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- PDB-6tww: Variant W229D/F290W-19 of the last common ancestor of Gram-negati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tww
タイトルVariant W229D/F290W-19 of the last common ancestor of Gram-negative bacteria beta-lactamase class A (GNCA4)
要素Beta-Lactamase (GNCA4)
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED
機能・相同性Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Risso, V. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Romero-Rivera, A. / Kamerlin, S.C.L.
資金援助 スペイン, 米国, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-74875-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2015-66426-R スペイン
Human Frontier Science Program (HFSP)RGP0041/2017 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Enhancing ade novoenzyme activity by computationally-focused ultra-low-throughput screening.
著者: Risso, V.A. / Romero-Rivera, A. / Gutierrez-Rus, L.I. / Ortega-Munoz, M. / Santoyo-Gonzalez, F. / Gavira, J.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Kamerlin, S.C.L.
履歴
登録2020年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-Lactamase (GNCA4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,34311
ポリマ－28,8681
非ポリマー47510
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.230, 78.230, 198.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1799-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-Lactamase (GNCA4)


分子量: 28868.441 Da / 分子数: 1 / 変異: W229D, F290W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 376分子

#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4.0 M Sodium formate, 100 mM Tris HCl pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→47.31 Å / Num. obs: 74330 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 15.91 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0498 / Rpim(I) all: 0.0129 / Rrim(I) all: 0.0515 / Net I/σ(I): 27.24
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6767 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 7295 / CC1/2: 0.887 / CC star: 0.969 / Rpim(I) all: 0.2266 / Rrim(I) all: 0.7146 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
EDNAデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UHU

4uhu


解像度: 1.38→47.31 Å / SU ML: 0.1144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.1237
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1659 2000 2.69 %
Rwork0.1505 --
obs0.1509 74324 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→47.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2021 0 30 366 2417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27423145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0964356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.70321251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.420.21431400.20795084X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.450.20621410.1785064X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.50.17821400.16365060X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.550.19681400.15285094X-RAY DIFFRACTION99.96
1.55-1.60.15731410.14885103X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.660.14831410.14035089X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.740.1641420.14745118X-RAY DIFFRACTION99.98
1.74-1.830.1621400.1475102X-RAY DIFFRACTION99.96
1.83-1.950.16661430.1485127X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.10.17131420.14125150X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.310.17461440.13955196X-RAY DIFFRACTION99.98
2.31-2.640.18661440.15395222X-RAY DIFFRACTION100
2.64-3.330.181470.15815303X-RAY DIFFRACTION99.98
3.33-47.310.13671550.1475612X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.845647246438-0.2832327091740.04007864643170.652119650244-0.06989625023520.309583190643-0.0245323662023-0.00279802063907-0.005044201990340.02142423022690.0388832013796-0.0820405642819-0.004626461999680.0796495728843-0.009655158942140.1270832777510.00509175111033-0.006092588872340.13926415188-0.004675643874070.114735308034-15.62749488917.8265370504-13.0875731847
21.93723789137-1.780952053961.354679185514.78503480073-2.292581621022.68843327725-0.009400724340270.0614881460801-0.202715147885-0.2162964981370.03235025430230.339880330270.0318543023227-0.100514408959-0.0008439183754430.164069002972-0.0166685820544-0.01594904179090.184899127018-0.03893139213320.2283585566-39.7130339761-0.039834636283-22.7909348822
33.15252879228-1.47079420610.08890922887933.418321678090.009399515091212.37781785376-0.0645711057723-0.149228249242-0.3565918223780.2469105405960.009651246544990.1738544013890.1783675887370.06437866760780.07464967727770.198581305001-0.007848401299010.009703748544040.156987128690.01538208517230.218445919174-31.6392631931-7.58806277631-12.1392747957
40.5469702702750.1365236583580.03437624421660.9178227595890.3515473401430.733060627814-0.00459676013228-0.00329726572077-0.04965370866090.033872469006-0.0004183854186510.03032649943150.01197668662030.00368505675268-0.0004201778907290.1340864423460.00745491645722-0.008127901686670.125499852987-0.001056127992990.13415855136-24.928289996511.0200408631-15.2475528914
52.29744926414-0.08236053724060.1761906548381.6138762415-0.1172199940722.61117281337-0.0360180905183-0.1799915094250.05383430769530.2482456802150.0327790062709-0.0463706910886-0.02697806347420.0889083439703-0.01726144809520.133299208156-0.014569090798-0.02287255699290.171049485989-0.003082305207250.115985900958-15.132008151818.6769693403-3.07316061942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 98 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 258 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 259 through 296 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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