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万見
- PDB-5u5i: The dimeric crystal structure of the selenomethionine derivative ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u5i
タイトルThe dimeric crystal structure of the selenomethionine derivative of HTPA Reductase from Sellaginella moellendorffii
要素HTPA Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHDPR / Dihydrodipicolinate reductase / HTPA reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / chloroplast stroma / NADPH binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrodipicolinate reductase, plant-type / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminal / Dihydrodipicolinate reductase / Dihydrodipicolinate reductase, C-terminus / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Keown, J.R. / Goldstone, D.C. / Pearce, F.G.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Plant DHDPR forms a dimer with unique secondary structure features that preclude higher-order assembly.
著者: Watkin, S.A.J. / Keown, J.R. / Richards, E. / Goldstone, D.C. / Devenish, S.R.A. / Grant Pearce, F.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTPA Reductase
B: HTPA Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5945
ポリマ－61,2272
非ポリマー1,3673
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.922, 64.676, 151.957
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HTPA Reductase


分子量: 30613.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
遺伝子: SELMODRAFT_168311 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8R6G2
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 20 % w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.91 Å / Num. obs: 32763 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 480765 / Scaling rejects: 54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.2714.91.4264166527910.770.3781.4762.599.6
9.07-48.9112.60.0569005480.9990.0140.05241.199.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2194 / WRfactor Rwork: 0.1789 / FOM work R set: 0.8064 / SU B: 12.794 / SU ML: 0.174 / SU R Cruickshank DPI: 0.2592 / SU Rfree: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2446 1658 5.1 %RANDOM
Rwork0.2004 ---
obs0.2027 31055 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.37 Å2 / Biso mean: 41.426 Å2 / Biso min: 10.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0 Å20 Å2
2--0.32 Å2-0 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4138 0 89 195 4422
Biso mean--25.7 36.19 -
残基数----550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3832.0055867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89439314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6655553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.51524.407177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.26915655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5571526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02853
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 120 -
Rwork0.27 2243 -
all-2363 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.30092.20980.3185.66083.20279.3175-0.17870.160.29-0.15210.08530.0051-0.3484-0.17420.09340.2688-0.0292-0.09030.19330.01790.045238.07942.92611.224
22.73833.3094-0.221211.9201-0.38477.1045-0.64050.72380.5388-1.40620.10780.396-0.748-0.09560.53260.4192-0.0324-0.19880.37870.1210.176336.21546.793.349
34.03170.31492.53583.75492.85883.9232-0.51210.96670.2018-0.32310.364-0.1801-0.97211.06520.14810.6038-0.3258-0.17250.530.12570.083950.60951.74913.012
43.9891-0.39913.38821.1-1.05873.40030.22910.5513-0.0684-0.5325-0.3026-0.15490.4780.74260.07340.48110.05720.01450.45530.04210.042657.91539.84339.366
510.77187.18027.851410.45523.73988.30131.03020.786-0.9644-1.2027-0.4835-0.13211.53631.0029-0.54671.00030.5002-0.19620.6033-0.16410.176759.70129.20332.688
62.1689-0.62333.29931.0038-2.40457.61950.020.21330.0863-0.150.04420.0950.21170.1697-0.06420.342-0.0157-0.09640.2191-0.02390.053748.12443.10331.089
713.39344.2461-1.533811.1952.04446.8709-0.05820.18970.2261-0.33620.0097-0.2220.23860.48010.04850.15330.04290.00450.19270.02490.017963.08738.8672.217
83.4612-0.73210.3482.4481-0.8333.3447-0.0651-0.3180.2630.31820.0414-0.0644-0.428-0.07880.02370.1555-0.01790.00920.2028-0.03670.023159.0646.4475.75
92.335-1.99552.43662.9997-2.54252.7130.1953-0.2863-0.10390.02780.0550.48230.1054-0.2572-0.25030.3603-0.10940.0160.3334-0.01720.129847.18841.04647.613
106.394-0.38124.29486.1484-1.9129.27780.0376-0.7705-0.23580.38160.31461.04360.0569-1.5131-0.35220.2304-0.04520.07090.46870.05590.201239.54941.26550.949
111.116-0.35422.54911.902-0.68296.55910.3828-0.3262-0.2883-0.250.1560.49661.2335-0.7077-0.53880.3833-0.1182-0.0760.24650.0840.179449.65931.26353.342
123.12210.49841.75254.96211.224913.0935-0.06790.21230.107-0.40770.1934-0.4503-0.51791.0123-0.12550.3502-0.12610.02950.29890.02560.093565.35253.2659.947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3A81 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4A138 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5A172 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6A220 - 288
7X-RAY DIFFRACTION7B11 - 31
8X-RAY DIFFRACTION8B32 - 137
9X-RAY DIFFRACTION9B138 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10B175 - 202
11X-RAY DIFFRACTION11B203 - 262
12X-RAY DIFFRACTION12B263 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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