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万見
- PDB-5ylx: Integrated illustration of a valid epitope based on the SLA class... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ylx
タイトルIntegrated illustration of a valid epitope based on the SLA class I structure and tetramer technique could carry forward the development of molecular vaccine in swine species
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • PRRSV-NSP9-TMP9 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / CTL response / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Neutrophil degranulation / host cell endoplasmic reticulum / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Neutrophil degranulation / host cell endoplasmic reticulum / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / RNA nuclease activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / four-way junction helicase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / immune response / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral translational frameshifting / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular space / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nonstructural protein 10, 1B domain, arterivirus / Replicase polyprotein 1ab, peptidase C33-associated domain / Peptidase_C33-associated domain / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / : / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein ...Nonstructural protein 10, 1B domain, arterivirus / Replicase polyprotein 1ab, peptidase C33-associated domain / Peptidase_C33-associated domain / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / : / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein / Nsp1alpha N-terminal zinc finger / Nonstructural protein 10, zinc-binding domain, arterivirus / NSP11, NendoU domain, arterivirus / NSP11, N-terminal, arterivirus / PRRSV nonstructural protein 11 N-terminal domain / Arteriviridae zinc-binding (AV ZBD) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain / Arterivirus Nsp2, peptidase C33 / Equine arteritis virus peptidase S32 / Serine protease, chymotrypsin-like serine protease, C-terminal / Arterivirus NSP4 peptidase domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp7 alpha superfamily / Equine arterivirus Nsp2-type cysteine proteinase / Equine arteritis virus serine endopeptidase S32 / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp4 proteinase domain profile. / Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain profile. / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Replicase polyprotein 1ab / Beta-2-microglobulin / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pan, X.C. / Wei, X.H. / Zhang, N. / Xia, C.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31201887 中国
863 Project of the China Ministry of Science and Technology2013AA102503 中国
973 Project of the China Ministry of Science and Technology2013CB835302 中国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2019
タイトル: Illumination of PRRSV Cytotoxic T Lymphocyte Epitopes by the Three-Dimensional Structure and Peptidome of Swine Lymphocyte Antigen Class I (SLA-I).
著者: Pan, X. / Zhang, N. / Wei, X. / Jiang, Y. / Chen, R. / Li, Q. / Liang, R. / Zhang, L. / Ma, L. / Xia, C.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: PRRSV-NSP9-TMP9 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8863
ポリマ－43,8863
非ポリマー00
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.058, 74.059, 98.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31399.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SLA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H6TIB1
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Lactollin


分子量: 11431.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717
#3: タンパク質・ペプチド PRRSV-NSP9-TMP9 peptide


分子量: 1054.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
参照: UniProt: I6YDJ5, UniProt: Q9YN02*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS pH5.5, 17% PEG 10000, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 24678 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 27.366
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 7.517 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
精密化解像度: 2.2→29.607 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 21.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 1265 5.13 %
Rwork0.2001 --
obs0.2023 24678 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 40.016 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9444 Å20 Å2-0 Å2
2--1.0093 Å20 Å2
3----2.9537 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3092 0 0 343 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.144317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4461162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1987-2.28670.26091340.2012471X-RAY DIFFRACTION95
2.2867-2.39070.26531440.20952482X-RAY DIFFRACTION96
2.3907-2.51670.26271380.20182546X-RAY DIFFRACTION97
2.5167-2.67430.28751300.20812563X-RAY DIFFRACTION97
2.6743-2.88060.26711390.20742590X-RAY DIFFRACTION98
2.8806-3.17020.25281460.20242618X-RAY DIFFRACTION99
3.1702-3.62820.21841470.19342646X-RAY DIFFRACTION100
3.6282-4.56840.20111600.1672674X-RAY DIFFRACTION100
4.5684-29.61010.22191270.19612823X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.1259 Å / Origin y: 25.8216 Å / Origin z: 15.7159 Å
111213212223313233
T0.0637 Å20.0069 Å2-0.001 Å2-0.0606 Å2-0.0069 Å2--0.0597 Å2
L0.382 °20.2316 °20.1275 °2-0.3257 °20.0865 °2--0.0687 °2
S0.0179 Å °0.02 Å °0.0153 Å °0.0341 Å °-0.0002 Å °0.0013 Å °-0.0066 Å °-0.0115 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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