PDB-6u3t: Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u3t

タイトル

Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of methicillin-resistant S. aureus

要素

Alpha-hemolysin

キーワード

TOXIN / alpha-toxin / PVL / Leukocidins / MRSA

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-based discovery of a small-molecule inhibitor of methicillin-resistantStaphylococcus aureusvirulence.
著者: Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M.

履歴

登録	2019年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u3t.cif.gz	225.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u3t.ent.gz	183.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6u3t_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6u3t_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6u3t_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	6u3t_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/6u3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/6u3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u2sC 6u33C 6u3fC 6u3yC 6u49C 6u4pC 4yhdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tps-2 3t7j-3 3t7i-3 4i0n-d 5t59-1 5p2p-d 4iyc-1 4yhd-3 1p2p-1 4co6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (9) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (2) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (9)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (2)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-hemolysin

B: Alpha-hemolysin

ヘテロ分子

68.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Alpha-hemolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-hemolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Alpha-hemolysin

B: Alpha-hemolysin

ヘテロ分子

x 8

ソフトウェアが定義した集合体
548 kDa, 16 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_755	-x+2,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_645	-y+1,x-1,z	1
crystal symmetry operation	4_665	y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	5_755	-x+2,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	7_645	y+1,x-1,-z	1
crystal symmetry operation	8_665	-y+1,-x+1,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.180, 136.180, 166.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-406- SO4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 18 - 292 / Label seq-ID: 18 - 292

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Alpha-hemolysin / Alpha-HL / Alpha-toxin 分子量: 33222.930 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-319 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: hly, hla / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P09616
#2: 化合物	ChemComp-PQJ / fos-choline-14 / tetradecyl 2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethyl hydrogen phosphate 分子量: 380.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₄₃NO₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10 mg/mL protein in 10 mM sodium acetate, pH 5.4, 5 mM Fos-Choline-14, 40 mM beta-OG, 0.4 mM Deoxy-Big CHAP against reservoir solution of 1.5 M ammonium sulfate, 0.25 M potassium sodium ...詳細: 10 mg/mL protein in 10 mM sodium acetate, pH 5.4, 5 mM Fos-Choline-14, 40 mM beta-OG, 0.4 mM Deoxy-Big CHAP against reservoir solution of 1.5 M ammonium sulfate, 0.25 M potassium sodium tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 6.0

結晶

マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.68 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10 mg/mL protein in 10 mM sodium acetate, pH 5.4, 5 mM Fos-Choline-14, 40 mM beta-OG, 0.4 mM Deoxy-Big CHAP against reservoir solution of 1.5 M ammonium sulfate, 0.25 M potassium sodium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→43.82 Å / Num. obs: 19666 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.956 / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1262 / CC_1/2: 0.716 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4YHD

4yhd

解像度: 2.79→43.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 26.349 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.877 / ESU R Free: 0.333 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	975	5 %	RANDOM
R_work	0.1971	-	-	-
obs	0.1996	18691	99.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 167.11 Å² / B_iso mean: 71.638 Å² / B_iso min: 48.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.76 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.79→43.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4114	0	75	51	4240
B_iso mean	-	-	116.12	59.38	-
残基数	-	-	-	-	504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.956	1.661	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.233	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.801	23.624	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.288	15	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.954	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3230

