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- PDB-6umu: Human apo PD-1 triple mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6umu
タイトルHuman apo PD-1 triple mutant
要素Programmed cell death protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-1 / immune checkpoint
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.183 Å
データ登録者Tang, S. / Kim, P.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: A high-affinity human PD-1/PD-L2 complex informs avenues for small-molecule immune checkpoint drug discovery.
著者: Tang, S. / Kim, P.S.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5843
ポリマ－14,5131
非ポリマー712
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.172, 46.172, 89.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / hPD-1


分子量: 14513.199 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-150 / 変異: N74G, T76P, A132V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium chloride, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 27% w/v PEG5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月6日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→50 Å / Num. obs: 36705 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 16.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.826 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 365601
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.18-1.260.50917550.8470.2220.5570.52498.6
1.2-1.227.50.50118160.890.1960.5390.5399.9
1.22-1.258.50.44518230.9350.1610.4740.55499.9
1.25-1.2790.41418050.9160.1450.440.609100
1.27-1.390.3517840.9530.1220.3710.62399.9
1.3-1.339.30.31218260.9730.1060.330.66299.5
1.33-1.3610.40.27518000.9790.0890.2890.77100
1.36-1.410.50.22618370.9850.0730.2370.818100
1.4-1.4410.20.1918320.9860.0620.20.913100
1.44-1.4910.20.15818180.9910.0520.1670.98299.9
1.49-1.549.60.13118170.990.0440.1381.26499.5
1.54-1.610.90.11218230.9930.0350.1181.56100
1.6-1.67110.10118190.9950.0320.1061.756100
1.67-1.76110.08918450.9930.0280.0942.015100
1.76-1.8710.40.07618160.9960.0250.082.40999.7
1.87-2.0211.20.06218470.9980.0190.0652.76299.5
2.02-2.2211.50.05618800.9980.0170.0582.866100
2.22-2.5411.20.05118660.9980.0160.0543.266100
2.54-3.210.90.04618870.9990.0140.0493.56299.3
3.2-5010.50.04620090.9980.0140.0485.23599.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3RRQ

3rrq


解像度: 1.183→36.493 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1638 2009 5.48 %
Rwork0.1536 --
obs0.1542 36660 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.11 Å2 / Biso mean: 23.7131 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.183→36.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数842 0 3 152 997
Biso mean--27.09 38.86 -
残基数----112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3481476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.698423
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.183-1.21210.25281400.1972240798
1.2121-1.24490.1821380.17172417100
1.2449-1.28150.19351400.15262460100
1.2815-1.32290.17771400.14142419100
1.3229-1.37020.18851420.13852445100
1.3702-1.4250.18291420.13932453100
1.425-1.48990.17461490.13842478100
1.4899-1.56840.17671340.13432448100
1.5684-1.66670.16771460.13442486100
1.6667-1.79540.16641410.13832483100
1.7954-1.97610.17731450.1401245599
1.9761-2.2620.15351460.14422514100
2.262-2.84970.19341470.17482531100
2.8497-36.4930.14111590.15872655100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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