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- PDB-4h2b: Human ecto-5'-nucleotidase (CD73): crystal form II (open) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h2b
タイトルHuman ecto-5'-nucleotidase (CD73): crystal form II (open) in complex with Baicalin
要素5'-nucleotidase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / dimer / hydrolase phosphatase nucleotidase / extracellular / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / ATP metabolic process / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0XE / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zebisch, M. / Pippel, J. / Knapp, K. / Straeter, N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Human Ecto-5'-Nucleotidase (CD73): Insights into the Regulation of Purinergic Signaling.
著者: Knapp, K. / Zebisch, M. / Pippel, J. / El-Tayeb, A. / Muller, C.E. / Strater, N.
履歴
登録2012年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Structure summary
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2146
ポリマ－60,5611
非ポリマー6535
水7,314406
1
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,42812
ポリマ－121,1232
非ポリマー1,30510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area39850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.263, 131.056, 66.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 60561.449 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 27-549 / 変異: N53D, K145S, K147S, N311D, N333D, N403D, K478S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5, NT5E, NTE / プラスミド: pET45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 5種, 411分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-0XE / 5,6-dihydroxy-4-oxo-2-phenyl-4H-chromen-7-yl beta-D-glucopyranosiduronic acid / Baicalin / バイカリン


分子量: 446.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18O11
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 6% PEG 6,000, 0.1 M Tris-HCl, 1M ZnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 68724 / Num. obs: 68724 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.743 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17976 2080 3 %RANDOM
Rwork0.15044 ---
obs0.15131 66541 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.363 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4080 0 36 406 4522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0194376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0581.9755984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.953.0029676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8785576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69724.821195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.02915754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5211521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02981
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 142 -
Rwork0.22 4842 -
obs--99.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5821-0.25470.1941.74610.07331.08020.03660.02290.0908-0.1344-0.0262-0.01-0.02070.0386-0.01040.013-0.0023-0.00130.00890.00670.011123.455533.835113.5057
21.24310.1820.50251.701-0.00061.0973-0.0272-0.05930.01170.03230.04090.1015-0.0495-0.0373-0.01380.00970.01040.0090.01280.01080.056625.467810.615635.8932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2A336 - 549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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