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万見
- PDB-3atz: Crystal structure of TcOYE with pHBA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3atz
タイトルCrystal structure of TcOYE with pHBA
要素Prostaglandin F2a synthase
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / alpha/beta barrel / flavin mononucleotide / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZALDEHYDE / Prostaglandin F2a synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Okamoto, N. / Yamaguchi, K. / Mizohata, E. / Tokuoka, K. / Uchiyama, N. / Sugiyama, S. / Matsumura, H. / Inaka, K. / Urade, Y. / Inoue, T.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2011
タイトル: Structural insight into the stereoselective production of PGF2(alpha) by Old Yellow Enzyme from Trypanosoma cruzi
著者: Okamoto, N. / Yamaguchi, K. / Mizohata, E. / Tokuoka, K. / Uchiyama, N. / Sugiyama, S. / Matsumura, H. / Inaka, K. / Urade, Y. / Inoue, T.
履歴
登録2011年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin F2a synthase
B: Prostaglandin F2a synthase
C: Prostaglandin F2a synthase
D: Prostaglandin F2a synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,56512
ポリマ－169,2514
非ポリマー2,3148
水10,431579
1
A: Prostaglandin F2a synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8913
ポリマ－42,3131
非ポリマー5782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Prostaglandin F2a synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8913
ポリマ－42,3131
非ポリマー5782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Prostaglandin F2a synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8913
ポリマ－42,3131
非ポリマー5782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Prostaglandin F2a synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8913
ポリマ－42,3131
非ポリマー5782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.333, 119.587, 111.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Prostaglandin F2a synthase / TcOYE


分子量: 42312.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: TcPGFS / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I6L9
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-HBA / P-HYDROXYBENZALDEHYDE / 4-ヒドロキシベンズアルデヒド


分子量: 122.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 2000, Ammonium fluoride, Urea, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 78333 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→37.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 319756.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3832 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.172 75907 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.9481 Å2 / ksol: 0.338905 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.59 Å20 Å22.13 Å2
2---4.49 Å20 Å2
3---9.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→37.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11715 0 160 579 12454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.052.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein_rep.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4p-HBA4.paramp-HBA4.top
X-RAY DIFFRACTION5FMN.paramFMN.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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