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- PDB-4jcl: Crystal structure of Alpha-CGT from Paenibacillus macerans at 1.7... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jcl | ||||||
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Title | Crystal structure of Alpha-CGT from Paenibacillus macerans at 1.7 Angstrom resolution | ||||||
![]() | Cyclomaltodextrin glucanotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ALPHA BETA BARREL / CALCIUM BINDING / ALPHA CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE | ||||||
Function / homology | ![]() cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J. / Li, J. / Chen, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Alpha-Cgt from Paenibacillus Macerans at 1.7 Angstrom Resolution Authors: Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J. / Li, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 214.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 481.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1cgtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 74068.320 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P04830, cyclomaltodextrin glucanotransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 494 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PGE / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 30% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.1M CALCIUM CLORIDE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2009 |
Radiation | Monochromator: NUMERICAL LINK TYPE SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 72308 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 23.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 18.25 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / % possible all: 91.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1CGT Resolution: 1.7→47.45 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.71 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.06 Å2 / Biso mean: 28.82 Å2 / Biso min: 13.89 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→47.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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