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- PDB-6txq: The high resolution structure of the FERM domain and helical link... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6txq
タイトルThe high resolution structure of the FERM domain and helical linker of human moesin
要素Moesin
キーワードPROTEIN BINDING / PIP / FERM domain / Alzheimer's disease / CD44
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte migration / T cell aggregation / regulation of organelle assembly / positive regulation of early endosome to late endosome transport / membrane to membrane docking / uropod / immunological synapse formation / gland morphogenesis / positive regulation of protein localization to early endosome / cellular response to testosterone stimulus ...regulation of lymphocyte migration / T cell aggregation / regulation of organelle assembly / positive regulation of early endosome to late endosome transport / membrane to membrane docking / uropod / immunological synapse formation / gland morphogenesis / positive regulation of protein localization to early endosome / cellular response to testosterone stimulus / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / establishment of endothelial barrier / positive regulation of podosome assembly / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / regulation of cell size / microvillus membrane / pseudopodium / microvillus / Recycling pathway of L1 / T cell proliferation / T cell migration / cell adhesion molecule binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cell periphery / adherens junction / filopodium / structural constituent of cytoskeleton / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / apical part of cell / positive regulation of protein catabolic process / regulation of cell shape / double-stranded RNA binding / actin binding / blood microparticle / vesicle / basolateral plasma membrane / cytoskeleton / apical plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain ...Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Moesin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Kelly, J.J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1U54AG065187-01 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of FERM domain protein-protein interaction inhibitors for MSN and CD44 as a potential therapeutic approach for Alzheimer's disease.
著者: Du, Y. / Bradshaw, W.J. / Leisner, T.M. / Annor-Gyamfi, J.K. / Qian, K. / Bashore, F.M. / Sikdar, A. / Nwogbo, F.O. / Ivanov, A.A. / Frye, S.V. / Gileadi, O. / Brennan, P.E. / Levey, A.I. / ...著者: Du, Y. / Bradshaw, W.J. / Leisner, T.M. / Annor-Gyamfi, J.K. / Qian, K. / Bashore, F.M. / Sikdar, A. / Nwogbo, F.O. / Ivanov, A.A. / Frye, S.V. / Gileadi, O. / Brennan, P.E. / Levey, A.I. / Axtman, A.D. / Pearce, K.H. / Fu, H. / Katis, V.L.
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Moesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2002
ポリマ－41,1411
非ポリマー591
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.419, 112.419, 61.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-624-

HOH

21AAA-636-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Moesin / Membrane-organizing extension spike protein


分子量: 41141.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P26038
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3547.6
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.50.1M ammonium acetate, 0.1M tris pH 8.5, 32% propan-2-ol
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.50.2M ammonium acetate, 0.1M tris pH 8.5, 34% propan-2-ol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→112.42 Å / Num. obs: 41463 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 88.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.262 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 51.5 % / Rmerge(I) obs: 16.039 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2210 / CC1/2: 0.377 / Rpim(I) all: 3.121 / Rrim(I) all: 16.345 / Χ2: 0.79 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E5W

1e5w


解像度: 1.73→79.492 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.468 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 1912 4.619 %
Rwork0.1996 --
all0.201 --
obs-41394 99.976 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.962 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.962 Å2-0 Å2
3----1.924 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→79.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2695 0 4 164 2863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.6473736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3431.5836124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.865327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69322.778162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99515539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2711519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1760.22322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21292
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2470.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.270.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1690.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3483.811300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3173.8051298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4865.6951623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4955.71624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3224.4021474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.324.4031475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5696.3522111
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5686.3532112
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.23143.3063095
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.23643.1973074
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.73-1.7750.3561220.35528680.35529920.4710.49699.93320.354
1.775-1.8240.3641430.32528020.32729500.6310.67299.83050.318
1.824-1.8760.41270.30327200.30728490.720.77499.92980.286
1.876-1.9340.3031270.27526520.27627790.8420.8531000.25
1.934-1.9970.3051270.25525690.25826960.8440.8761000.226
1.997-2.0680.2651270.23424830.23626100.8980.9021000.208
2.068-2.1460.291070.22424050.22725120.8910.9091000.201
2.146-2.2330.2561000.21423280.21624290.9160.91899.95880.192
2.233-2.3320.2491030.20922560.2123590.9160.9331000.192
2.332-2.4460.2351180.19121300.19322480.9240.941000.177
2.446-2.5780.2581020.19820180.20121200.910.9371000.187
2.578-2.7340.2911000.20419250.20920250.9050.9321000.197
2.734-2.9230.228910.19618240.19819150.9390.9441000.194
2.923-3.1570.23890.19916960.20117850.9330.9431000.201
3.157-3.4580.231730.20615920.20816650.9470.9441000.212
3.458-3.8650.206750.18914310.1915060.9460.9511000.202
3.865-4.4610.194640.1612700.16113340.9550.9671000.177
4.461-5.4590.172540.15710990.15811530.9740.9741000.176
5.459-7.7020.236340.198870.1919210.9610.9711000.206
7.702-79.4920.183290.1795260.185550.9730.9721000.196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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