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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ugc | |||||||||
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Title | C3 symmetric peptide design number 3 | |||||||||
![]() | C3-3 cyclic peptide design | |||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / 3-fold symmetric / racemic mixture | |||||||||
Function / homology | : ![]() | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
![]() | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. Authors: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 74 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 60.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 435.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 435.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ucxC ![]() 6ud9C ![]() 6udrC ![]() 6udwC ![]() 6udzC ![]() 6uf4C ![]() 6uf7C ![]() 6uf8C ![]() 6uf9C ![]() 6ufaC ![]() 6ufuC ![]() 6ug2C ![]() 6ug3C ![]() 6ug6C ![]() 6ugbC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 999.886 Da / Num. of mol.: 11 / Source method: obtained synthetically / Details: de novo design / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-CD / #4: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | For chains I,J,K the asymmetric unit contains one third of the molecule. The whole molecule is ...For chains I,J,K the asymmetric unit contains one third of the molecule. The whole molecule is generated by crystallographic symmetry operators. | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.53 Å3/Da / Density % sol: 19.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M Cadmium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 30% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 17, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.7749 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 0.9→25.51 Å / Num. obs: 30646 / % possible obs: 78.7 % / Redundancy: 2.242 % / Biso Wilson estimate: 7.496 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 5.85 / Num. measured all: 68716 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 0.9→25.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.374 / SU ML: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.0244 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 53.44 Å2 / Biso mean: 7.195 Å2 / Biso min: 1.15 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 0.9→25.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 0.9→0.923 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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