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万見
- PDB-5duo: Crystal structure of native translocator protein 18kDa (TSPO) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5duo
タイトルCrystal structure of native translocator protein 18kDa (TSPO) from Rhodobacter sphaeroides (A139T Mutant) in C2 space group
要素Tryptophan-rich sensory protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mitochondria / transport / 5 transmembrane helices
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrapyrrole metabolic process / tetrapyrrole binding / lipid binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TspO/MBR-related protein / TspO/MBR-related superfamily / TspO/MBR family
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PROTOPORPHYRIN IX / Tryptophan-rich sensory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, F. / Liu, J. / Zheng, Y. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM26916 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Response to Comment on "Crystal structures of translocator protein (TSPO) and mutant mimic of a human polymorphism".
著者: Li, F. / Liu, J. / Zheng, Y. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.
履歴
登録2015年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan-rich sensory protein
B: Tryptophan-rich sensory protein
C: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,83521
ポリマ－53,8323
非ポリマー6,00318
水1,09961
1
A: Tryptophan-rich sensory protein
B: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,46516
ポリマ－35,8882
非ポリマー4,57714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area15640 Å2
手法PISA
2
C: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子

C: Tryptophan-rich sensory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,74010
ポリマ－35,8882
非ポリマー2,8528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3660 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.388, 99.191, 95.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan-rich sensory protein / TSPO / Translocator protein TspO / TspO regulatory protein / Translocator protein 18 kDa


分子量: 17943.988 Da / 分子数: 3 / 変異: A139T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: tspO, crtK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RFC8
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-PP9 / PROTOPORPHYRIN IX / 8,13-ジエテニル-3,7,12,17-テトラメチル-21H,23H-ポルフィリン-2,18-ジプロパン酸


分子量: 562.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34N4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細Protoporphyrin IX was used as a representative of a porphyrin compound and was the best ...Protoporphyrin IX was used as a representative of a porphyrin compound and was the best interpretation of the extra density based on spectral data that showed what appeared to be an oxidized porphyrin.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 31% v/v pentaerythritol ethoxylate 15/04, 100 mM Tris, pH 7.0, 200 mM ammonium acetate
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.003 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47 Å / Num. all: 22331 / Num. obs: 22331 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1402 / Net I/σ(I): 8.68
反射 シェル解像度: 2.349→2.433 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.127 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→46.984 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2443 837 4.01 %Random selection
Rwork0.1889 20059 --
obs0.1912 20896 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.11 Å2 / Biso mean: 42.3742 Å2 / Biso min: 19.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→46.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3731 0 391 61 4183
Biso mean--54.36 44.04 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1515730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6322435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.55040.37071390.277433073446
2.5504-2.74730.30341390.223233363475
2.7473-3.02370.2781390.207333463485
3.0237-3.46110.26431390.181433233462
3.4611-4.36020.19731400.162933483488
4.3602-46.99340.22011410.177733993540

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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