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- PDB-6ul6: Crystal Structure of BoNT/A-LCHn domain in complex with VNA ciA-D... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ul6 | ||||||
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Title | Crystal Structure of BoNT/A-LCHn domain in complex with VNA ciA-D12/11/ciA-B5 and VHH ciA-H7 | ||||||
![]() |
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![]() | TOXIN/ANTITOXIN / Botulinum neurotoxin (BoNT) / VHH / Toxin / Antitoxin / TOXIN-ANTITOXIN complex | ||||||
Function / homology | ![]() bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lam, K. / Jin, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Insights into Rational Design of Single-Domain Antibody-Based Antitoxins against Botulinum Neurotoxins Authors: Lam, K. / Tremblay, J.M. / Vazquez-Cintron, E. / Perry, K. / Ondeck, C. / Webb, R. / McNutt, P.M. / Shoemaker, C.B. / Jin, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 414.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 250.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 956 B | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6uc6C ![]() 6uftC ![]() 6uhtC ![]() 6ui1C ![]() 6ul4C ![]() 3v0aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 100030.023 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q7B8V4, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin |
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#2: Antibody | Mass: 28827.428 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Antibody | Mass: 13133.512 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 / Details: 13 % PEG 20000, 0.1 M sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.02→47.21 Å / Num. obs: 103999 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.8751899906 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.716 / Num. unique obs: 5169 / CC1/2: 0.648 / Rpim(I) all: 0.678 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3V0A Resolution: 2.02000221988→47.2074892055 Å / SU ML: 0.186499929088 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33645969424 / Phase error: 19.9511542728
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.4504074541 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02000221988→47.2074892055 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.02000221988→2.043 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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