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- PDB-6uca: Crystal structure of human ZCCHC4 in complex with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uca
タイトルCrystal structure of human ZCCHC4 in complex with SAH
要素rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
キーワードTRANSFERASE / 28s RNA m6A methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / rRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / positive regulation of translation / nucleic acid binding / nucleolus / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger CCHC domain-containing protein 4 / Methyltransferase EEF1AKMT1/ZCCHC4 / Probable N6-adenine methyltransferase / Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger GRF-type profile. / DHHC domain profile. / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.103 Å
データ登録者Lu, J.W. / Ren, W.D. / Huang, M.J. / Gao, L. / Li, D.X. / Wang, G.G. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Structure and regulation of ZCCHC4 in m6A-methylation of 28S rRNA.
著者: Ren, W. / Lu, J. / Huang, M. / Gao, L. / Li, D. / Wang, G.G. / Song, J.
履歴
登録2019年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
B: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
C: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
D: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
E: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
F: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,54748
ポリマ-304,8866
非ポリマー4,66142
00
1
A: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5918
ポリマ-50,8141
非ポリマー7777
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5918
ポリマ-50,8141
非ポリマー7777
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5918
ポリマ-50,8141
非ポリマー7777
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5918
ポリマ-50,8141
非ポリマー7777
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5918
ポリマ-50,8141
非ポリマー7777
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5918
ポリマ-50,8141
非ポリマー7777
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.567, 290.380, 83.529
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
rRNA N6-adenosine-methyltransferase ZCCHC4 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 4


分子量: 50814.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCCHC4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H5U6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / : Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.03 M citric acid, 0.07 M Bis-Tris propane, pH 7.6, 11-12% PEG3350, 10% glycerol, 5 mM TCEP, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 60780 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.215.50.75259870.9190.3490.8310.51299.9
3.21-3.345.80.56259960.9430.2520.6180.54899.8
3.34-3.495.90.4159880.9650.1820.450.63699.9
3.49-3.685.80.30960110.9710.1390.340.76199.8
3.68-3.915.50.19960170.9840.0930.2210.91799.7
3.91-4.215.80.15660590.990.0710.1721.04399.9
4.21-4.635.90.12260750.9920.0550.1341.32699.9
4.63-5.35.50.10560880.9920.0490.1161.44899.9
5.3-6.675.90.09861870.9920.0440.1081.416100
6.67-505.40.06664310.9960.030.0731.85399.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.103→47.683 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2813 3795 3.3 %
Rwork0.249 111100 -
obs0.25 60686 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 390.44 Å2 / Biso mean: 105.472 Å2 / Biso min: 28.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.103→47.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18478 0 156 0 18634
Biso mean--76.97 --
残基数----2445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.103-3.14220.37861310.3682376491
3.1422-3.18350.3281390.3425413399
3.1835-3.22710.37551440.3194411499
3.2271-3.27320.26311360.2927409299
3.2732-3.32210.29491470.29544202100
3.3221-3.3740.32531360.2959407999
3.374-3.42930.36971390.28794131100
3.4293-3.48840.30971460.2923422499
3.4884-3.55180.33921390.30434041100
3.5518-3.62010.32221440.2817417099
3.6201-3.69390.28221420.2793409999
3.6939-3.77420.28811390.2537413099
3.7742-3.8620.28581400.2425409299
3.862-3.95850.27661400.24394146100
3.9585-4.06550.32551390.24664141100
4.0655-4.18510.26951390.2331415899
4.1851-4.32010.29311420.2221412299
4.3201-4.47440.23511400.21914143100
4.4744-4.65340.27131430.21234147100
4.6534-4.86490.25021410.21764151100
4.8649-5.12120.28921440.2221407599
5.1212-5.44160.26171310.23784138100
5.4416-5.8610.26111430.2454144100
5.861-6.44960.30031470.2731417699
6.4496-7.37990.3641330.2692409599
7.3799-9.28660.27911420.2288416299
9.2866-47.6830.19941490.2172403198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6528-0.3813-0.03651.40580.02013.4776-0.40360.4689-0.8595-0.5667-0.09750.61820.9713-1.78990.51990.8936-0.40770.17241.414-0.30060.8122131.147571.549833.0607
22.64620.25720.21414.55560.89364.7795-0.1317-0.489-0.11160.54680.0433-0.4611-0.0057-0.39380.22160.30520.1291-0.09120.5840.04130.2935149.727682.840158.235
36.0501-1.7306-1.75955.1473-0.80959.17060.09120.19080.1531-0.208-0.1424-0.8398-0.29660.03020.07830.23740.00270.060.295-0.03540.4315156.903282.89540.32
43.8811-1.4227-0.71644.70842.06062.792-0.2940.1584-1.1089-0.4009-0.0467-0.95820.80850.06020.33440.7938-0.07690.41520.6088-0.13750.8717164.072263.643830.4996
55.0023-0.6077-2.01581.97432.21213.05140.1791.89741.0703-0.6257-0.32330.262-0.7141-0.44130.0821.41720.250.30051.58530.56981.307948.216227.6669-11.9431
61.0447-0.02490.37191.9141-0.32820.75190.6630.35631.6603-0.5422-0.0533-0.0002-0.35320.2656-0.28871.090.37040.9262-0.20850.34063.032254.457833.1547.3399
70.7416-0.89160.95051.2914-0.6052.4462-0.01111.03171.6172-0.89480.0588-0.4014-0.52030.44050.04311.52320.2671.01411.10250.98592.524669.679933.9876-7.36
