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- PDB-6ulv: BRD4-BD1 in complex with the cyclic peptide 4.2_1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulv
タイトルBRD4-BD1 in complex with the cyclic peptide 4.2_1
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Cyclic peptide 4.2_3
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / BET / bromodomain / macrocyclic peptide / BRD4 / inhibitor / RaPID / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Patel, K. / Walshe, J.L. / Walport, L.J. / Mackay, J.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1161623 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2020
タイトル: Cyclic peptides can engage a single binding pocket through highly divergent modes.
著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, ...著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, J.M. / Payne, R.J. / Passioura, T. / Suga, H. / Mackay, J.P.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
C: Bromodomain-containing protein 4
D: Bromodomain-containing protein 4
E: Cyclic peptide 4.2_3
G: Cyclic peptide 4.2_3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,34916
ポリマ-72,9946
非ポリマー1,35510
4,324240
1
A: Bromodomain-containing protein 4
C: Bromodomain-containing protein 4
E: Cyclic peptide 4.2_3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3799
ポリマ-36,4973
非ポリマー8826
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 4
D: Bromodomain-containing protein 4
G: Cyclic peptide 4.2_3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9707
ポリマ-36,4973
非ポリマー4734
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.288, 112.288, 235.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNLEULEU(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA61 - 6326 - 28
121LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA66 - 6731 - 32
131VALVALLEULEU(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA69 - 9434 - 59
141TYRTYRTYRTYR(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA97 - 9862 - 63
151ILEILEASNASN(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA100 - 11765 - 82
161TYRTYRTYRTYR(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA11984
171ASNASNASNASN(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA121 - 14086 - 105
181PROPROVALVAL(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA142 - 147107 - 112
191METMETLEULEU(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA149 - 158114 - 123
1101LYSLYSLEULEU(chain 'A' and (resid 61 through 63 or resid 66...AA160 - 164125 - 129
211ASNASNLEULEU(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB61 - 6326 - 28
221LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB66 - 6731 - 32
231VALVALLEULEU(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB69 - 9434 - 59
241TYRTYRTYRTYR(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB97 - 9862 - 63
251ILEILEASNASN(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB100 - 11765 - 82
261TYRTYRTYRTYR(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB11984
271ASNASNASNASN(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB121 - 14086 - 105
281PROPROVALVAL(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB142 - 147107 - 112
291METMETLEULEU(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB149 - 158114 - 123
2101LYSLYSLEULEU(chain 'B' and (resid 61 through 63 or resid 66...BB160 - 164125 - 129
311ASNASNLEULEU(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC61 - 6326 - 28
321LEULEULEULEU(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC66 - 6731 - 32
331VALVALLEULEU(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC69 - 9434 - 59
341TYRTYRTYRTYR(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC97 - 9862 - 63
351ILEILEASNASN(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC100 - 11765 - 82
361TYRTYRTYRTYR(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC11984
371ASNASNASNASN(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC121 - 14086 - 105
381PROPROVALVAL(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC142 - 147107 - 112
391METMETLEULEU(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC149 - 158114 - 123
3101LYSLYSLEULEU(chain 'C' and (resid 61 through 63 or resid 66...CC160 - 164125 - 129
411ASNASNLEULEU(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD61 - 6326 - 28
421LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD66 - 6731 - 32
431VALVALLEULEU(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD69 - 9434 - 59
441TYRTYRTYRTYR(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD97 - 9862 - 63
451ILEILEASNASN(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD100 - 11765 - 82
461TYRTYRTYRTYR(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD11984
471ASNASNASNASN(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD121 - 14086 - 105
481PROPROVALVAL(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD142 - 147107 - 112
491METMETLEULEU(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD149 - 158114 - 123
4101LYSLYSLEULEU(chain 'D' and (resid 61 through 63 or resid 66...DD160 - 164125 - 129
112TRPTRPLEULEU(chain 'E' and (resid 0 through 13 or resid 15))EE1 - 132 - 14
212TRPTRPLEULEU(chain 'G' and (resid 0 through 13 or resid 15))GF1 - 132 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEG

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 17200.648 Da / 分子数: 4 / 断片: first bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic peptide 4.2_3


分子量: 2095.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 250分子

#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : I
#4: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / : C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / : C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Sodium Iodide (150-250mM), PEG 3350 (15-25%) and 100mM Bis Tris Propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.62 Å / Num. obs: 45427 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.3 % / Biso Wilson estimate: 35.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 3838 / CC1/2: 0.694

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LYI
解像度: 2.2→47.62 Å / SU ML: 0.2614 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2512
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 2282 5.04 %
Rwork0.1984 --
obs0.2004 45317 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3963 0 40 240 4243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00364102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68215547
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0404586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.48242460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.4790.34431500.29242623X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.570.28071260.22982643X-RAY DIFFRACTION99.93
2.57-2.670.27721300.21982683X-RAY DIFFRACTION99.93
2.67-2.770.30191450.21312648X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.90.28471260.21922676X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.050.27641470.2112666X-RAY DIFFRACTION99.96
3.05-3.240.27371470.2052676X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.2371370.19422707X-RAY DIFFRACTION99.89
3.49-3.840.21141550.16892692X-RAY DIFFRACTION99.96
3.84-4.40.19671580.15472726X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.540.17821560.16572778X-RAY DIFFRACTION99.97
5.54-47.620.21231210.20443003X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.400850411996.44206856821-2.008207393536.88701617635-2.952471839857.415144868290.0506717032016-0.1661585544560.7300541902880.0413490742607-0.07087113389460.895066571562-0.118187235284-0.613568131784-0.01984991319750.2528580206520.08043856996630.0001660195220740.283343057661-0.02434383100720.352266299215-60.527655850646.1210121923.59099858389
24.02742184679-1.164693059833.2396190224.63591224482-1.683244828112.963152629580.0467976083226-0.1994577133050.1952888054160.126300239145-0.0886903034584-0.0699236926813-0.04970442272220.1899051297910.02707432002380.241781579324-0.03161599506720.04782360229650.3227469498370.008500112322780.24529368367-38.408889415447.684756149112.496815122
34.137097930850.4787387292495.113394541770.8858390633720.05253627794176.611878484190.228700036845-0.249983865699-0.06491393141220.102298050172-0.115328921230.1479643870340.2012022430130.0273694066411-0.1088579924080.250142851563-0.00839747468620.06544651099240.320441179385-0.01446793366990.305039902451-47.319744889339.118304270212.9021040854
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 56 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 69 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 97 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 122 through 139 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 140 through 144 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 145 through 166 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 1 through 14 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 1 through 14 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 59 through 68 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 69 through 121 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 122 through 139 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 140 through 166 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 61 through 68 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 69 through 96 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 97 through 139 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 140 through 165 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 56 through 96 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 97 through 139 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 140 through 164 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る