+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ugb | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | C3 symmetric peptide design number 2, Baby Basil | |||||||||
Components | C3 symmetric peptide design number 2, Baby Basil | |||||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / 3-fold symmetric / racemic mixture | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 0.95 Å | |||||||||
Model details | S2 symmetric cyclic peptide | |||||||||
Authors | Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2020 Title: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry. Authors: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ugb.cif.gz | 16.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6ugb.ent.gz | 9.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ugb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ugb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ugb | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6ucxC 6ud9C 6udrC 6udwC 6udzC 6uf4C 6uf7C 6uf8C 6uf9C 6ufaC 6ufuC 6ug2C 6ug3C 6ug6C 6ugcC C: citing same article (ref.) |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 387.412 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: The crystal contains a racemic mixture of the peptide. Chain A corresponds to 1/3 of the cyclic peptide. Chain B corresponds to 1/3 of another copy of the cyclic peptide. Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.89 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.2M zinc acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 2.5 M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.7749 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.7749 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 0.95→21.41 Å / Num. obs: 7972 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 2.865 % / Biso Wilson estimate: 11.649 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 8.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 0.95→21.408 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / WRfactor Rfree: 0.176 / WRfactor Rwork: 0.16 / SU B: 0.287 / SU ML: 0.007 / Average fsc free: 0.9691 / Average fsc work: 0.9691 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.017 / ESU R Free: 0.017 Details: Hydrogens have been used if present in the input file
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.336 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 0.95→21.408 Å /
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|