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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u4a | ||||||
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タイトル | BRD3-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_3 | ||||||
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![]() | Transcription/Inhibitor / BET / bromodomain / macrocyclic peptide / BRD3 / inhibitor / RaPID / Transcription-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / lysine-acetylated histone binding / chromatin organization / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patel, K. / Walshe, J.L. / Walport, L.J. / Mackay, J.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cyclic peptides can engage a single binding pocket through highly divergent modes. 著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, ...著者: Patel, K. / Walport, L.J. / Walshe, J.L. / Solomon, P.D. / Low, J.K.K. / Tran, D.H. / Mouradian, K.S. / Silva, A.P.G. / Wilkinson-White, L. / Norman, A. / Franck, C. / Matthews, J.M. / Guss, J.M. / Payne, R.J. / Passioura, T. / Suga, H. / Mackay, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6u61C ![]() 6u6kC ![]() 6u6lC ![]() 6u71C ![]() 6u72C ![]() 6u74C ![]() 6u8gC ![]() 6u8hC ![]() 6u8iC ![]() 6u8mC ![]() 6ulpC ![]() 6ulqC ![]() 6ultC ![]() 6ulvC ![]() 3s91S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15095.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1466.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium sulfate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 20 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→43.84 Å / Num. obs: 23076 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.92 Å / Num. unique obs: 1421 / CC1/2: 0.883 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3S91 解像度: 1.88→43.82 Å / SU ML: 0.1844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.4008
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→43.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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