87.3777-1.75821.61671.6509-1.62721.62041.22150.64821.2998-0.5536-0.4865-0.25510.35260.1596-0.65291.08340.1960.3840.61360.03790.923277.145612.37015.1787
99.2976-0.8418-0.39172.26930.9430.393-0.7342-1.5286-0.57870.89930.5956-0.04680.34990.36510.11763.3169-0.37980.16891.14180.06960.824590.062420.691559.0569
105.8828-1.3973-0.66136.14970.4323.5899-0.0674-0.13560.39440.832-0.4563-0.59620.7012-0.33920.38570.7086-0.21940.14720.4237-0.10030.645994.44538.495532.4449
113.53190.0138-1.53750.92320.39583.29570.1695-0.02630.01530.6631-0.32280.74780.3124-0.70410.08941.0151-0.5210.60960.9135-0.36410.815175.90934.392136.1908
121.12380.2076-0.68440.68170.58732.22680.179-0.1968-0.0240.8243-0.08560.46260.3077-0.3450.20191.8629-0.71150.86181.0038-0.18920.776473.0133.119350.2663
133.60441.1436-0.56971.8739-1.70531.61490.25010.166-0.5650.4272-0.25250.55150.6388-1.19920.05321.614-0.97270.96391.3198-0.51341.792358.74120.764537.4595
140.49250.08130.150.1384-0.06140.10081.4482-0.76650.6198-1.5070.252-0.51171.86730.7312-1.6492.62590.1554-0.25351.1644-0.62253.062558.9792-4.046742.2636
152.61890.04690.68982.0511-1.12154.4852-0.31130.3001-0.01440.0255-0.197-0.15580.56310.78060.46980.51130.06970.12910.54950.02980.427129.419478.5324-3.7116
165.27571.12490.28874.1604-0.37958.6735-0.2398-0.50250.24420.5664-0.01880.5279-0.3607-0.08830.18080.44170.0550.19140.4650.05730.3119.688484.74665.4352
172.29981.4379-0.39535.1341-3.1892.9798-0.28830.1379-0.8679-0.29130.09990.03940.5052-0.25380.12330.7851-0.05130.39540.67090.06260.8372107.778760.93229.9316
186.79385.2840.80515.63190.47645.22350.9489-0.77690.4880.4795-0.0538-0.6757-0.49650.5909-0.93970.9695-0.08470.28550.7183-0.16962.1157127.355127.19731.6175
195.03060.92510.53561.13151.50583.2210.8335-0.3213-0.29560.5633-0.4815-0.63660.3694-0.041-0.41261.1203-0.12350.10060.3861-0.04761.014899.423213.925726.0902
202.9345-0.64230.5920.6201-0.25195.098-0.04240.7043-0.5897-1.2625-0.1321-1.25890.9909-0.0799-0.02641.7472-0.08430.44180.5788-0.12051.2267107.256414.65664.8229
213.7542-0.38640.57360.0724-0.08134.35960.13630.4553-0.5483-1.094-0.0511-1.40110.95410.59130.03281.42580.1530.37140.5537-0.06891.9826119.00813.481913.1822
221.63450.96531.20180.8634-0.183.53-0.14230.49990.27-0.9931-0.1324-1.3061-0.16830.48020.30781.5414-0.02570.52030.5870.00511.7015115.92329.96375.005
231.6558-1.40060.27072.63871.80942.88460.25250.47510.74170.41490.1467-0.14030.5711-0.3245-0.56311.6186-0.23570.4780.68790.00121.2087111.732527.3839-1.743
241.11441.2217-0.47384.44721.10022.66390.58040.32391.0522-0.59670.4922-0.4282-0.5995-0.1714-0.99441.80130.08740.88630.87510.16731.8757118.008842.8397-6.6704
256.738-0.80640.45140.5028-1.12242.84821.22910.64450.7129-1.9634-0.49680.3783-0.6371-0.9107-0.71511.3830.5083-0.07050.94020.11892.32099.802130.23978.8924
265.3068-2.9049-0.83875.07670.8961.15930.72530.66370.7567-1.1011-0.71410.7906-0.1498-0.258-0.14820.85880.08020.02150.41020.13151.25433.910414.068912.1324
272.81611.17630.04290.86841.11433.39410.1108-0.35970.17930.8297-0.22681.46850.4124-0.29030.10530.9715-0.10970.45850.5258-0.00222.134818.179616.10828.9701
283.2679-2.6142-2.0532.56812.00891.6027-0.0339-0.84360.25940.94790.10480.94510.0410.2702-0.11191.2745-0.18360.64380.8885-0.13031.523918.65936.496745.1516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 97 )A28 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 98 through 176 )A98 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 283 )A177 - 283
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 284 through 440 )A284 - 440
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 28 through 116 )B28 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 117 through 252 )B117 - 252
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 253 through 311 )B253 - 311
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 312 through 438 )B312 - 438
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 36 through 98 )C36 - 98
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 99 through 159 )C99 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 160 through 241 )C160 - 241
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 242 through 297 )C242 - 297
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 298 through 415 )C298 - 415
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 416 through 442 )C416 - 442
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 25 through 200 )D25 - 200
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 201 through 311 )D201 - 311
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 312 through 440 )D312 - 440
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 28 through 97 )E28 - 97
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 98 through 176 )E98 - 176
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 177 through 213 )E177 - 213
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 214 through 311 )E214 - 311
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 312 through 347 )E312 - 347
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 348 through 372 )E348 - 372
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 373 through 439 )E373 - 439
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 28 through 84 )F28 - 84
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 85 through 176 )F85 - 176
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 177 through 344 )F177 - 344
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 345 through 439 )F345 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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