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- PDB-6ul4: Crystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ul4
タイトルCrystal structure of BoNT/B receptor-binding domain in complex with VHH JLO-G11
要素
  • Botulinum neurotoxin type B
  • VHH JLO-G11
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / Botulinum neurotoxin (BoNT) / VHH / receptor-binding domain / TOXIN / ANTITOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18424332787 Å
データ登録者Lam, K. / Jin, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into Rational Design of Single-Domain Antibody-Based Antitoxins against Botulinum Neurotoxins
著者: Lam, K. / Tremblay, J.M. / Vazquez-Cintron, E. / Perry, K. / Ondeck, C. / Webb, R. / McNutt, P.M. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.
履歴
登録2019年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type B
B: VHH JLO-G11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3732
ポリマ－69,3732
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area25430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.299, 267.905, 144.693
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B


分子量: 52534.145 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10844, bontoxilysin
#2: 抗体 VHH JLO-G11


分子量: 16838.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20 % Ethanol, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→144.69 Å / Num. obs: 18645 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 91.9898983607 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.18→3.4 Å / Num. unique obs: 3299 / CC1/2: 0.376 / Rpim(I) all: 1.682

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.9_1692データ削減
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NM1

2nm1


解像度: 3.18424332787→45.3790661812 Å / SU ML: 0.536173848637 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33460837583 / 位相誤差: 28.5304948501
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258187196644 865 4.7126123672 %
Rwork0.204073441307 --
obs0.206496836949 18355 97.1369602032 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 99.6475023187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.18424332787→45.3790661812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4581 0 0 0 4581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004025710070394709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8103396095326353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412162891051657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00327541480792815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.97876882431745
LS精密化 シェル解像度: 3.18424332787→3.3837 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397676559872 170 -
Rwork0.352274967187 2596 -
obs--89.8343618058 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73321664303-1.83286423223-1.342754336872.628964912220.1812054811963.58966092324-0.1635705900060.0873327095865-0.1415306663740.0518468620294-0.09725688115-0.109076486440.2702652291110.0428678669679-3.53921241683E-70.727069546946-0.046140013365-0.02662267443610.851613637104-0.01585600550740.809393289857-18.0332614688-81.52081413228.91096904606
21.190748916441.05706789647-0.8853779032661.02184950962-0.00945813210391.5809117128-0.295303898849-0.58189907991-0.3659711681150.4428897998450.165651092458-0.4333388036451.168172778790.667461660721.34804881367E-61.174164128220.179740251528-0.02738414757071.126869214850.07593200026971.0218386065-10.0672722792-83.257963624319.6957385392
33.08618214857-2.231795935740.06722540575894.72089722846-0.4945862646892.19557947728-0.253042034926-0.604218951798-0.05697789529680.7304150738220.2920220464220.02500240036980.2942035405580.2243275340972.40509664847E-80.832050848189-0.004006824990150.03159034508861.00088329846-0.004439782732180.726623323067-19.1229416818-73.764984508624.2486802864
41.57548355661-1.12080420894-0.003705123888094.01734521343-0.78720254352.18671238023-0.124678448841-0.3187776382570.01463516261660.5464323484960.2274448994520.36634900619-0.137523755006-0.05910630539-4.50504766624E-80.704745269741-0.02658482060370.04071350490290.883352267999-0.05055214909030.810546086433-32.8747156191-49.999305588813.993489881
53.63675252461-0.6271928195471.049924957382.614090638650.03038438907222.520542858840.08510568869240.3650770943730.406896014829-0.30272586161-0.111031345882-0.44621904369-0.2681257136530.3401597580125.62564839669E-90.856501840447-0.07527380396530.09111252287820.877914829022-0.01726504292980.919028614901-23.2488946848-43.11951755511.10802913128
63.59133121715-0.657138921457-0.2320110461544.76009245259-0.1898974973743.31868801275-0.0888905659021-0.09660974759130.8971296339120.4162285127440.0345165166218-0.710028595702-0.7400583050410.369705951529-1.22609338044E-70.892896282006-0.0865943969067-0.03224966155060.9114794245-0.0642784462130.946550392036-21.5944623583-40.264512481312.4702621287
70.1822597238380.2614476306310.0358429766280.2217412631240.06026925863080.09240021096670.216452241794-0.9373516218681.16094087612-1.017320564970.2550597345350.401139953871-0.5668645727620.2285944727291.83885869112E-51.330541898930.1194705341410.1336909020331.20035830331-0.1876496948451.73800653092-44.658534819-11.40259488739.1795973218
80.8888759871030.226341005176-0.5449712584910.1699359763450.001991831561870.445514411983-0.08126175434670.132760028183-0.385605291481-0.4984408404760.880853013157-0.209199758083-0.757360165753-0.0499159870866-6.95143571315E-61.720680384480.09174244966840.1101130771690.9331668479910.0737604862391.71889913698-41.8511636581-3.940577032430.605746117049
90.04451303758650.0667365694899-0.06567348340610.125342075827-0.1068086302360.0698111819729-0.603427399627-0.416395979341-0.2219828026111.11049301491-0.2978520838980.871825805472-0.7064740912870.3428611776063.03118508558E-61.529923877240.0101901464950.05427900463091.14170064856-0.1265170763711.14096727815-32.0172063246-18.758165043314.9529449519
100.199480972603-0.108376623676-0.03231676241270.01817902899620.06141832027730.143197331137-0.7164328824540.242383376472-0.00256052376665-0.9994700824990.05466566925511.6154581994-0.249969465409-1.06983693383-1.50418127578E-61.33473000440.0261237119445-0.1268862568011.15115957646-0.1211587389691.8953535955-44.729788845-18.3414372718-1.7759852551
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 861 through 912 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 913 through 934 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 935 through 1089 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1090 through 1149 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1150 through 1221 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1222 through 1291 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 11 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 12 through 23 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 24 through 33 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 34 through 45 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 46 through 60 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 61 through 68 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 69 through 91 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 92 through 109 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 110 through 119 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 120 through 126 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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