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Yorodumi- PDB-6ui1: Crystal structure of BoNT/A-LCHn domain in complex with VHH ciA-D... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ui1 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of BoNT/A-LCHn domain in complex with VHH ciA-D12, ciA-B5, and ciA-H7 | |||||||||
Components |
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Keywords | TOXIN/ANTITOXIN / Botulinum neurotoxin (BoNT) / VHH / receptor-binding domain / TOXIN / ANTITOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationbontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.20000858936 Å | |||||||||
Authors | Lam, K. / Jin, R. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2020Title: Structural Insights into Rational Design of Single-Domain Antibody-Based Antitoxins against Botulinum Neurotoxins Authors: Lam, K. / Tremblay, J.M. / Vazquez-Cintron, E. / Perry, K. / Ondeck, C. / Webb, R. / McNutt, P.M. / Shoemaker, C.B. / Jin, R. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6ui1.cif.gz | 561.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ui1.ent.gz | 405.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6ui1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6ui1_validation.pdf.gz | 251 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6ui1_full_validation.pdf.gz | 251 KB | Display | |
| Data in XML | 6ui1_validation.xml.gz | 951 B | Display | |
| Data in CIF | 6ui1_validation.cif.gz | 14.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/6ui1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6uc6C ![]() 6uftC ![]() 6uhtC ![]() 6ul4C ![]() 6ul6C ![]() 3v0aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 100030.023 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q7B8V4, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin |
|---|---|
| #2: Antibody | Mass: 13133.512 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #3: Antibody | Mass: 14404.154 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #4: Protein | Mass: 14186.932 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #5: Water | ChemComp-HOH / |
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.74 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 / Details: 11 % PEG 20,000 and 0.1 M sodium cacodylate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1.12709 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 1, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.12709 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→37.74 Å / Num. obs: 75271 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 29.5981913921 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 10.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.208 / Num. unique obs: 4576 / CC1/2: 0.965 / Rpim(I) all: 0.207 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3V0A Resolution: 2.20000858936→37.1635590417 Å / SU ML: 0.233539670702 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33647799258 / Phase error: 22.8444478048
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 34.9171563415 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.20000858936→37.1635590417 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.20000858936→2.2279 Å
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
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