PDB-5eh8: human carbonic anhydrase II in complex with ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eh8

タイトル

human carbonic anhydrase II in complex with ligand

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / human carbonic anhydrase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.381 Å

データ登録者

Ren, B.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Native State Mass Spectrometry, Surface Plasmon Resonance, and X-ray Crystallography Correlate Strongly as a Fragment Screening Combination.
著者: Woods, L.A. / Dolezal, O. / Ren, B. / Ryan, J.H. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eh8.cif.gz	129.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eh8.ent.gz	100.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eh8_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eh8_full_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示
XML形式データ	5eh8_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	5eh8_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eh5C 5eh7C 5ehvC 5ehwC 5floC 5flpC 5flqC 5flrC 5flsC 5fltC 5fngC 5fnhC 5fniC 5fnjC 5fnkC 5fnlC 5fnmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rvf-d 3sap-d 6sks-d 3pjj-d 5amg-d 6luw-d 5n24-d 5wlr-d 2nno-d 3n3j-d 6rm1-d 6oto-d 3mhl-d 1g46-d 5ehv-d 2ca2-d 4yxu-d 5llh-d 3k2f-d 5sz6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.023, 41.424, 72.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-5O6 / (~{E})-3-(4-methoxyphenyl)but-2-enoic acid / (E)-3-(4-メトキシフェニル)-2-ブテン酸分子量: 192.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, tris chloride / PH範囲: 8.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→41.4 Å / Num. obs: 49161 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 12.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.381→40.737 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1733	2005	4.08 %
R_work	0.1503	-	-
obs	0.1512	49144	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.381→40.737 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2059	0	18	302	2379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.345	3100
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.759	855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3814-1.416	0.2392	122	0.2259	3217	X-RAY DIFFRACTION	95
1.416-1.4543	0.2396	154	0.2029	3308	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4543-1.4971	0.222	145	0.1868	3349	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4971-1.5454	0.2215	141	0.178	3357	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5454-1.6006	0.1613	140	0.1592	3354	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6006-1.6647	0.2118	143	0.1535	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.7405	0.1671	140	0.1465	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7405-1.8322	0.16	149	0.138	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8322-1.947	0.1718	133	0.1407	3395	X-RAY DIFFRACTION	100
1.947-2.0974	0.1626	154	0.135	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0974-2.3084	0.162	146	0.1451	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3084-2.6424	0.1629	144	0.1445	3403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6424-3.3289	0.1821	146	0.1461	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3289-40.7545	0.1575	148	0.1474	3489	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0484	0.6795	-0.7549	0.8175	-1.044	1.7395	-0.0447	-0.0669	0.0419	-0.0108	-0.0897	-0.31	0.0038	0.2964	0.0888	0.067	0.0003	0.0007	0.1412	0.0034	0.1702	27.9374	-1.314	18.5072
2	1.9141	-0.8445	-0.0236	1.738	-0.0785	1.5276	0.0255	0.0335	0.2046	-0.022	0.1385	0.1792	-0.2699	-0.3326	-0.1785	0.117	0.0107	-0.0014	0.1296	0.0406	0.1398	5.4503	3.3179	17.4027
3	1.7433	-0.2448	-0.7032	1.8603	0.0136	1.5843	0.0119	-0.0154	0.074	-0.0188	0.0583	0.1261	-0.0294	-0.0284	-0.062	0.0554	-0.0169	-0.0085	0.059	0.0064	0.0692	9.4711	-3.5514	18.6944
4	1.4025	0.2575	-0.5635	2.0355	-0.0311	1.9336	0.0825	0.0392	0.2139	0.0634	0.0093	0.2688	-0.049	-0.0339	-0.0312	0.0595	0.008	-0.0089	0.0563	0.0108	0.0816	9.2378	3.4875	17.9472
5	5.1778	2.6649	-1.5148	3.651	-0.4263	0.5186	-0.3439	0.7997	-0.1288	-0.8163	0.2883	0.2204	0.0987	-0.7729	0.0185	0.2398	-0.0683	-0.0791	0.3181	0.0152	0.1195	5.4716	-5.7664	0.0765
6	1.7485	0.1687	-0.6026	1.4621	0.082	1.6279	-0.0515	0.263	0.0744	-0.2477	0.0728	0.0562	0.0147	-0.1078	-0.0007	0.0998	-0.013	-0.0235	0.0826	0.0251	0.0507	10.3015	-3.5923	11.1045
7	1.9984	0.048	0.3019	1.7426	0.7041	1.7193	-0.0288	-0.2865	-0.0231	0.0765	0.1032	-0.0775	-0.0316	0.2508	-0.1081	0.0853	0.0026	-0.0154	0.0573	0.0266	0.0672	15.8192	-6.1844	23.7819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 115 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 153 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 154 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 237 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 238 through 260 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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