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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aup | ||||||
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タイトル | Tuber borchii Phospholipase A2 | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE A2 GROUP XIII | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | TUBER BORCHII (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cavazzini, D. / Meschi, F. / Corsini, R. / Bolchi, A. / Rossi, G.-L. / Einsle, O. / Ottonello, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Autoproteolytic Activation of a Symbiosis-Regulated Truffle Phospholipase A2 著者: Cavazzini, D. / Meschi, F. / Corsini, R. / Bolchi, A. / Rossi, G.-L. / Einsle, O. / Ottonello, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4aup.cif.gz | 110.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4aup.ent.gz | 91.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4aup.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4aup_validation.pdf.gz | 453.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4aup_full_validation.pdf.gz | 456.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4aup_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4aup_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/4aup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/4aup | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14213.929 Da / 分子数: 2 / 断片: ACTIVE FORM, RESIDUES 89-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TUBER BORCHII (菌類) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: Q9P4F6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SCN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | STRUCTURE REPRESENTS AN AUTOPROTEOLYTICALLY PROCESSED FRAGMENT OF THE ENTIRE SEQUENCE. THE FIRST 91 ...STRUCTURE REPRESENTS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES, PH 7.5 2% PEG 200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22164 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.9→19.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 8.929 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.408 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.41 Å
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拘束条件 |
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