PDB-6ufb: Carbonic anhydrase 2 with inhibitor (2Z)-2-benzylidene-3-oxo-N-(4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ufb

タイトル

Carbonic anhydrase 2 with inhibitor (2Z)-2-benzylidene-3-oxo-N-(4-sulfamoylphenyl)butanamide (11a/D1)

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / carbonic anhydrase / inhibitor / complex / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Peat, T.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Potent Dual-Tailed Benzenesulfonamide Inhibitors of Human Carbonic Anhydrases Implicated in Glaucoma and in Vivo Profiling of Their Intraocular Pressure-Lowering Action.
著者: Fares, M. / Eldehna, W.M. / Bua, S. / Lanzi, C. / Lucarini, L. / Masini, E. / Peat, T.S. / Abdel-Aziz, H.A. / Nocentini, A. / Keller, P.A. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2019年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ufb.cif.gz	80.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ufb.ent.gz	55.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ufb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ufcC 6ufdC 4cq0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5flq-d 6vj3-d 6rzx-d 6sys-d 5flo-d 4k13-d 6rvf-d 6ymb-d 5eh8-d 3mzc-d 5amg-d 3t82-d 4zwy-d 4e3h-d 5jdv-d 6yo2-d 6rvk-d 6sks-d 6b4d-d 4q78-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.356, 41.485, 72.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.528, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 6種, 264分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-Q64 / (2Z)-2-benzylidene-3-oxo-N-(4-sulfamoylphenyl)butanamide 分子量: 344.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.19 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 nL 7 mg/mL protein + 200 nL reservoir solution (2.5-2.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5-9.0) PH範囲: 8.5-8.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月22日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→41.48 Å / Num. obs: 27672 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / R_merge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 9662 / CC_1/2: 0.8 / R_pim(I) all: 0.302

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4CQ0

4cq0

解像度: 1.67→41.035 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.901 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1859	1417	5.123 %
R_work	0.1506	-	-
all	0.152	-	-
obs	-	27660	96.91 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.896 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.031 Å²	-0 Å²	-0.001 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.169 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→41.035 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2059	0	43	258	2360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.661	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.441	1.6	4793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.079	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.956	24.018	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.723	15	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.036	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.063	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.288	1.38	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.285	1.377	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.032	2.065	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.032	2.067	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.885	1.6	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.863	1.597	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.977	2.303	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.959	2.297	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.374	26.589	9968
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.374	26.59	9969

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.71	0.269	102	0.245	1820	X-RAY DIFFRACTION	91.7422
1.71-1.757	0.291	102	0.212	1845	X-RAY DIFFRACTION	95.7227
1.757-1.808	0.218	107	0.186	1830	X-RAY DIFFRACTION	96.3682
1.808-1.864	0.199	94	0.17	1730	X-RAY DIFFRACTION	96.2025
1.864-1.925	0.209	102	0.162	1722	X-RAY DIFFRACTION	96.4059
1.925-1.992	0.18	83	0.141	1659	X-RAY DIFFRACTION	96.8854
1.992-2.067	0.182	81	0.142	1620	X-RAY DIFFRACTION	96.8128
2.067-2.152	0.157	90	0.138	1525	X-RAY DIFFRACTION	97.0553
2.152-2.247	0.205	77	0.144	1519	X-RAY DIFFRACTION	97.4954
2.247-2.357	0.161	73	0.137	1434	X-RAY DIFFRACTION	97.3514
2.357-2.484	0.192	66	0.144	1370	X-RAY DIFFRACTION	97.8868
2.484-2.635	0.196	87	0.148	1274	X-RAY DIFFRACTION	97.9842
2.635-2.816	0.194	65	0.145	1240	X-RAY DIFFRACTION	98.3421
2.816-3.042	0.218	60	0.148	1129	X-RAY DIFFRACTION	98.3457
3.042-3.331	0.164	66	0.145	1053	X-RAY DIFFRACTION	98.7643
3.331-3.724	0.141	54	0.131	960	X-RAY DIFFRACTION	98.6381
3.724-4.298	0.127	27	0.117	874	X-RAY DIFFRACTION	99.011
4.298-5.258	0.148	39	0.135	733	X-RAY DIFFRACTION	99.1014
5.258-7.415	0.22	27	0.179	574	X-RAY DIFFRACTION	99.0115
7.415-41.035	0.223	15	0.214	332	X-RAY DIFFRACTION	98.0226

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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