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- PDB-6k0v: Catalytic domain of GH87 alpha-1,3-glucanase D1069A in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k0v
タイトルCatalytic domain of GH87 alpha-1,3-glucanase D1069A in complex with tetrasaccharides
要素Alpha-1,3-glucanase
キーワードHYDROLASE / GH87 alpha-1 / 3-glucanase / catalytic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CBM6/CBM35/CBM36-like 1 / Alpha-1,3-glucanase catalytic domain D2 / Alpha-1,3-glucanase catalytic domain D1 / CARDB domain / CARDB / Carbohydrate binding module (family 35) / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. ...: / CBM6/CBM35/CBM36-like 1 / Alpha-1,3-glucanase catalytic domain D2 / Alpha-1,3-glucanase catalytic domain D1 / CARDB domain / CARDB / Carbohydrate binding module (family 35) / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Pectin lyase fold / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Pectin lyase fold/virulence factor / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-nigerose / Alpha-1,3-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus glycanilyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.504 Å
データ登録者Itoh, T. / Intuy, R. / Suyotha, W. / Hayashi, J. / Yano, S. / Makabe, K. / Wakayama, M. / Hibi, T.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into substrate recognition and catalysis by glycoside hydrolase family 87 alpha-1,3-glucanase from Paenibacillus glycanilyticus FH11.
著者: Itoh, T. / Intuy, R. / Suyotha, W. / Hayashi, J. / Yano, S. / Makabe, K. / Wakayama, M. / Hibi, T.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,3-glucanase
B: Alpha-1,3-glucanase
C: Alpha-1,3-glucanase
D: Alpha-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,47938
ポリマ－247,7404
非ポリマー5,73934
水10,827601
1
A: Alpha-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,56010
ポリマ－61,9351
非ポリマー1,6259
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4649
ポリマ－61,9351
非ポリマー1,5298
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alpha-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,39810
ポリマ－61,9351
非ポリマー1,4639
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alpha-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0569
ポリマ－61,9351
非ポリマー1,1218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.865, 132.617, 131.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alpha-1,3-glucanase


分子量: 61935.047 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain / 変異: D1069A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus glycanilyticus (バクテリア)
遺伝子: agl / 発現宿主: Brevibacillus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A068PS59

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-3DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose / alpha-nigerose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-nigerose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 628分子

#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 25% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.504→46.905 Å / Num. obs: 88523 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.504→2.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4522 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6K0M

6k0m


解像度: 2.504→46.905 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.99
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 4408 4.98 %
Rwork0.1788 --
obs0.1811 88467 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.8 Å2 / Biso mean: 35.9061 Å2 / Biso min: 13.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.504→46.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17188 0 346 601 18135
Biso mean--55.35 35.92 -
残基数----2248
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5043-2.53280.35061360.29832814295098
2.5328-2.56260.32891590.253227582917100
2.5626-2.59380.31081700.246228443014100
2.5938-2.62660.27531650.22728122977100
2.6266-2.66120.32841400.232628182958100
2.6612-2.69770.29171350.225228602995100
2.6977-2.73620.29341280.22128462974100
2.7362-2.7770.29391170.21828532970100
2.777-2.82040.29641560.210628322988100
2.8204-2.86660.26171640.205527612925100
2.8666-2.91610.27041510.203728693020100
2.9161-2.96910.28231590.213727902949100
2.9691-3.02620.28011570.208628583015100
3.0262-3.08790.29351530.212627932946100
3.0879-3.15510.27251570.205928603017100
3.1551-3.22850.25271370.196428042941100
3.2285-3.30920.21841270.185628502977100
3.3092-3.39860.26181530.17972820297399
3.3986-3.49860.21361680.17042766293499
3.4986-3.61150.22641260.16312866299299
3.6115-3.74050.20051000.15852832293299
3.7405-3.89020.18141590.15372764292398
3.8902-4.06720.18891950.14492709290497
4.0672-4.28140.18821680.13962720288897
4.2814-4.54950.18441320.13262709284195
4.5495-4.90040.16351480.12622690283894
4.9004-5.39290.17591320.14022752288496
5.3929-6.17180.18831470.17142758290597
6.1718-7.77010.21041000.18852883298398
7.7701-46.91280.18191690.19322768293796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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