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- PDB-6l9j: Structure of yeast Snf5 and Swi3 subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l9j
タイトルStructure of yeast Snf5 and Swi3 subcomplex
要素
  • SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
  • SWI/SNF complex subunit SWI3
キーワードGENE REGULATION / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite activation of transcription / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II ...carbon catabolite activation of transcription / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain ...SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / SWI/SNF complex subunit SWI3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.642 Å
データ登録者Long, J. / Zhou, H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670758 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870750 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Snf5 and Swi3 subcomplex formation is required for SWI/SNF complex function in yeast.
著者: Zhou, H. / Chen, G. / Dong, C. / Zhao, X. / Shen, Z. / Chen, F. / Liu, B. / Long, J.
履歴
登録2019年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
B: SWI/SNF complex subunit SWI3
C: SWI/SNF complex subunit SWI3
D: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
E: SWI/SNF complex subunit SWI3
F: SWI/SNF complex subunit SWI3
G: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
H: SWI/SNF complex subunit SWI3
I: SWI/SNF complex subunit SWI3
J: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
K: SWI/SNF complex subunit SWI3
L: SWI/SNF complex subunit SWI3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,93221
ポリマ－280,10412
非ポリマー8299
水4,288238
1
A: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
B: SWI/SNF complex subunit SWI3
C: SWI/SNF complex subunit SWI3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0263
ポリマ－70,0263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
E: SWI/SNF complex subunit SWI3
F: SWI/SNF complex subunit SWI3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4868
ポリマ－70,0263
非ポリマー4605
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
H: SWI/SNF complex subunit SWI3
I: SWI/SNF complex subunit SWI3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1184
ポリマ－70,0263
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5
K: SWI/SNF complex subunit SWI3
L: SWI/SNF complex subunit SWI3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3026
ポリマ－70,0263
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)205.522, 146.459, 154.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit SNF5 / SWI/SNF complex subunit SNF5 / Transcription factor TYE4 / Transcription regulatory protein SNF5


分子量: 26817.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SNF5, SWI10, TYE4, YBR289W, YBR2036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18480
#2: タンパク質
SWI/SNF complex subunit SWI3 / Transcription factor TYE2 / Transcription regulatory protein SWI3


分子量: 21603.980 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SWI3, TYE2, YJL176C, J0495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32591
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM HEPES (pH 7.8), 230mM Li2SO4, 20%-24% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 99168 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 45.02 Å2 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.79
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / Num. unique obs: 4909 / Rpim(I) all: 0.365

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.642→48.621 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 4875 4.92 %
Rwork0.2285 94217 -
obs0.231 99092 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.85 Å2 / Biso mean: 44.6544 Å2 / Biso min: 17.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.642→48.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13381 0 126 238 13745
Biso mean--53.88 41.28 -
残基数----1605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88918568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0868289
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6425-2.67250.38331280.3118246478
2.6725-2.70390.42741240.3077316698
2.7039-2.73690.35251380.2975318799
2.7369-2.77150.32671450.2944311399
2.7715-2.8080.34641790.2918314699
2.808-2.84650.34351680.2944311699
2.8465-2.88710.37521550.28673187100
2.8871-2.93020.32651580.28543198100
2.9302-2.9760.34171660.27913121100
2.976-3.02480.35371690.28813169100
3.0248-3.07690.37021590.27783213100
3.0769-3.13290.33532000.26783113100
3.1329-3.19310.34541650.26563171100
3.1931-3.25830.3041570.27023169100
3.2583-3.32910.32971510.26523213100
3.3291-3.40650.2891690.24943159100
3.4065-3.49170.32491680.25783159100
3.4917-3.58610.29321710.23673153100
3.5861-3.69160.28522190.2211307798
3.6916-3.81070.2731840.21573163100
3.8107-3.94680.24821600.21173196100
3.9468-4.10480.2431540.19023163100
4.1048-4.29150.22471410.18713220100
4.2915-4.51760.21881460.1823183100
4.5176-4.80040.19691390.1788318599
4.8004-5.17060.23291640.1866315999
5.1706-5.69030.23551950.2027310698
5.6903-6.5120.23171760.21683190100
6.512-8.1980.26561770.2126319599
8.198-48.6210.2841500.2163316396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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