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- PDB-6tve: Unliganded human CD73 (5'-nucleotidase) in the open state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tve
タイトルUnliganded human CD73 (5'-nucleotidase) in the open state
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / eN / e5NT / dizinc / ecto-nucleotidase
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / ATP metabolic process / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Scaletti, E. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)STR 477/13-2 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: 2-Substituted alpha , beta-Methylene-ADP Derivatives: Potent Competitive Ecto-5'-nucleotidase (CD73) Inhibitors with Variable Binding Modes.
著者: Bhattarai, S. / Pippel, J. / Scaletti, E. / Idris, R. / Freundlieb, M. / Rolshoven, G. / Renn, C. / Lee, S.Y. / Abdelrahman, A. / Zimmermann, H. / El-Tayeb, A. / Muller, C.E. / Strater, N.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,53715
ポリマ－60,4641
非ポリマー1,07214
水12,340685
1
P: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

P: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,07330
ポリマ－120,9292
非ポリマー2,14428
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area39150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.316, 131.380, 66.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 P

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 60464.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: construct 2.71 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 5種, 699分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 100 mM Tris pH 7.8, PEG6000, 100 mM Gly-Pro, 10 % DMSO. The Gly-Pro dipeptide was added as part of fragment screening experiment but did not bind to the protein.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→32.84 Å / Num. obs: 267271 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.56 % / Biso Wilson estimate: 8.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 5.93 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 12510 / CC1/2: 0.636 / Rrim(I) all: 0.858 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDS2015データ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2h2g

2h2g


解像度: 1.05→32.84 Å / SU ML: 0.0756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 10.4204
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1327 13442 5.03 %
Rwork0.1176 --
obs0.1184 267195 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→32.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4023 0 53 685 4761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99776021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.56191617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.05-1.060.2494170.23887875X-RAY DIFFRACTION93.11
1.06-1.080.23254360.21938213X-RAY DIFFRACTION96.65
1.08-1.090.19924600.19028237X-RAY DIFFRACTION96.9
1.09-1.10.17934850.16988270X-RAY DIFFRACTION97
1.1-1.120.16964590.15398242X-RAY DIFFRACTION97.22
1.12-1.130.15544230.14478300X-RAY DIFFRACTION97.24
1.13-1.150.15774670.13968279X-RAY DIFFRACTION97.55
1.15-1.170.14144190.12948398X-RAY DIFFRACTION97.6
1.17-1.180.14334380.12448352X-RAY DIFFRACTION97.72
1.18-1.20.13644540.12168334X-RAY DIFFRACTION97.93
1.2-1.220.12894320.11878404X-RAY DIFFRACTION98.01
1.22-1.250.13294420.11538384X-RAY DIFFRACTION98.11
1.25-1.270.1324530.10948378X-RAY DIFFRACTION98.29
1.27-1.30.12024190.10528452X-RAY DIFFRACTION98.28
1.3-1.320.1314220.10038403X-RAY DIFFRACTION98.2
1.32-1.360.11114390.09878454X-RAY DIFFRACTION98.68
1.36-1.390.11024320.09688494X-RAY DIFFRACTION98.89
1.39-1.430.11084230.09278510X-RAY DIFFRACTION98.91
1.43-1.470.1034240.09118552X-RAY DIFFRACTION99.22
1.47-1.520.10414680.08818470X-RAY DIFFRACTION99.2
1.52-1.570.09964780.08778525X-RAY DIFFRACTION99.32
1.57-1.630.10764900.0898513X-RAY DIFFRACTION99.49
1.63-1.710.10494400.09288583X-RAY DIFFRACTION99.54
1.71-1.80.10824880.09798570X-RAY DIFFRACTION99.75
1.8-1.910.11984670.09958600X-RAY DIFFRACTION99.76
1.91-2.060.11464720.1038646X-RAY DIFFRACTION99.82
2.06-2.260.1224710.1058671X-RAY DIFFRACTION99.88
2.26-2.590.13674310.11538744X-RAY DIFFRACTION99.91
2.59-3.270.13794340.1268815X-RAY DIFFRACTION99.77
3.27-32.840.15844590.14329085X-RAY DIFFRACTION99.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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