+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ug6 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | C3 symmetric peptide design number 1, Sporty, crystal form 2 | |||||||||
Components | C3-1, Sporty, crystal form 2 | |||||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / 3-fold symmetric / L and D-amino acids | |||||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION Function and homology information | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 1.1 Å | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
Authors | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2020 Title: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. Authors: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ug6.cif.gz | 60.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6ug6.ent.gz | 50.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ug6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ug6 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6ucxC 6ud9C 6udrC 6udwC 6udzC 6uf4C 6uf7C 6uf8C 6uf9C 6ufaC 6ufuC 6ug2C 6ug3C 6ugbC 6ugcC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
|
-Components
-Protein/peptide , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein/peptide | Mass: 1423.597 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: ab initio design / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|
-Non-polymers , 6 types, 58 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MRD / ( #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.78 Å3/Da / Density % sol: 31.02 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.09 M sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.1M MOPS pH 7.5, 12.5% v/v MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1→24.992 Å / Num. obs: 28588 / % possible obs: 88.9 % / Redundancy: 3.511 % / Biso Wilson estimate: 9.781 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.156 / Net I/σ(I): 6.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.1→24.992 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 8.572 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.1→24.992 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|