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- PDB-6u9l: Imidazole-triggered RAS-specific subtilisin SUBT_BACAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u9l
タイトルImidazole-triggered RAS-specific subtilisin SUBT_BACAM
要素SUBTILISIN BPN'
キーワードHYDROLASE / engineered protease
機能・相同性: / THIOCYANATE ION
機能・相同性情報
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Toth, E.A. / Bryan, P.N. / Orban, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Engineering subtilisin proteases that specifically degrade active RAS.
著者: Chen, Y. / Toth, E.A. / Ruan, B. / Choi, E.J. / Simmerman, R. / Chen, Y. / He, Y. / Wang, R. / Godoy-Ruiz, R. / King, H. / Custer, G. / Travis Gallagher, D. / Rozak, D.A. / Solomon, M. / ...著者: Chen, Y. / Toth, E.A. / Ruan, B. / Choi, E.J. / Simmerman, R. / Chen, Y. / He, Y. / Wang, R. / Godoy-Ruiz, R. / King, H. / Custer, G. / Travis Gallagher, D. / Rozak, D.A. / Solomon, M. / Muro, S. / Weber, D.J. / Orban, J. / Fuerst, T.R. / Bryan, P.N.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: SUBTILISIN BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,95610
ポリマ－26,4571
非ポリマー5009
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.650, 58.650, 124.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 SUBTILISIN BPN'


分子量: 26456.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bis-TRIS propane pH 8.5, 0.2 M KSCN, and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→53.08 Å / Num. obs: 24845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 26.7 / Num. measured all: 675806 / Scaling rejects: 825
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 26.6 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Num. measured all: 34830 / Num. unique obs: 1307 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.424 / Net I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.466
最高解像度最低解像度
Rotation42.73 Å1.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1spb

1spb


解像度: 1.7→53.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.1697 / WRfactor Rwork: 0.1458 / FOM work R set: 0.9065 / SU B: 1.499 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0933 / SU Rfree: 0.0888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1735 1217 4.9 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.1483 23555 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.54 Å2 / Biso mean: 13.729 Å2 / Biso min: 7.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→53.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1846 0 24 185 2055
Biso mean--34.29 23.36 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.821.9472603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.51434072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0845269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.85825.86258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92615261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.156152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02391
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 72 -
Rwork0.186 1729 -
all-1801 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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