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- PDB-6ty6: Variant W229D/F290W-2 of the last common ancestor of Gram-negativ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ty6 | ||||||||||||
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Title | Variant W229D/F290W-2 of the last common ancestor of Gram-negative bacteria beta-lactamase class A (GNCA4) bound to 5(6)-nitrobenzotriazole (TS-analog) | ||||||||||||
![]() | Beta lactamase (GNCA4-2) | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED | ||||||||||||
Function / homology | 6-NITROBENZOTRIAZOLE / ACETATE ION / FORMIC ACID![]() | ||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Gavira, J.A. / Risso, V. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Romero-Rivera, A. / Kamerlin, S.C.L. / Ortega-Munoz, M. / Santoyo-Gonzalez, F. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Enhancing ade novoenzyme activity by computationally-focused ultra-low-throughput screening. Authors: Risso, V.A. / Romero-Rivera, A. / Gutierrez-Rus, L.I. / Ortega-Munoz, M. / Santoyo-Gonzalez, F. / Gavira, J.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Kamerlin, S.C.L. | ||||||||||||
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 421.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 286.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 57.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6twwC ![]() 6txdC ![]() 5fqkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 28979.668 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: W229D, F290W Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: 6NT is the inhibitor analog and GOL, FMT and ACT are crystallization cocktail components. Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET-24b(+) Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 634 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/6NT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/6NT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.94 Å3/Da / Density % sol: 68.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: counter-diffusion / pH: 4 / Details: 5.0 M Sodium formate, 100 mM AcNa pH 4-0 / PH range: 4.0-7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→48.48 Å / Num. obs: 130796 / % possible obs: 98.56 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 30.31 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.77 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 13114 / CC1/2: 0.68 / CC star: 0.899 / Rpim(I) all: 0.687 / Rrim(I) all: 1.6 / % possible all: 99.39 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5FQK Resolution: 1.8→48.48 Å / SU ML: 0.2609 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.9537 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→48.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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