PDB-6uf7: S2 symmetric peptide design number 5, Uncle Fester

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uf7

タイトル

S2 symmetric peptide design number 5, Uncle Fester

要素

S2-5, Uncle Fester

キーワード

DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / centrosymmetric macrocycle / L- and D-amino acids

機能・相同性

polypeptide(D)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.8 Å

Model details

S2 symmetric cyclic peptide

データ登録者

Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Antselovich, I. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Baker, D.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Computational design of mixed chirality peptide macrocycles with internal symmetry.
著者: Mulligan, V.K. / Kang, C.S. / Sawaya, M.R. / Rettie, S. / Li, X. / Antselovich, I. / Craven, T.W. / Watkins, A.M. / Labonte, J.W. / DiMaio, F. / Yeates, T.O. / Baker, D.

履歴

登録	2019年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uf7.cif.gz	15.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uf7.ent.gz	7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6uf7_validation.pdf.gz	383.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uf7_full_validation.pdf.gz	383.5 KB	表示
XML形式データ	6uf7_validation.xml.gz	1.8 KB	表示
CIF形式データ	6uf7_validation.cif.gz	1.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6uf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/6uf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ucxC 6ud9C 6udrC 6udwC 6udzC 6uf4C 6uf8C 6uf9C 6ufaC 6ufuC 6ug2C 6ug3C 6ug6C 6ugbC 6ugcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mie-d 7css-d 1cwz-d 2ifz-d 2ns3-d 1s4j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S2-5, Uncle Fester

1.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S2-5, Uncle Fester

登録者が定義した集合体
2.37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	12.200, 10.980, 25.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.903, 90.000
Int Tables number	14
Space group name H-M	P12₁/c1
Space group name Hall	-P2ybc
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z+1/2 #3: -x,-y,-z #4: x,-y-1/2,z-1/2

#1: Polypeptide(D)	S2-5, Uncle Fester 分子量: 1185.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ab initio design / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	The asymmetric unit contains half of the molecule. The second half is generated by a ...The asymmetric unit contains half of the molecule. The second half is generated by a crystallographic symmetry operator.
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.7293 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7293 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.8→11.583 Å / Num. obs: 6184 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.46 % / B_iso Wilson estimate: 4.617 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 1.026 / Net I/σ(I): 19.01

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
0.8-0.82	6.298	0.085	16.07	456	0.995	0.092	93.6
0.82-0.84	6.267	0.083	15.96	409	0.995	0.091	91.3
0.84-0.87	6.107	0.083	16.34	449	0.99	0.091	98.7
0.87-0.89	6.572	0.078	17.73	409	0.998	0.084	97.1
0.89-0.92	6.47	0.082	17.79	411	0.996	0.089	96
0.92-0.96	6.29	0.082	17.9	403	0.989	0.09	98.5
0.96-0.99	6.135	0.073	18.91	384	0.996	0.08	97.2
0.99-1.03	6.756	0.084	19.28	365	0.995	0.09	96.6
1.03-1.08	6.572	0.079	19.82	353	0.995	0.085	100
1.08-1.13	6.567	0.076	19.93	323	0.991	0.083	96.7
1.13-1.19	6.06	0.073	19.65	332	0.993	0.081	97.1
1.19-1.27	6.932	0.078	20.86	309	0.995	0.085	97.8
1.27-1.35	6.678	0.076	20.69	292	0.992	0.083	99.3
1.35-1.46	6.643	0.07	20.4	258	0.995	0.077	100
1.46-1.6	6.484	0.073	20.86	246	0.991	0.08	95.7
1.6-1.79	6.611	0.079	21.99	226	0.993	0.086	97
1.79-2.07	6.939	0.077	22.45	198	0.994	0.084	100
2.07-2.53	6.804	0.078	22.67	163	0.992	0.085	99.4
2.53-3.58	6.069	0.078	21.58	130	0.992	0.086	97
3.58-11.583	6.574	0.093	22.68	68	0.979	0.101	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20180126	データ削減
XSCALE	20180126	データスケーリング
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHELXT		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.8→11.58 Å / SU ML: -0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 3.0849

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.0518	619	10.01 %
R_work	0.0503	-	-
obs	0.0504	6183	97.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.8→11.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41	0	0	3	44

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103	41
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.7029	53
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0917	6
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	6
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	45.4574	18

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.8-0.88	0.058	151	0.0611	1352	X-RAY DIFFRACTION	95.37
0.88-1.01	0.0526	155	0.0534	1402	X-RAY DIFFRACTION	97.01
1.01-1.27	0.0449	156	0.0461	1406	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.27-11.58	0.0537	157	0.0483	1404	X-RAY DIFFRACTION	98.61

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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