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- PDB-4jcl: Crystal structure of Alpha-CGT from Paenibacillus macerans at 1.7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jcl
タイトルCrystal structure of Alpha-CGT from Paenibacillus macerans at 1.7 Angstrom resolution
要素Cyclomaltodextrin glucanotransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ALPHA BETA BARREL / CALCIUM BINDING (カルシウム) / ALPHA CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha amylase / IPT/TIG domain / IPT domain ...Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha amylase / IPT/TIG domain / IPT domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / 抗体 / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Cyclomaltodextrin glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus macerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J. / Li, J. / Chen, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Alpha-Cgt from Paenibacillus Macerans at 1.7 Angstrom Resolution
著者: Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J. / Li, J.
履歴
登録2013年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclomaltodextrin glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,18231
ポリマ－74,0681
非ポリマー2,11430
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.871, 78.559, 136.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyclomaltodextrin glucanotransferase / / Cyclodextrin-glycosyltransferase / CGTase


分子量: 74068.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus macerans (バクテリア)
株: ATCC 7069 / 遺伝子: cgtM / プラスミド: PET-20B(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P04830, cyclomaltodextrin glucanotransferase

-
非ポリマー , 7種, 494分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.1M CALCIUM CLORIDE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日
放射モノクロメーター: NUMERICAL LINK TYPE SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 72308 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 23.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 18.25
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CGT

1cgt


解像度: 1.7→47.45 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 3615 5 %
Rwork0.164 --
obs0.166 68613 91.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.71 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 129.06 Å2 / Biso mean: 28.82 Å2 / Biso min: 13.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å2-0 Å20 Å2
2---9.5377 Å20 Å2
3---7.1077 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5228 0 126 464 5818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0147473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9721911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004977
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6999-1.72230.33191070.2976238984
1.7223-1.74590.32611320.2858266193
1.7459-1.77090.30871500.2569276697
1.7709-1.79730.27721400.2411281899
1.7973-1.82540.27041290.21852897100
1.8254-1.85530.2911570.20782792100
1.8553-1.88730.25991720.18832822100
1.8873-1.92160.21631340.17212870100
1.9216-1.95860.21281570.15612826100
1.9586-1.99860.25211440.1628284499
1.9986-2.0420.2111550.1593283499
2.042-2.08950.18841510.153283499
2.0895-2.14180.21431550.15280098
2.1418-2.19970.20271500.1412277897
2.1997-2.26440.21041520.1411277597
2.2644-2.33750.19721690.1471274496
2.3375-2.4210.19341310.1501272895
2.421-2.5180.22641380.1514268593
2.518-2.63250.2251210.1538266891
2.6325-2.77130.17321590.1535245387
2.7713-2.94490.22961310.1485235382
2.9449-3.17230.22161110.1511219875
3.1723-3.49140.21361130.1652203570
3.4914-3.99640.16361000.1621200268
3.9964-5.03420.15761060.1428221474
5.0342-47.46850.19971510.1823282791
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1496-0.02720.07130.19840.17580.06120.0907-0.09920.10050.06-0.04310.0894-0.060.0378-00.2058-0.0010.02820.2285-0.01460.226-15.976-4.453234.1372
20.06220.0370.0271-0.0027-0.0014-0.0230.01590.0650.2079-0.0247-0.0516-0.0397-0.02330.019600.20280.00470.01180.2214-0.00320.2451-9.41122.113333.0669
30.0075-0.01280.01920.06790.06340.0463-0.05440.009-0.08990.02820.01410.18870.0432-0.1502-0.00010.21760.00250.04080.24380.01390.2745-25.7571-18.549633.511
40.0149-0.0226-0.04420.07650.10420.08810.0408-0.0144-0.0089-0.06940.01130.1595-0.0047-0.0756-00.2190.01070.00120.2521-0.02150.2627-23.5164-6.354427.1053
50.1308-0.02810.0122-0.02470.08890.3165-0.00040.0015-0.0173-0.03280.01650.0324-0.0021-0.0619-00.2038-0.00020.00350.22860.00090.2443-24.4676-14.821620.9088
60.026-0.0325-0.03410.00770.0077-0.0204-0.1313-0.0655-0.184-0.17920.0066-0.11630.12410.2232-00.25850.02170.03150.2290.01370.2589-14.1895-30.582617.5864
70.0829-0.09290.05490.0091-0.02520.00760.04790.03670.0508-0.04010.03360.080.09610.014900.23620.0053-0.00250.2612-0.00320.2101-21.5514-21.137614.6771
80.09140.0125-0.10930.04590.0294-0.024-0.0443-0.0281-0.0038-0.00430.02410.0160.00890.024700.24150.00520.00590.2259-0.00470.2073-15.5659-10.361215.0773
90.0043-0.0064-0.00140.00970.00140.00290.04520.15210.0646-0.0251-0.17070.084-0.15830.1102-0.00010.28760.0131-0.02580.2465-0.00050.2248-12.6285-5.43368.0022
100.0463-0.0142-0.0190.0128-0.00410.015-0.0924-0.0658-0.2265-0.0091-0.1293-0.03080.0461-0.0018-0.00010.24750.00030.0170.24430.00950.2213-7.08-7.864117.6169
110.00320.0076-0.01280.021-0.00250.02980.06490.281-0.07080.09520.005-0.02170.018-0.17010.00020.29270.0138-0.02090.24010.00530.24590.213-23.371324.7736
120.04620.0337-0.04920.02860.00630.06010.00430.0777-0.0213-0.05140.0261-0.01740.0448-0.1663-00.26270.0030.01840.2359-0.01410.2025-0.1584-19.522913.1771
13-0.01260.006-0.15410.28310.28560.21520.02540.0942-0.02260.0008-0.0068-0.1344-0.00540.0700.2097-0.00870.01170.18340.00090.21288.4539-17.037327.3466
140.00350.12490.05580.0159-0.0247-0.01410.07730.00640.0294-0.0626-0.00740.01260.170.2261-00.23710.0110.00410.20560.00610.2055-0.1883-12.616728.0399
150.0573-0.0265-0.0988-0.01410.10260.05360.0546-0.0225-0.049-0.0459-0.0181-0.07250.05770.042600.1928-0.0132-0.00310.2291-0.0030.19773.9064-8.289136.2115
160.01650.04050.06750.00060.0340.06370.0879-0.2814-0.14420.2431-0.0489-0.06290.0293-0.0739-00.2156-0.02280.00270.24920.01370.2377-7.6714-9.321342.3469
170.0120.03470.0199-0.01260.01130.00240.0801-0.15120.2780.0257-0.01930.0426-0.11680.06440.00010.2303-0.00540.02720.2459-0.02670.24964.63222.30535.837
180.23340.1319-0.05190.12290.1580.19540.06380.0407-0.054-0.1471-0.0257-0.12560.10020.075600.1613-00.02340.18510.01740.2217.9089-5.628129.2445
190.060.18590.07770.13850.1690.1166-0.0386-0.2735-0.0899-0.13690.003-0.10720.07930.1967-0.00030.2473-0.00820.05010.2172-0.0180.283722.21082.975933.1722
200.0402-0.05710.02640.1719-0.01410.10640.0564-0.0959-0.0345-0.08750.0381-0.07780.0114-0.1379-0.00010.20640.0060.02760.2057-0.00540.253316.59751.665524.9521
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:57)A4 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 58:78)A58 - 78
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15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 335:363)A335 - 363
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 364:384)A364 - 384
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 385:399)A385 - 399
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 400:446)A400 - 446
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 447:476)A447 - 476
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 477:508)A477 - 508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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