PDB-6ug3: C3 symmetric peptide design number 1, Sporty, crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ug3

タイトル

C3 symmetric peptide design number 1, Sporty, crystal form 1

要素

C3-1, Sporty, crystal form 1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / 3-fold symmetric / L and D-amino acids

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å

Model details

S2 symmetric cyclic peptide

データ登録者

Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry.
著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D.

履歴

登録	2019年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ug3.cif.gz	30.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ug3.ent.gz	21.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ug3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ucxC 6ud9C 6udrC 6udwC 6udzC 6uf4C 6uf7C 6uf8C 6uf9C 6ufaC 6ufuC 6ug2C 6ug6C 6ugbC 6ugcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oiz-d 5wiq-d 6nb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C3-1, Sporty, crystal form 1

B: C3-1, Sporty, crystal form 1

ヘテロ分子

2.94 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C3-1, Sporty, crystal form 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: C3-1, Sporty, crystal form 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.500, 25.010, 35.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.899, 90.000
Int Tables number	15
Space group name H-M	C12/c1

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-211- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	C3-1, Sporty, crystal form 1 分子量: 1423.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ab initio design / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 1.0 M sodium potassium tartrate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CHES pH 9.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→21.44 Å / Num. obs: 14892 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.312 % / B_iso Wilson estimate: 13.866 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.026 / R_rim(I) all: 0.029 / Χ²: 1.145 / Net I/σ(I): 24.73

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.1-1.13	4.771	0.179	5.62	1008	0.989	0.202	91.6
1.13-1.16	5.963	0.151	7.52	1087	0.996	0.166	99.9
1.16-1.19	6.187	0.139	8.36	1034	0.995	0.152	99.3
1.19-1.23	6.062	0.131	8.41	1005	0.997	0.143	99.7
1.23-1.27	6.418	0.122	10.1	1009	0.995	0.134	99.8
1.27-1.31	6.038	0.11	10.91	949	0.995	0.12	99.5
1.31-1.36	6.378	0.092	13.9	912	0.997	0.1	99.9
1.36-1.42	6.761	0.073	17.21	886	0.999	0.079	99.4
1.42-1.48	6.659	0.064	20.76	835	0.998	0.069	100
1.48-1.56	6.649	0.063	21.86	813	0.999	0.068	99.5
1.56-1.64	6.674	0.048	26.91	771	0.999	0.053	99.2
1.64-1.74	6.189	0.04	30.7	739	0.999	0.044	99.3
1.74-1.86	6.47	0.032	36.96	677	0.999	0.035	99
1.86-2.01	7.031	0.028	45.02	641	1	0.03	99.7
2.01-2.2	6.838	0.023	53.11	600	1	0.025	100
2.2-2.46	6.748	0.021	55.7	539	1	0.023	99.8
2.46-2.84	6.684	0.02	62.71	488	1	0.022	98.2
2.84-3.48	5.875	0.017	65.5	392	1	0.018	98.2
3.48-4.92	6.815	0.015	78.51	319	1	0.016	98.5
4.92-21.43	6.165	0.016	70.29	188	1	0.018	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20180126	データ削減
XSCALE	20180126	データスケーリング
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→21.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 0.51 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1876	1442	10.003 %
R_work	0.1584	-	-
all	0.161	-	-
obs	-	14415	99.072 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.504 Å²	0 Å²	0.339 Å²
2-	-	-0.508 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.583 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→21.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	198	0	5	28	231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.012	217
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.667	1.723	299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.533	1.597	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.505	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.922	16	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.278	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.469	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	54
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.013	0.979	98
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.007	0.979	97
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.151	1.487	123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.152	1.486	124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.29	1.448	119
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.386	1.417	113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.886	2.067	175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.984	2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.732	13.245	203
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.638	12.975	199
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.41	3	427

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.1-1.129	0.223	98	0.188	880	0.192	1070	0.976	0.984	91.4019	0.155
1.129-1.159	0.192	106	0.166	955	0.168	1063	0.981	0.986	99.8119	0.141
1.159-1.193	0.21	101	0.166	910	0.17	1015	0.979	0.986	99.6059	0.14
1.193-1.23	0.18	97	0.164	872	0.165	972	0.98	0.985	99.6914	0.141
1.23-1.27	0.191	98	0.165	882	0.168	980	0.981	0.985	100	0.142
1.27-1.314	0.218	93	0.167	837	0.172	931	0.974	0.985	99.8926	0.139
1.314-1.364	0.2	89	0.154	799	0.159	888	0.975	0.987	100	0.134
1.364-1.419	0.157	86	0.142	777	0.144	865	0.986	0.99	99.7688	0.128
1.419-1.482	0.146	81	0.136	726	0.137	809	0.99	0.991	99.7528	0.126
1.482-1.554	0.149	79	0.139	714	0.14	795	0.987	0.99	99.7484	0.129
1.554-1.637	0.191	74	0.141	663	0.145	741	0.98	0.989	99.4602	0.132
1.637-1.736	0.18	71	0.147	643	0.15	719	0.981	0.989	99.3046	0.144
1.736-1.855	0.155	66	0.13	597	0.133	666	0.989	0.991	99.5496	0.133
1.855-2.002	0.174	62	0.147	558	0.149	621	0.983	0.988	99.839	0.155
2.002-2.192	0.136	58	0.149	517	0.147	575	0.989	0.988	100	0.174
2.192-2.447	0.203	52	0.147	469	0.152	521	0.977	0.987	100	0.179
2.447-2.819	0.161	45	0.163	409	0.163	457	0.985	0.985	99.3435	0.198
2.819-3.438	0.18	38	0.151	333	0.154	379	0.986	0.987	97.8892	0.209
3.438-4.801	0.227	30	0.174	276	0.178	308	0.97	0.985	99.3506	0.258
4.801-21.431	0.311	18	0.253	156	0.26	175	0.953	0.966	99.4286	0.433

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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