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Yorodumi- PDB-7c2h: Crystal Structure of the Thorarchaeota 2DGel3/rabbit actin complex -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c2h | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Thorarchaeota 2DGel3/rabbit actin complex | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / actin regulator | ||||||
Function / homology | Function and homology information cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oryctolagus cuniculus (rabbit) Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-83 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.352 Å | ||||||
Authors | Robinson, R.C. / Akil, C. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Insights into the evolution of regulated actin dynamics via characterization of primitive gelsolin/cofilin proteins from Asgard archaea Authors: Akil, C. / Tran, L.T. / Orhant-Prioux, M. / Baskaran, Y. / Manser, E. / Blanchoin, L. / Robinson, R.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7c2h.cif.gz | 247.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7c2h.ent.gz | 195.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7c2h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/7c2h | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7c2fC 7c2gSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42109.973 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryctolagus cuniculus (rabbit) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P68135 | ||||||
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#2: Protein | Mass: 23045.787 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Skeletal muscle Source: (gene. exp.) Candidatus Thorarchaeota archaeon SMTZ1-83 (archaea) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A135VDL7 | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-ATP / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M CHES pH 9.5 20% w/v polyethylene glycol 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Mar 29, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.352→40 Å / Num. obs: 23279 / % possible obs: 93.7 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 42.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 8.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7C2G Resolution: 2.352→31.206 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.34 Å2 / Biso mean: 58.3657 Å2 / Biso min: 26.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.352→31.206 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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