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- PDB-5h94: Crystal structure of Swine MHC CLASSI for 1.48 angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h94
タイトルCrystal structure of Swine MHC CLASSI for 1.48 angstroms
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Nonapeptide from Influenza A virus HA protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Swine / Crystal structure / MHC I / Influenza A virus / Mechanism / CTL immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / viral budding from plasma membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / viral budding from plasma membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / immune response / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Hemagglutinin / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
H1N1 swine influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Fan, S. / Zhang, N. / Wang, S. / Wu, Y. / Xia, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
The 863 Project of the China Ministry of Science and TechnologyNo. 2013AA102503 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Analyses of Swine Major Histocompatibility Complex Class I Complexes and Prediction of the Epitope Map of Important Influenza A Virus Strains
著者: Fan, S. / Wu, Y. / Wang, S. / Wang, Z. / Jiang, B. / Liu, Y. / Liang, R. / Zhou, W. / Zhang, N. / Xia, C.
履歴
登録2015年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Nonapeptide from Influenza A virus HA protein
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Nonapeptide from Influenza A virus HA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3326
ポリマ－88,3326
非ポリマー00
水14,916828
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Nonapeptide from Influenza A virus HA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1663
ポリマ－44,1663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Nonapeptide from Influenza A virus HA protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1663
ポリマ－44,1663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.453, 41.471, 106.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31693.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SLA-3*hs0202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9JT91*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Lactollin


分子量: 11431.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717
#3: タンパク質・ペプチド Nonapeptide from Influenza A virus HA protein


分子量: 1040.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) H1N1 swine influenza virus (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: C4RUF0*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 828 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE OF MHC CLASS I ANTIGEN USED IN THIS STRUCTURE HAS BEEN DEPOSITED TO DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350, 0.2M Ammonium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月30日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 127299 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 19.482
反射 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.536 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データ削減
PHASERデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQ4

3qq4


解像度: 1.48→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.639 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19025 6668 5 %RANDOM
Rwork0.14975 ---
obs0.15177 127299 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.929 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å21.28 Å2
2---4.47 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6220 0 0 828 7048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0196432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1711.9328746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3535759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91924.062352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.035151022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3941546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.2882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2641.7883054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.962.7053807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1072.143376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.17117.1910727
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.27336430
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.645218
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.73356857
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 459 -
Rwork0.26 9089 -
obs--97.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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