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8316 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.79→2.862 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	66	-
R_work	0.295	1268	-
all	-	1334	-
obs	-	-	93.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6047	-8.4378	-10.1766	12.0876	11.5684	13.6267	-0.2899	-0.8275	-0.3757	-0.1431	0.0994	0.4802	-0.2467	0.9634	0.1905	0.2791	-0.0414	0.0596	0.3065	-0.0359	0.2152	146.119	-32.384	54.534
2	3.4553	-1.6298	-2.8439	0.7714	1.3242	3.0145	-0.3012	-0.0579	-0.2666	0.1551	0.0303	0.1215	0.3602	0.0523	0.2709	0.1552	0.0273	0.0402	0.1824	-0.0105	0.1954	144.739	-34.49	50.507
3	3.1	-0.767	-3.3803	0.2773	1.0239	4.2603	-0.07	-0.1445	-0.0638	0.1368	0.0748	-0.0308	0.3174	0.1584	-0.0048	0.2081	0.0379	0.001	0.136	-0.0058	0.1614	143.319	-34.602	43.01
4	3.7625	0.1814	-3.2543	0.0128	-0.1643	3.0125	-0.5391	-0.0445	-0.5023	-0.0376	0.056	-0.0259	0.7589	0.0793	0.4832	0.4435	0.069	0.0732	0.2116	-0.0461	0.2054	147.389	-41.983	28.876
5	0.7094	1.3741	-1.7935	5.0286	-6.6334	8.7519	0.0447	-0.0139	-0.1831	-0.1518	0.0086	0.0329	0.2011	-0.0174	-0.0533	0.1516	-0.0035	0.0425	0.1643	-0.0304	0.1997	130.037	-34.941	46.042
6	0.7783	-2.5636	-1.8889	8.8001	8.5768	20.7162	0.0254	0.0515	0.0891	-0.1056	-0.2719	-0.1972	-0.099	-0.7778	0.2466	0.0311	0.0347	-0.0272	0.1018	0.0056	0.1128	137.924	-21.522	37.986
7	4.6894	-4.7117	3.2887	12.8592	1.8993	13.2145	-0.0397	-0.0319	0.1082	0.5795	0.1786	-0.3108	-0.0409	0.2596	-0.1388	0.1474	-0.0262	-0.0067	0.0952	0.034	0.1059	141.03	-22.892	43.375
8	4.8658	0.3656	-1.0636	0.0474	0.2187	6.2789	0.005	0.2199	0.0141	-0.0051	0.0452	0.0155	0.1937	-0.1811	-0.0502	0.1857	0.0242	-0.0299	0.1973	0.0534	0.1219	139.311	-30.605	30.986
9	6.102	3.9125	-8.0312	3.7265	-6.1767	11.8964	-0.1517	0.1664	0.2231	-0.4242	0.2244	0.19	0.6613	-0.242	-0.0727	0.1835	0.0244	0.06	0.2053	0.0185	0.1798	135.393	-36.115	34.969
10	6.6092	-5.2282	-0.6887	6.0168	-3.463	8.6167	-0.1741	0.1518	0.1702	0.339	0.007	-0.2171	-0.4486	-0.2794	0.1671	0.2269	-0.0471	0.007	0.1692	0.0804	0.2133	148.79	-26.262	12.955
11	0.6596	-1.5744	-0.4441	5.2677	2.7904	2.3383	0.0095	-0.303	0.0575	0.0711	-0.0503	-0.012	0.0168	-0.8181	0.0408	0.1118	0.1078	0.0336	0.8281	0.081	0.2343	141.964	-35.547	16.095
12	11.8641	6.9732	-3.9508	5.2252	1.5233	14.4418	-0.3838	0.0409	-0.048	-0.4293	-0.1255	0.1131	-0.5644	-0.5576	0.5092	0.0761	0.101	-0.0476	0.2722	-0.0423	0.0771	145.697	-38.241	5.658
13	1.0346	1.1549	-2.1374	9.1505	0.1206	5.2768	0.0848	0.1343	0.2784	0.1251	0.4884	0.1942	-0.0538	-0.0983	-0.5732	0.1776	0.0627	0.0087	0.2282	0.0134	0.1434	151.701	-34.472	13.626
14	1.7753	-0.8058	-1.9018	5.9165	-1.3165	2.9577	0.0713	-0.0496	0.5592	-0.0986	0.3225	-0.6703	-0.0197	0.1199	-0.3938	0.1473	0.0057	0.0453	0.522	0.0012	0.3194	158.478	-33.908	15.088
15	0.3381	0.0937	-1.32	1.0472	-0.4336	5.1757	0.1268	0.0074	0.0506	0.0569	0.1064	0.0129	-0.4565	-0.016	-0.2332	0.2344	0.0307	-0.0096	0.186	0.0462	0.1702	141.238	-32.194	42.317
16	2.7627	0.1429	-3.9532	0.1153	-0.2476	6.5878	-0.1948	-0.0006	-0.3315	0.0225	-0.0851	0.0206	0.3357	0.019	0.2798	0.151	0.0175	0.0133	0.1168	0.0183	0.1624	140.831	-41.807	43.026
17	12.46	-1.5098	-7.2676	0.192	0.875	4.2426	-0.1417	0.4483	-0.4297	-0.012	-0.071	0.0854	0.09	-0.2608	0.2127	0.1923	0.0107	-0.0456	0.3015	-0.0279	0.1615	154.327	-41.874	5.873
18	1.7674	0.0555	-3.1171	1.5904	-0.4524	5.6968	-0.4335	0.0708	-0.2544	0.0517	-0.0277	-0.0784	0.9098	-0.1819	0.4613	0.2572	-0.0678	0.0042	0.1238	-0.0116	0.2203	144.567	-44.74	37.771
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26	9.4434	5.0704	-4.5139	6.8817	1.8671	8.0011	0.2377	-0.2679	0.1538	0.3319	-0.1627	-0.2061	0.1595	0.1838	-0.075	0.1394	0.0282	0.0091	0.0557	0.0513	0.3158	123.525	-19.592	43.367
