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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o2e | ||||||
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Title | A peptide complexed with HLA-B*3901 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Ig-like | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of protein acetylation / CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA strand annealing activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / gamete generation ...positive regulation of protein acetylation / CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA strand annealing activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / gamete generation / RNA secondary structure unwinding / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / NLRP3 inflammasome complex / cellular response to arsenic-containing substance / poly(A) binding / regulation of interleukin-12 production / gamma-tubulin binding / cellular response to osmotic stress / regulation of dendritic cell differentiation / P granule / regulation of T cell anergy / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cell leading edge / lipid homeostasis / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of translational initiation / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of interferon-alpha production / negative regulation of protein-containing complex assembly / signaling adaptor activity / detection of bacterium / stress granule assembly / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / DNA helicase activity / positive regulation of protein autophosphorylation / translation initiation factor binding / translational initiation / positive regulation of interferon-beta production / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / intrinsic apoptotic signaling pathway / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / cytosolic ribosome assembly / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / chromosome segregation / positive regulation of translation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / response to virus / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / negative regulation of cell growth / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / cellular response to virus / Wnt signaling pathway / MHC class I protein complex / mRNA 5'-UTR binding / defense response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / cytoplasmic stress granule / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, M. / Liu, J. / Qi, J. / Tefsen, B. / Shi, Y. / Yan, J. / Gao, G.F. | ||||||
![]() | ![]() Title: N alpha-terminal acetylation for T cell recognition: molecular basis of MHC class I-restricted n alpha-acetylpeptide presentation Authors: Sun, M. / Liu, J. / Qi, J. / Tefsen, B. / Shi, Y. / Yan, J. / Gao, G.F. | ||||||
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4o2cC ![]() 4o2fC ![]() 2bstS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31714.873 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 25-298 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11748.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 940.031 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 12, 2010 |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→50 Å / Num. all: 66979 / Num. obs: 66979 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.06 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.07 Å / % possible all: 95.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2BST Resolution: 1.981→23.924 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8646 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / Phase error: 20.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.532 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.74 Å2 / Biso mean: 31.4079 Å2 / Biso min: 8.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.981→23.924 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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