PDB-6toe: Imine Reductase from Myxococcus stipitatus V8 variant in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6toe

タイトル

Imine Reductase from Myxococcus stipitatus V8 variant in complex with NAD+

要素

Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Imine / Amine / NADPH

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Myxococcus stipitatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Sharma, M. / Nestl, B. / Grogan, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2021
タイトル: Inverting the Stereoselectivity of an NADH-Dependent Imine-Reductase Variant
著者: Stockinger, P. / Borlinghaus, N. / Sharma, M. / Aberle, B. / Grogan, G. / Pleiss, J. / Nestl, B.

履歴

登録	2019年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6toe.cif.gz	337.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6toe.ent.gz	271.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6toe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6toe_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6toe_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6toe_validation.xml.gz	63.1 KB	表示
CIF形式データ	6toe_validation.cif.gz	86.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6toe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/6toe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6to4C 5ocmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oqz-1 2gf2-2 6skx-1 5fwn-d 5a9s-d 3zgy-1 5je8-1 6eoi-d 5y8m-d 6sle-2 2cy0-d 5y8h-d 5y8j-d 6jit-2 3zhb-2 1wxd-d 3zhb-1 5u5i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

B: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

C: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

D: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

E: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

F: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

ヘテロ分子

205 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

E: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

F: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

D: Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	199.412, 199.412, 97.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	LEU	LEU	A	A	0 - 290	20 - 310
2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	B	B	0 - 290	20 - 310
1	2	HIS	HIS	LYS	LYS	A	A	0 - 291	20 - 311
2	2	HIS	HIS	LYS	LYS	C	C	0 - 291	20 - 311
1	3	HIS	HIS	LYS	LYS	A	A	0 - 291	20 - 311
2	3	HIS	HIS	LYS	LYS	D	D	0 - 291	20 - 311
1	4	MET	MET	LYS	LYS	A	A	1 - 291	21 - 311
2	4	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 291	21 - 311
1	5	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 290	21 - 310
2	5	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 290	21 - 310
1	6	HIS	HIS	LEU	LEU	B	B	0 - 290	20 - 310
2	6	HIS	HIS	LEU	LEU	C	C	0 - 290	20 - 310
1	7	HIS	HIS	LYS	LYS	B	B	0 - 291	20 - 311
2	7	HIS	HIS	LYS	LYS	D	D	0 - 291	20 - 311
1	8	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 291	21 - 311
2	8	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 291	21 - 311
1	9	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 290	21 - 310
2	9	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 290	21 - 310
1	10	HIS	HIS	LYS	LYS	C	C	0 - 291	20 - 311
2	10	HIS	HIS	LYS	LYS	D	D	0 - 291	20 - 311
1	11	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 291	21 - 311
2	11	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 291	21 - 311
1	12	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 290	21 - 310
2	12	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 290	21 - 310
1	13	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 291	21 - 311
2	13	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 291	21 - 311
1	14	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 291	21 - 311
2	14	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 291	21 - 311
1	15	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 291	21 - 311
2	15	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 291	21 - 311

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Coenzyme F420-dependent NADP oxidoreductase / Imine reductase 分子量: 33773.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Myxococcus stipitatus (バクテリア) 遺伝子: MYSTI_01767 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L7U9F5
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0; 20% (w/v) PEG 6K; o.2 M ammonium choride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→48.97 Å / Num. obs: 55975 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.78→2.86 Å / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 4545 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OCM

5ocm

解像度: 2.78→47.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 11.475 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 9.882 / ESU R Free: 0.322
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2279	2844	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1918	-	-	-
obs	0.1937	53100	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.31 Å² / B_iso mean: 44.497 Å² / B_iso min: 19.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	-0.17 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.78→47.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12822	0	158	252	13232
B_iso mean	-	-	60.3	38.16	-
残基数	-	-	-	-	1743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	13233
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12264
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.553	1.631	18049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.332	1.57	28148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.368	5	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.694	21.986	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.844	15	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.683	15	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2736

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8613	0.08
1	2	B	8613	0.08
2	1	A	8505	0.08
2	2	C	8505	0.08
3	1	A	7801	0.11
3	2	D	7801	0.11
4	1	A	8215	0.11
4	2	E	8215	0.11
5	1	A	8356	0.11
5	2	F	8356	0.11
6	1	B	8569	0.05
6	2	C	8569	0.05
7	1	B	7859	0.1
7	2	D	7859	0.1
8	1	B	8247	0.11
8	2	E	8247	0.11
9	1	B	8331	0.1
9	2	F	8331	0.1
10	1	C	7808	0.1
10	2	D	7808	0.1
11	1	C	8158	0.11
11	2	E	8158	0.11
12	1	C	8211	0.1
12	2	F	8211	0.1
13	1	D	8024	0.08
13	2	E	8024	0.08
14	1	D	8080	0.08
14	2	F	8080	0.08
15	1	E	8545	0.07
15	2	F	8545	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.78→2.852 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	231	-
R_work	0.255	3897	-
all	-	4128	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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