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- PDB-6uml: Structural Basis for Thalidomide Teratogenicity Revealed by the C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uml
タイトルStructural Basis for Thalidomide Teratogenicity Revealed by the Cereblon-DDB1-SALL4-Pomalidomide Complex
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Protein cereblon
  • Sal-like protein 4
キーワードLIGASE / CELMoD / cereblon-CRL4 / ubiquitin ligase / C2H2 zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / embryonic limb morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / embryonic limb morphogenesis / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / ventricular septum development / inner cell mass cell proliferation / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / heterochromatin / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / Regulation of PTEN gene transcription / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / nucleotide-excision repair / neural tube closure / positive regulation of protein-containing complex assembly / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / damaged DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain ...: / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Zinc finger C2H2-type / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / DNA polymerase; domain 1 / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-Pomalidomide / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon / Sal-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Clayton, T.L. / Matyskiela, M.E. / Pagarigan, B.E. / Tran, E.T. / Chamberlain, P.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the SALL4-pomalidomide-cereblon-DDB1 complex.
著者: Matyskiela, M.E. / Clayton, T. / Zheng, X. / Mayne, C. / Tran, E. / Carpenter, A. / Pagarigan, B. / McDonald, J. / Rolfe, M. / Hamann, L.G. / Lu, G. / Chamberlain, P.P.
履歴
登録2019年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-binding protein 1
C: Protein cereblon
E: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,3596
ポリマ－176,9553
非ポリマー4043
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.409, 127.725, 110.174
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.694, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#2: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 46596.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#3: タンパク質・ペプチド Sal-like protein 4 / Zinc finger protein 797 / Zinc finger protein SALL4


分子量: 3260.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SALL4, ZNF797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJQ4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-Y70 / S-Pomalidomide / 2-[(3S)-2,6-ジオキソ-3-ピペリジニル]-4-アミノイソインドリン-1,3-ジオン


分子量: 273.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG MME 500, 8% PEG 20K, 210mM calcium acetate, 100mM tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.58→38.7 Å / Num. obs: 23629 / % possible obs: 98.42 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 79.26 Å2 / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.1637 / Rpim(I) all: 0.1042 / Rrim(I) all: 0.1948 / Net I/σ(I): 5.04
反射 シェル解像度: 3.58→3.64 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5699 / Num. unique obs: 2336 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.3551 / Rrim(I) all: 0.6734 / % possible all: 98.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZ4

4tz4


解像度: 3.58→38.7 Å / SU ML: 0.5122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.413
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 1092 4.63 %
Rwork0.2038 22484 -
obs0.2066 23576 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.58→38.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11082 0 22 0 11104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004411319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.679115386
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.33476736
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.58-3.740.35141380.28122775X-RAY DIFFRACTION98.15
3.74-3.940.34051240.2472851X-RAY DIFFRACTION99.33
3.94-4.180.29531650.21592763X-RAY DIFFRACTION99.39
4.18-4.510.21951390.17642806X-RAY DIFFRACTION98.4
4.51-4.960.22861170.16412802X-RAY DIFFRACTION97.85
4.96-5.670.26021330.18232859X-RAY DIFFRACTION99.63
5.67-7.140.26131430.22872803X-RAY DIFFRACTION97.81
7.14-38.70.25441330.19662825X-RAY DIFFRACTION97.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.425305329651.21763860480.2463815815973.459808664670.2419305034052.09047395167-0.02454022316130.446357033972-0.373170775212-0.591840849049-0.0576017276235-0.3210328457190.3403835269810.07378158893510.07486097415850.6890075394090.1425095067540.1534607580780.677219160499-0.1397016325860.67782383879942.7778254148-23.6904678344-71.5911674686
21.795088504881.073032220320.4468757481612.690864527970.3904344294882.936574790920.12637013140.184417997658-0.01310675362270.187426315655-0.0304961840381-0.141962519434-0.1121188178670.421269406314-0.06031326844350.4598001354850.0462696787629-0.1025351850370.544684538834-0.03080415668280.45226233482558.0234312791-11.1076800603-9.76331139934
32.38891684936-0.0319232551968-0.3135540772732.29761198871-0.3458784506241.35026516817-0.06806968539510.08026662959860.1711245411440.2628062804670.03733575908210.0735157403983-0.205790354042-0.01068001663510.03698081996010.53583062327-0.006411676703-0.01839655383420.4307602302530.05115961480990.4307115995827.01449119353.1075821513-48.9387360834
46.305739939730.2758481020240.8215470850267.67064210547-1.83566461666.07774883787-0.2706040290850.7345968529041.094551073710.0596629550338-0.536353656029-1.5494519552-1.207918043440.7939857557090.8342054960120.848876627133-0.0848449113696-0.1374909693730.7675899246450.2973684931260.90370050754428.717422832724.248847956-93.8306386015
53.27389145652-2.083410387521.842555511776.94447702429-2.762736834624.849290076050.306775307891-0.0342986737396-0.162534638577-0.9535708318650.1609534000080.3858879317540.244078965502-0.541875102295-0.4790087466850.625806135924-0.0220173607741-0.06228826442320.5760930154020.06204565549990.61907393642619.6424147332.97006317683-72.8584777878
66.95999495068-1.47716012596-1.378749945114.671959251421.871573384841.60028915882-0.263045390989-0.2662114209580.0859235526522-0.2470826846720.1110389139810.196834742602-0.0258012542250.1029365333580.1177825587650.7616576450150.0469645267823-0.156430512210.4581645962560.1011706347350.4241130456952.8046082942222.7988329205-88.3752515934
71.677678201642.87395757691-2.119992243857.41679499394-3.200020105662.788203656050.7694389414910.8190299102341.4007454726-0.5351273144170.5021742912420.533472388743-0.184971018223-0.592388851585-1.090224655421.25075272995-0.0908781071490.08641413400420.8600388051740.1684869892841.02166405063.826178298638.7750388654-98.5063025955
83.279402197441.34801941157-3.096890857548.153283237222.896973130915.212798439081.185606299050.1283534986460.9498026754740.3063236181490.946244502733-0.459359887406-1.169478634440.267147052729-1.955782155940.959168309773-0.2582223878110.216302666011.01867743613-0.003288974613550.851178408856.3937059950643.2725944457-91.6322281241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 355 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 394 through 672 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 713 through 1081 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 60 through 186)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 200 through 317 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 319 through 427)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 408 through 421 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 422 through 432 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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