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万見
- PDB-6umt: High-affinity human PD-1 PD-L2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6umt
タイトルHigh-affinity human PD-1 PD-L2 complex
要素
  • Programmed cell death 1 ligand 2
  • Programmed cell death protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-1 / PD-L2 / immune checkpoint
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / humoral immune response / negative regulation of type II interferon production ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / humoral immune response / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / regulation of immune response / endomembrane system / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / membrane => GO:0016020 / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Programmed cell death protein 1 / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1 / Programmed cell death 1 ligand 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.986 Å
データ登録者Tang, S. / Kim, P.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: A high-affinity human PD-1/PD-L2 complex informs avenues for small-molecule immune checkpoint drug discovery.
著者: Tang, S. / Kim, P.S.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
B: Programmed cell death 1 ligand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4033
ポリマ－29,3782
非ポリマー241
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.291, 67.798, 89.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / hPD-1


分子量: 15429.354 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-150 / 変異: N74G, T76P, A132V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15116
#2: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 2 / Programmed death ligand 2 / Butyrophilin B7-DC / B7-DC


分子量: 13949.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1LG2, B7DC, CD273, PDCD1L2, PDL2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ51
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM magnesium acetate, 10% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.986→50 Å / Num. obs: 17793 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 35.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 2.277 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.99-2.025.70.7617740.7620.3150.8270.53987.7
2.02-2.066.30.6638180.8450.2660.7170.54592
2.06-2.16.70.6368420.8550.2510.6860.59795.7
2.1-2.147.10.5818560.8870.2210.6230.6397.4
2.14-2.197.60.5258860.9150.1950.5620.64299.3
2.19-2.248.10.4978710.9240.180.530.70599.8
2.24-2.380.4579050.9310.1650.4870.76598.8
2.3-2.368.50.4068740.9520.1420.4310.79599.9
2.36-2.439.50.3729020.9640.1250.3930.88999.9
2.43-2.519.40.3398810.9640.1150.3590.90999.9
2.51-2.69.30.2848940.9660.0970.31.17899.9
2.6-2.79.20.2378780.9760.0810.2511.296100
2.7-2.828.40.2099030.9780.0730.2221.62799.8
2.82-2.979.40.1899140.9830.0630.21.96799.9
2.97-3.169.60.1688990.980.0560.1772.46199.9
3.16-3.49.40.1479080.9850.050.1563.17199.9
3.4-3.748.70.1299170.9890.0450.1373.94599.6
3.74-4.299.60.1169210.9930.0380.1224.54899.9
4.29-5.490.1039350.9930.0350.1095.30199.5
5.4-508.70.11910150.9880.0430.1278.8499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3RRQ & 3BP5

3rrq

3bp5


解像度: 1.986→37.508 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2262 1774 10 %
Rwork0.1984 --
obs0.2012 17743 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.69 Å2 / Biso mean: 50.7646 Å2 / Biso min: 10.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.986→37.508 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 1 125 1724
Biso mean--10.21 53.67 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.912298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8613
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.986-2.03950.34481210.2965109090
2.0395-2.09960.30181290.2655115995
2.0996-2.16730.3291330.2527120098
2.1673-2.24480.25881360.23411224100
2.2448-2.33460.26381360.226122199
2.3346-2.44090.26661370.20751234100
2.4409-2.56950.2561360.22091230100
2.5695-2.73050.26821380.21361243100
2.7305-2.94120.2391390.22371244100
2.9412-3.23710.24771380.2031238100
3.2371-3.70510.21421390.18921261100
3.7051-4.66660.18551430.15281282100
4.6666-37.5080.19281490.1928134399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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