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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ud9 | |||||||||
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Title | S2 symmetric peptide design number 2, Morticia | |||||||||
![]() | S2-2, Morticia | |||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / centrosymmetric macrocycle / L and D-amino acids | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
![]() | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. Authors: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 15.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 10 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 365.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 365.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 2.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 2.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ucxC ![]() 6udrC ![]() 6udwC ![]() 6udzC ![]() 6uf4C ![]() 6uf7C ![]() 6uf8C ![]() 6uf9C ![]() 6ufaC ![]() 6ufuC ![]() 6ug2C ![]() 6ug3C ![]() 6ug6C ![]() 6ugbC ![]() 6ugcC C: citing same article ( |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 926.087 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.51 Å3/Da / Density % sol: 18.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG 2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 2, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1→16.7 Å / Num. obs: 3969 / % possible obs: 88.4 % / Redundancy: 6.012 % / Biso Wilson estimate: 10.525 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 21.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.1→16.66 Å / SU ML: 0.0246 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / Phase error: 12.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.1→16.66 Å /
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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