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- PDB-8cir: The FERM domain of human moesin with a bound peptide identified b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cir
タイトルThe FERM domain of human moesin with a bound peptide identified by phage display
要素
  • C3P
  • Moesin
キーワードPROTEIN BINDING / PIP / FERM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte migration / T cell aggregation / regulation of organelle assembly / positive regulation of early endosome to late endosome transport / membrane to membrane docking / uropod / immunological synapse formation / gland morphogenesis / positive regulation of protein localization to early endosome / cellular response to testosterone stimulus ...regulation of lymphocyte migration / T cell aggregation / regulation of organelle assembly / positive regulation of early endosome to late endosome transport / membrane to membrane docking / uropod / immunological synapse formation / gland morphogenesis / positive regulation of protein localization to early endosome / cellular response to testosterone stimulus / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / establishment of endothelial barrier / positive regulation of podosome assembly / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / microvillus membrane / regulation of cell size / pseudopodium / microvillus / Recycling pathway of L1 / T cell proliferation / T cell migration / cell adhesion molecule binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cell periphery / adherens junction / filopodium / structural constituent of cytoskeleton / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / apical part of cell / positive regulation of protein catabolic process / regulation of cell shape / double-stranded RNA binding / actin binding / blood microparticle / vesicle / basolateral plasma membrane / cytoskeleton / apical plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain ...Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Moesin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Leisner, T.M. / Fairhead, M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Pearce, K.H. / Brennan, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)5U54AG065187-03 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of FERM domain protein-protein interaction inhibitors for MSN and CD44 as a potential therapeutic approach for Alzheimer's disease.
著者: Du, Y. / Bradshaw, W.J. / Leisner, T.M. / Annor-Gyamfi, J.K. / Qian, K. / Bashore, F.M. / Sikdar, A. / Nwogbo, F.O. / Ivanov, A.A. / Frye, S.V. / Gileadi, O. / Brennan, P.E. / Levey, A.I. / ...著者: Du, Y. / Bradshaw, W.J. / Leisner, T.M. / Annor-Gyamfi, J.K. / Qian, K. / Bashore, F.M. / Sikdar, A. / Nwogbo, F.O. / Ivanov, A.A. / Frye, S.V. / Gileadi, O. / Brennan, P.E. / Levey, A.I. / Axtman, A.D. / Pearce, K.H. / Fu, H. / Katis, V.L.
履歴
登録2023年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.42023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Moesin
B: Moesin
C: C3P
D: C3P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,12230
ポリマ－85,8004
非ポリマー2,32226
水15,133840
1
A: Moesin
C: C3P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,11416
ポリマ－42,9002
非ポリマー1,21414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
2
B: Moesin
D: C3P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,00814
ポリマ－42,9002
非ポリマー1,10812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area21470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.466, 155.391, 63.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
32A
42A

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMET1 - 3382 - 339
211METMET1 - 3382 - 339
322THRTHR4 - 155 - 16
422THRTHR4 - 155 - 16

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Moesin / Membrane-organizing extension spike protein


分子量: 41141.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSN / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P26038
#2: タンパク質・ペプチド C3P


分子量: 1758.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 866分子

#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM sodium bromide, 100 mM bis-tris-propane, 10% ethylene glycol, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→77.7 Å / Num. obs: 74812 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4621 / CC1/2: 0.347 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→77.696 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.813 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 1933 2.586 %
Rwork0.1777 72826 -
all0.179 --
obs-74759 99.96 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.484 Å20 Å2-0.396 Å2
2---0.521 Å2-0 Å2
3---0.095 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→77.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5913 0 89 840 6842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0126208
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.6588340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.541.5713691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5375738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.928544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.652101221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.06110318
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0320.24
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026901
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1870.25096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22842
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.23203
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0650.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.240.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2030.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5553.1262872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5463.1242871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8614.6633591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.864.6643592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5343.6293336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5333.6293337
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7465.1884733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7455.1884734
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.9248.2457285
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.82442.2447024
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0940.0511112
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0870.05312
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.094290.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.094290.05008
23AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.087280.0501
24AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.087280.0501
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.85-1.8980.3421490.30953720.3155410.9170.92799.63910.305
1.898-1.950.291230.27252450.27253690.9410.94899.98140.262
1.95-2.0070.2831460.24350410.24451870.9470.961000.229
2.007-2.0680.2651240.22250280.22351540.9530.96799.96120.203
2.068-2.1360.2821190.20947640.21148850.9470.97299.95910.19
2.136-2.2110.2471240.18746380.18947620.9640.9781000.168
2.211-2.2940.2391410.17144660.17346080.9640.98299.97830.153
2.294-2.3880.2731150.17243250.17444410.960.98199.97750.152
2.388-2.4940.2661200.17341080.17642280.9620.9821000.153
2.494-2.6160.191910.1539780.15140690.9770.9871000.136
2.616-2.7570.199950.15437540.15538500.9780.98699.9740.141
2.757-2.9240.2281060.1635470.16236540.9690.98599.97260.151
2.924-3.1250.231700.17933680.1834380.9670.9811000.171
3.125-3.3750.241900.18531180.18732080.9670.9821000.183
3.375-3.6970.228660.17428770.17529430.9650.9851000.175
3.697-4.1320.224610.14426170.14526780.9740.9881000.15
4.132-4.7690.177810.13622650.13823460.9820.9891000.145
4.769-5.8350.218400.1619680.16220080.980.9891000.168
5.835-8.2290.279480.18315020.18615500.9670.9831000.192
8.229-77.6960.371240.1888470.1938720.9380.97499.88530.195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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