
0.95-0.98	12.931	0.605	4.21	74988	5799	5799	0.921	0.63	100
0.98-1.02	14.267	0.471	5.86	80440	5639	5638	0.955	0.488	100
1.02-1.05	15.012	0.38	7.46	81153	5407	5406	0.975	0.393	100
1.05-1.1	15.74	0.28	10.36	82368	5233	5233	0.986	0.289	100
1.1-1.15	17.301	0.221	13.45	86541	5005	5002	0.992	0.227	99.9
1.15-1.2	20.676	0.184	17.79	99615	4818	4818	0.995	0.188	100
1.2-1.27	20.583	0.159	20.19	93796	4557	4557	0.996	0.163	100
1.27-1.34	20.314	0.136	22.97	87372	4301	4301	0.997	0.14	100
1.34-1.44	19.055	0.117	26	77745	4080	4080	0.997	0.12	100
1.44-1.55	21.313	0.095	33.72	80520	3778	3778	0.999	0.097	100
1.55-1.7	20.95	0.08	39.24	72990	3484	3484	0.999	0.082	100
1.7-1.9	19.918	0.063	46.65	63080	3167	3167	0.999	0.065	100
1.9-2.2	19.342	0.051	54.86	54022	2793	2793	0.999	0.053	100
2.2-2.69	20.674	0.047	62.6	49017	2371	2371	0.999	0.048	100
2.69-3.8	18.914	0.042	66.87	34897	1845	1845	1	0.043	100
3.8-23.36	20.15	0.04	73.16	21037	1047	1044	0.999	0.041	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13rc2_2986	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NWZ

1nwz

解像度: 0.85→23.36 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 11.79

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1333	4383	4.97 %
R_work	0.1239	-	-
obs	0.1243	88220	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.56 Å² / B_iso mean: 10.0648 Å² / B_iso min: 2.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 0.85→23.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	987	0	17	129	1133
B_iso mean	-	-	5.59	17.81	-
残基数	-	-	-	-	126

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
0.85-0.8595	0.2666	134	0.2589	2688	96
0.8595-0.8697	0.2723	147	0.2444	2758	100
0.8697-0.8803	0.2287	149	0.2259	2815	100
0.8803-0.8914	0.2166	145	0.2087	2763	100
0.8914-0.9031	0.2289	148	0.1953	2815	100
0.9031-0.9155	0.1914	143	0.1895	2728	100
0.9155-0.9286	0.1741	146	0.1761	2809	100
0.9286-0.9424	0.1902	145	0.1646	2818	100
0.9424-0.9572	0.1749	146	0.1597	2760	100
0.9572-0.9729	0.1636	143	0.1434	2775	100
0.9729-0.9896	0.13	146	0.1283	2806	100
0.9896-1.0076	0.1326	148	0.1201	2766	100
1.0076-1.027	0.1271	150	0.1143	2804	100
1.027-1.048	0.117	146	0.1087	2796	100
1.048-1.0708	0.1047	140	0.0988	2802	100
1.0708-1.0957	0.0949	146	0.0961	2772	100
1.0957-1.1231	0.1008	145	0.0891	2782	100
1.1231-1.1534	0.0841	146	0.0863	2817	100
1.1534-1.1874	0.0903	149	0.0824	2796	100
1.1874-1.2257	0.1079	145	0.0841	2782	100
1.2257-1.2695	0.1154	147	0.0878	2817	100
1.2695-1.3203	0.1062	141	0.0884	2788	100
1.3203-1.3804	0.105	148	0.0893	2802	100
1.3804-1.4532	0.1119	149	0.0918	2796	100
1.4532-1.5442	0.0999	148	0.0942	2812	100
1.5442-1.6634	0.1194	146	0.1011	2802	100
1.6634-1.8307	0.1274	151	0.11	2821	100
1.8307-2.0955	0.1224	145	0.1195	2816	100
2.0955-2.6395	0.1452	150	0.1399	2843	100
2.6395-23.36	0.1581	151	0.1552	2888	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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