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- PDB-6tpn: Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with HTL664... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpn
タイトルCrystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with HTL6641 at 2.61 A resolution
要素Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Orexin receptor type 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 7TM / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / neuropeptide receptor activity / locomotion / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway ...regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / neuropeptide receptor activity / locomotion / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / synapse / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Orexin receptor 2 / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Orexin receptor 2 / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Chem-NU8 / OLEIC ACID / Orexin receptor type 2 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.608 Å
データ登録者Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. ...Rappas, M. / Ali, A. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA039553 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Comparison of Orexin 1 and Orexin 2 Ligand Binding Modes Using X-ray Crystallography and Computational Analysis.
著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / ...著者: Rappas, M. / Ali, A.A.E. / Bennett, K.A. / Brown, J.D. / Bucknell, S.J. / Congreve, M. / Cooke, R.M. / Cseke, G. / de Graaf, C. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Jazayeri, A. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Mould, R. / Patel, J.C. / Tehan, B.G. / Weir, M. / Christopher, J.A.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Orexin receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,64310
ポリマ－64,5201
非ポリマー2,1239
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area25830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.945, 173.950, 78.327
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Orexin receptor type 2,GlgA glycogen synthase,Orexin receptor type 2 / Ox2R / Hypocretin receptor type 2 / Glycogen synthase / Ox2R / Hypocretin receptor type 2


分子量: 64520.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: HCRTR2, PAB2292
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43614, UniProt: Q9V2J8

-
非ポリマー , 5種, 55分子

#2: 化合物 ChemComp-NU8 / 2-(5,6-dimethoxypyridin-3-yl)-1,1-bis(oxidanylidene)-4-[[2,4,6-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]pyrido[2,3-e][1,2,4]thiadiazin-3-one / HTL-6641


分子量: 480.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15F3N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: HTL-6641*YM
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM trisodium citrate buffer 150-300 mM lithium nitrate or 150-300 mM potassium nitrate 28-43 % (v/v) polyethylene glycol 400
PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.608→43.488 Å / Num. obs: 11699 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 40.91 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.608→2.794 Å / Num. unique obs: 4223 / CC1/2: 0.426

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WQC

5wqc


解像度: 2.608→41.475 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 607 5.19 %
Rwork0.2139 --
obs0.2158 11692 60.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 186.58 Å2 / Biso mean: 56.3158 Å2 / Biso min: 19.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.608→41.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 1909 46 6055
Biso mean--53.96 40.94 -
残基数----288
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.608-2.87010.2711320.301548111
2.8701-3.28530.2656940.2723194043
3.2853-4.13850.2642470.2216405189
4.1385-41.4750.23652340.1943461397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.69761.45540.91662.96010.34761.3746-0.5615-1.29470.39010.989-0.11020.3310.2392-0.1995-0.50730.58240.1965-0.06350.4334-0.06521.143975.2828241.19510.4361
21.1701-2.5577-1.96056.81435.01974.4134-0.1310.12980.1246-1.43010.17490.4159-0.3117-0.2078-0.09510.90740.00910.0720.53980.03181.043278.3258239.8581-4.6765
33.4334-1.7036-0.02342.52651.19561.4764-0.0751-0.1101-0.2962-0.21380.0010.2090.0633-0.13170.07610.22530.0152-0.03080.02610.02430.640484.5267212.2762.8264
43.1856-3.3306-1.70565.19542.11181.2521-0.1754-0.3416-0.1355-0.13210.3241-0.2605-0.0117-0.0016-0.03770.24970.05210.01180.13670.04690.626798.0755212.18875.9472
53.1587-1.7994-3.84882.05932.37055.9706-0.5315-0.15270.420.35820.15650.41310.9148-0.12420.18380.32960.0766-0.06270.3559-0.04410.8723109.2627190.94422.9939
63.8053-0.13580.88675.9622-0.23162.3108-0.92940.0426-0.1270.8921.0124-0.62830.21240.5810.05650.56080.17240.01910.3855-0.09620.431100.4302206.46313.2169
72.962-3.0468-0.34063.13330.27911.9945-0.47970.20011.35260.11890.1143-1.0807-0.6497-0.5601-0.2650.49240.0679-0.22360.272-0.0261.161591.7034236.60488.8399
81.2715-1.8716-0.49534.19492.21242.0033-0.2823-0.26370.7001-0.04560.647-0.0618-0.49270.3211-0.33120.4010.00220.03340.3014-0.12560.9584105.447227.44243.565
91.6268-1.0472-0.14538.20053.62272.37140.32270.5437-0.2364-0.8683-0.2006-0.4452-0.23520.038-0.07540.31930.02310.00790.1858-0.10230.7937106.9564198.7914-10.3045
102.8207-2.8476-0.47844.53311.0520.80180.20720.9186-0.2117-1.0247-0.6071.43380.2395-0.73290.37310.79360.0524-0.02890.5491-0.12580.9435106.9055167.6366-26.7123
113.1023-1.98490.02523.0869-0.70662.5986-0.12070.12680.0125-0.2958-0.1968-0.23250.0373-0.0376-0.16110.474-0.00690.07130.0125-0.12680.7117125.1528171.5965-18.3145
121.8815-1.12880.16576.0884-0.07872.63340.08840.2138-0.5876-0.5089-0.4691-0.71760.11670.1314-0.0620.49910.04680.19420.144-0.07420.848125.1099165.4438-20.3481
135.8171-0.6278-0.42262.42640.76351.1349-0.12211.01230.2663-0.6423-0.4176-0.0114-0.1053-0.1831-0.27240.5393-0.01290.03930.1942-0.02730.7233121.6139172.6298-25.2925
141.0865-0.20140.43042.15260.68880.90810.0320.00560.0515-0.1401-0.0120.5557-0.0811-0.1421-0.17410.3234-0.14420.1550.0774-0.08620.9172113.6602178.6066-11.2609
152.6277-1.1576-0.4654.9760.6731.5102-0.0404-0.1424-0.35980.7052-0.16470.25710.3554-0.11280.03820.48640.00960.19480.04950.01820.8714117.8975166.0244-7.7414
161.7947-3.3478-0.70826.87510.5540.8928-0.00390.2236-0.37450.2562-0.12230.20670.0704-0.09510.0770.2786-0.03520.01050.2212-0.02880.632299.5072195.7909-8.6148
172.7011-0.64710.07083.38031.2351.94460.27880.21660.455-0.6031-0.1137-0.1381-0.620.0983-0.07940.52090.0513-0.00340.24960.02120.713591.4404222.9678-7.5066
182.8264-2.06162.81597.00030.88684.38660.2615-0.3308-1.22250.5872-0.03371.7580.5968-0.77791.00630.5512-0.0618-0.00820.2597-0.0341.415576.4023195.2696-0.3606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 43 )A32 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 53 )A44 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 122 )A54 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 123 through 156 )A123 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 157 through 165 )A157 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 166 through 183 )A166 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 184 through 212 )A184 - 212
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 213 through 232 )A213 - 232
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 233 through 1003 )A233 - 1003
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1005 through 1027 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1028 through 1060 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 1061 through 1076 )A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 1077 through 1117 )A0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 1118 through 1149 )A0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 1150 through 1180 )A0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 1181 through 328 )A1181 - 328
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 329 through 367 )A329 - 367
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 368 through 388 )A368 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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