PDB-6ufd: Carbonic anhydrase 2 with inhibitor (2Z)-3-oxo-N-(4-sulfamoylphen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ufd

タイトル

Carbonic anhydrase 2 with inhibitor (2Z)-3-oxo-N-(4-sulfamoylphenyl)-2-[(thiophen-2-yl)methylidene]butanamide (11g/D7)

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / carbonic anhydrase / inhibitor / complex / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Peat, T.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Potent Dual-Tailed Benzenesulfonamide Inhibitors of Human Carbonic Anhydrases Implicated in Glaucoma and in Vivo Profiling of Their Intraocular Pressure-Lowering Action.
著者: Fares, M. / Eldehna, W.M. / Bua, S. / Lanzi, C. / Lucarini, L. / Masini, E. / Peat, T.S. / Abdel-Aziz, H.A. / Nocentini, A. / Keller, P.A. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2019年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ufd.cif.gz	80.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ufd.ent.gz	55.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ufd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6ufd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ufbC 6ufcC 4cq0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e2r-d 5tya-d 5fnm-d 4l5u-d 6luz-d 5wex-d 5ty9-d 6oui-d 1zsa-d 6odz-d 1teu-d 3tvo-d 6ufb-d 3u3a-d 6g3q-d 5jdv-d 5flq-d 5wlv-d 1i9q-d 1ca2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.593, 41.649, 72.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.583, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 256分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-Q6D / (2Z)-3-oxo-N-(4-sulfamoylphenyl)-2-[(thiophen-2-yl)methylidene]butanamide 分子量: 350.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄N₂O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 nL 7 mg/mL protein + 200 nL reservoir solution (2.5-2.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5-9.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537299871 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537299871 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→41.65 Å / Num. obs: 40433 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.48→1.5 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1407 / CC_1/2: 0.625 / R_pim(I) all: 0.37 / % possible all: 69.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4CQ0

4cq0

解像度: 1.48→41.255 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.089 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1674	1972	4.88 %
R_work	0.1494	-	-
all	0.15	-	-
obs	-	40413	97.791 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.836 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0.27 Å²
2-	-	-0.496 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.507 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→41.255 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2064	0	43	250	2357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.655	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.597	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.904	5	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.582	24.018	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.079	15	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.68	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.073	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.3	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.284	1.253	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.278	1.251	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.005	1.883	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.007	1.885	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.014	1.489	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.014	1.49	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.185	2.13	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.184	2.129	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.318	24.456	9948
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.319	24.457	9949

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.517	0.257	112	0.228	2402	X-RAY DIFFRACTION	82.9977
1.517-1.558	0.204	146	0.193	2753	X-RAY DIFFRACTION	98.5384
1.558-1.603	0.205	151	0.174	2690	X-RAY DIFFRACTION	97.8306
1.603-1.653	0.188	101	0.16	2618	X-RAY DIFFRACTION	97.9467
1.653-1.707	0.168	144	0.152	2524	X-RAY DIFFRACTION	97.9802
1.707-1.767	0.169	140	0.144	2450	X-RAY DIFFRACTION	99.044
1.767-1.834	0.178	106	0.146	2389	X-RAY DIFFRACTION	99.1653
1.834-1.908	0.174	108	0.146	2320	X-RAY DIFFRACTION	99.1425
1.908-1.993	0.182	93	0.146	2235	X-RAY DIFFRACTION	99.1905
1.993-2.09	0.185	103	0.148	2119	X-RAY DIFFRACTION	99.4183
2.09-2.203	0.165	93	0.144	2056	X-RAY DIFFRACTION	99.5829
2.203-2.337	0.185	114	0.14	1857	X-RAY DIFFRACTION	99.5958
2.337-2.498	0.133	110	0.138	1813	X-RAY DIFFRACTION	99.6373
2.498-2.698	0.17	99	0.145	1664	X-RAY DIFFRACTION	99.8867
2.698-2.955	0.163	79	0.15	1545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.955-3.303	0.147	87	0.153	1410	X-RAY DIFFRACTION	99.8666
3.303-3.812	0.158	59	0.135	1247	X-RAY DIFFRACTION	99.4669
3.812-4.666	0.118	51	0.124	1063	X-RAY DIFFRACTION	99.0222
4.666-6.584	0.167	48	0.158	816	X-RAY DIFFRACTION	98.7429
6.584-41.255	0.207	28	0.181	470	X-RAY DIFFRACTION	98.6139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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