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- PDB-7kc4: Human WLS in complex with WNT8A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kc4
タイトルHuman WLS in complex with WNT8A
要素
  • Protein Wnt-8a
  • Protein wntless homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-protein coupled receptor / palmitoleation / secretion / embryonic development
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt protein secretion / neural crest cell fate commitment / positive regulation of Wnt protein secretion / WNT ligand biogenesis and trafficking / cementum mineralization / secondary palate development / dorsal/ventral axis specification / hindbrain development / Wnt-protein binding / exocrine pancreas development ...Wnt protein secretion / neural crest cell fate commitment / positive regulation of Wnt protein secretion / WNT ligand biogenesis and trafficking / cementum mineralization / secondary palate development / dorsal/ventral axis specification / hindbrain development / Wnt-protein binding / exocrine pancreas development / frizzled binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / anterior/posterior axis specification / midbrain development / organelle membrane / mesoderm formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / canonical Wnt signaling pathway / response to retinoic acid / endomembrane system / cytokine activity / TCF dependent signaling in response to WNT / intracellular protein transport / trans-Golgi network / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / endocytic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / : / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / receptor ligand activity / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Wnt-8 protein / Protein Wnt-8A/8C / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wntless, GOLD domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt ...Wnt-8 protein / Protein Wnt-8A/8C / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wntless, GOLD domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DR9 / PALMITIC ACID / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Protein wntless homolog / Protein Wnt-8a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Nygaard, R. / Jia, Y. / Kim, J. / Ross, D. / Parisi, G. / Clarke, O.B. / Virshup, D.M. / Mancia, F.
資金援助 米国, シンガポール, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
National Research Foundation (NRF, Singapore)MOH-000155 シンガポール
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of WLS/Evi-Mediated Wnt Transport and Secretion.
著者: Rie Nygaard / Jia Yu / Jonathan Kim / Daniel R Ross / Giacomo Parisi / Oliver B Clarke / David M Virshup / Filippo Mancia /
要旨: Wnts are evolutionarily conserved ligands that signal at short range to regulate morphogenesis, cell fate, and stem cell renewal. The first and essential steps in Wnt secretion are their O- ...Wnts are evolutionarily conserved ligands that signal at short range to regulate morphogenesis, cell fate, and stem cell renewal. The first and essential steps in Wnt secretion are their O-palmitoleation and subsequent loading onto the dedicated transporter Wntless/evenness interrupted (WLS/Evi). We report the 3.2 Å resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of palmitoleated human WNT8A in complex with WLS. This is accompanied by biochemical experiments to probe the physiological implications of the observed association. The WLS membrane domain has close structural homology to G protein-coupled receptors (GPCRs). A Wnt hairpin inserts into a conserved hydrophobic cavity in the GPCR-like domain, and the palmitoleate protrudes between two helices into the bilayer. A conformational switch of highly conserved residues on a separate Wnt hairpin might contribute to its transfer to receiving cells. This work provides molecular-level insights into a central mechanism in animal body plan development and stem cell biology.
履歴
登録2020年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22806
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Protein Wnt-8a
B: Protein wntless homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1839
ポリマ－105,7022
非ポリマー4,4817
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 DB

#1: タンパク質 Protein Wnt-8a / Protein Wnt-8d


分子量: 40052.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNT8A, WNT8D / プラスミド: pEG BacMam vector / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle HEK293-F Cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H1J5
#2: タンパク質 Protein wntless homolog / Integral membrane protein GPR177 / Protein evenness interrupted homolog / EVI / Putative NF-kappa-B- ...Integral membrane protein GPR177 / Protein evenness interrupted homolog / EVI / Putative NF-kappa-B-activating protein 373


分子量: 65649.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WLS, C1orf139, GPR177, UNQ85/PRO18667 / プラスミド: pEG BacMam vector / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle HEK293-F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T9L3

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-DR9 / 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL / (2R)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(9E)-HEXADEC-9-ENOYLOXY]PROPYL (9E)-OCTADEC-9-ENOATE


分子量: 746.991 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H75O10P
#7: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of WLS/Evi and WNT8A in nanodisc / タイプ: COMPLEX / 詳細: Nanodisc were formed using MSP1E3D1 and POPG lipid / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1056 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: FreeStyle 293-F Cells
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMTris1
2150 mMNaCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12747
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc3_4024: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4cryoSPARC2.15CTF補正
7Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC2.15３次元再構成Local refinement
13PHENIXモデル精密化
CTF補正詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4415933
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27288 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 4F0A

4f0a


Accession code: 4F0A / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036640
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5518949
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.6561054
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042987
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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