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- PDB-6ui3: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Clostridum cellulovorans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ui3
タイトルGH5-4 broad specificity endoglucanase from Clostridum cellulovorans
要素Cellulase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / xylanase / GH5 / endoglucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module 65 domain 1 / Carbohydrate binding module 65 domain 1 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily ...Carbohydrate binding module 65 domain 1 / Carbohydrate binding module 65 domain 1 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium cellulovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DEFC0207ER64494 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH 5 T32 GM008349 Biotechnology Training Program 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3423
ポリマ－38,2181
非ポリマー1242
水10,016556
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.144, 89.095, 91.083
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cellulase


分子量: 38218.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium cellulovorans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: D9SV64, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 26% PEG 3350 and 100 mM Bis-Tris pH 5.5 crystals were cryoprotected by supplementing crystallization reagent with 1.5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→31.85 Å / Num. obs: 85209 / % possible obs: 95.68 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 10.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04056 / Rpim(I) all: 0.01633 / Rrim(I) all: 0.04379 / Net I/σ(I): 29.24
反射 シェル解像度: 1.3→1.346 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2091 / Mean I/σ(I) obs: 7.53 / Num. unique obs: 6846 / CC1/2: 0.956 / Rpim(I) all: 0.09929 / Rrim(I) all: 0.2333 / % possible all: 78.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NDY

3ndy


解像度: 1.3→25.09 Å / SU ML: 0.0899 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.5237
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1422 2099 2.46 %
Rwork0.1263 --
obs0.1267 85208 95.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→25.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 0 8 556 3236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98963963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0836431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9521079
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.330.1639990.1594206X-RAY DIFFRACTION73.72
1.33-1.360.16481270.15175186X-RAY DIFFRACTION90.6
1.36-1.40.15361400.1455499X-RAY DIFFRACTION95.9
1.4-1.440.13431420.13675497X-RAY DIFFRACTION96.29
1.44-1.490.16351380.12815538X-RAY DIFFRACTION96.63
1.49-1.540.16181410.12365546X-RAY DIFFRACTION96.88
1.54-1.60.12771420.125615X-RAY DIFFRACTION97.16
1.6-1.680.12241300.12225604X-RAY DIFFRACTION97.52
1.68-1.760.15231530.12285649X-RAY DIFFRACTION97.79
1.76-1.870.13691430.11975679X-RAY DIFFRACTION98.1
1.87-2.020.12461450.12485704X-RAY DIFFRACTION98.4
2.02-2.220.14711400.11715733X-RAY DIFFRACTION98.71
2.22-2.540.13391500.1135788X-RAY DIFFRACTION99.08
2.54-3.20.12921510.1255865X-RAY DIFFRACTION99.44
3.2-25.090.15451580.13446000X-RAY DIFFRACTION98.01
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22747657007-0.977995743059-0.1508553131792.311850566860.2852813306970.5491217045860.002399225862950.08724519282820.019241206161-0.0683041266240.0149892211611-0.2187329623460.005547360301980.151036304034-0.005328751183490.075936163443-0.01517684877650.007536388461720.121515269755-0.001942961254730.10281335435748.465966353946.941308291322.1891921906
20.9598483670330.5916839657220.3134925291830.9429410632620.2850990733980.657232596985-0.02814846613390.08320164838920.0326445750379-0.07662719714570.0235028833196-0.00013769697876-0.07765104585580.02745502151620.006041798474510.083950399853-0.004404284042280.001837108655960.08788956252830.004973024970130.06646326050233.390601784553.425196082316.0652629047
32.290153214730.656324470691-0.4010183942450.994894399102-0.002625359310610.8461333499750.0200497950738-0.029906387608-0.03880414971260.00934975449786-0.02577349783420.04488868828880.011320342971-0.06132118070250.01026836748090.05886361393120.00573566616454-0.01180226559280.07058792292740.01030180895340.049533898467528.195856408341.231412236122.7054363563
41.1291765066-0.00796077514642-0.6144958774810.7499842830890.0777127126121.89949595069-0.0223200005751-0.00793343672855-0.03550178354740.02977341948590.0288846825677-0.001061207277550.0708609317899-0.0691456025109-0.001651116366580.0572732965286-0.00190655274876-0.008415826433320.0589050097078-0.001001140613880.063688824041533.763592744839.093095380629.6956494368
50.448798911529-0.263945164205-0.07830264073061.335162253070.3073830733080.721653632498-0.000672863840931-0.02098182637460.01647211836750.04325754682280.00333014771804-0.00392234911104-0.006388374720160.0283128616664-0.004262380056220.0544883845245-0.003264592628030.002804756874730.0701199042388-0.002189130324080.059098771018539.701315943655.976504570641.1458185686
63.12538356889-1.698412161712.210120416163.17016612917-2.421937040142.42827145307-0.0621819533054-0.1025139807830.1407475726320.08170452868460.09573328756280.0864568921801-0.0955528296508-0.0580619153649-0.04475695934560.0798834080493-0.005782158003480.01052127149050.0664862562115-0.0132836760260.05544572720435.402505456561.403708905330.680691848
71.154444806081.317470581741.146076913083.19025222436-0.9566338061824.48636218469-0.0663360199050.1585220873470.125807470118-0.0897275170829-0.0764495584084-0.088896315853-0.1013456258090.1824484409610.1381971027070.075858903117-0.005059291548730.03188051468560.0709082885171-0.007214316473480.072383161679643.699731713866.410317149128.1104839212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 216 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 217 through 297 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 298 through 315 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 316 through 340 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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