27	12.1085	-2.2211	-0.7074	2.9731	1.0233	0.353	-0.0714	0.0912	0.1486	0.0491	0.0014	0.1808	0.0178	-0.0111	0.0701	0.1552	0.0076	-0.0022	0.2041	0.0586	0.0764	117.105	-23.833	30.72
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31	24.9416	-20.5459	-6.1177	21.8898	8.9759	4.6226	0.0669	0.4935	-0.3563	-0.2599	-0.3169	0.4988	-0.1751	-0.0629	0.25	0.1011	-0.0654	0.005	0.1737	-0.0107	0.0301	117.92	-34.7	5.469
32	0.4339	-2.2173	-0.1475	12.4434	1.1767	0.2231	0.1192	0.1043	-0.0953	-0.6633	0.0155	0.0903	0.0277	0.1892	-0.1347	0.3137	0.0916	-0.0359	0.4269	-0.1421	0.2251	124.348	-35.832	13.861
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34	5.423	-3.4019	-7.4843	2.2874	4.2154	12.133	0.0716	0.2078	0.0541	-0.0418	-0.1528	-0.0187	-0.0596	-0.2468	0.0812	0.0709	-0.0619	0.0169	0.099	-0.0302	0.1458	117.362	-26.145	42.251
35	2.0813	-1.3999	-4.4749	1.7121	4.3069	12.2996	-0.2479	0.0183	-0.2582	0.1135	-0.2164	0.2323	0.3761	-0.194	0.4644	0.1465	-0.013	0.0161	0.1519	-0.0414	0.1681	110.415	-32.891	42.753
36	3.6464	-3.1396	-2.0171	6.7	3.8609	2.5816	-0.1388	0.0406	-0.22	-0.3099	-0.3878	0.5793	0.1097	-0.2701	0.5266	0.3037	-0.0051	0.0865	0.1868	-0.1041	0.1893	121.61	-43.238	6.141
37	1.416	0.0681	-1.6428	0.8419	1.6808	5.6899	-0.1261	0.0608	-0.1248	0.089	-0.0445	-0.0208	0.219	-0.13	0.1706	0.2172	-0.016	-0.0175	0.0597	0.0131	0.204	111.033	-37.78	37.118
38	2.6975	-3.239	1.395	7.2153	3.921	10.3585	-0.1681	-0.132	-0.0086	0.4398	0.0429	-0.0124	0.2922	-0.1959	0.1252	0.0983	-0.0417	0.0169	0.0765	0.0264	0.1447	112.41	-29.425	61.492

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	71 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	92 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	108 - 117
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	143 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	149 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	159 - 174
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	175 - 181
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	182 - 186
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	187 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	193 - 199
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	200 - 217
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	218 - 235
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	236 - 258
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	259 - 268
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	269 - 284
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	285 - 293
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	16 - 29
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	30 - 45
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	46 - 70
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	71 - 91
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	92 - 107
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	108 - 117
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	143 - 148
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	149 - 158
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	159 - 174
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	175 - 181
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	182 - 186
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	187 - 192
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	193 - 199
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	200 - 217
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	218 - 235
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	236 - 258
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	259 - 268
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	269 - 284
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	285 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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