PDB-5ua0: Dimeric crystal structure of HTPA reductase from arabidopsis thaliana

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ua0

タイトル

Dimeric crystal structure of HTPA reductase from arabidopsis thaliana

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic

ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HTPA Reductase DHDPR Lysine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ /

ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ / diaminopimelate biosynthetic process /

葉緑体 / lysine biosynthetic process via diaminopimelate /

NADPH binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Keown, J.K. / Pearce, F.G. / Goldstone, D.C.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Plant DHDPR forms a dimer with unique secondary structure features that preclude higher-order assembly.
著者: Watkin, S.A.J. / Keown, J.R. / Richards, E. / Goldstone, D.C. / Devenish, S.R.A. / Grant Pearce, F.

履歴

登録	2016年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ua0.cif.gz	317.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ua0.ent.gz	255.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ua0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5ua0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5ua0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u5iSC 5u5nC 5ugjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y89-d 5je8-2 5ojl-1 1ee5-d 3d1l-d 1yb4-d 5y8l-d 3nkz-d 5zkp-d 4odd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.549, 80.620, 92.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.840, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	MET	MET	A	A	21 - 295	54 - 328
2	1	GLY	GLY	MET	MET	B	B	21 - 295	54 - 328
1	2	GLY	GLY	MET	MET	A	A	21 - 295	54 - 328
2	2	GLY	GLY	MET	MET	C	C	21 - 295	54 - 328
1	3	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	20 - 296	53 - 329
2	3	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	20 - 296	53 - 329

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 2, chloroplastic / ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ / HTPA reductase 2 分子量: 35865.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DAPB2, At3g59890, F24G16.160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8LB01, ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.6 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→61.95 Å / Num. obs: 40722 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 300898 / Scaling rejects: 110

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	7.2	1.836	0.499	1	99.8
8.91-61.95	6.5	0.024	1	1	99

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.3 Å	54.05 Å
Translation	2.3 Å	54.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U5I

5u5i

解像度: 2.3→61.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 23.347 / SU ML: 0.241 / SU R Cruickshank DPI: 0.3395 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.238
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2578	2012	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2261	-	-	-
obs	0.2277	38707	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.81 Å² / B_iso mean: 59.756 Å² / B_iso min: 36.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	-0 Å²	0.26 Å²
2-	-	-0.62 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→61.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5973	0	10	39	6022
B_iso mean	-	-	75.25	53.84	-
残基数	-	-	-	-	815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	6088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	5718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.959	8264
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.259	3	13117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.92	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.217	24.558	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.061	15	950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.129	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1314

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	28240	0.05
1	2	B	28240	0.05
2	1	A	28208	0.07
2	2	C	28208	0.07
3	1	B	27766	0.08
3	2	C	27766	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	162	-
R_work	0.352	2798	-
all	-	2960	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.4057	-0.1342	-0.3885	6.8684	-1.4612	6.6353	-0.1128	0.9718	-0.6226	-0.1376	-0.1781	0.3446	0.5424	-0.3665	0.2909	0.2804	-0.0314	0.0358	0.5411	-0.0993	0.0727	9.6055	101.3519	-29.5412
2	4.0901	-0.0876	-2.0034	1.3061	0.6221	3.9887	-0.0277	0.4595	0.0887	-0.2121	0.0113	0.0802	0.1023	-0.1718	0.0163	0.2436	0.051	0.0146	0.4451	0.0659	0.0168	16.0533	108.5048	-26.053
3	6.339	-2.0661	-4.2054	4.332	3.5218	5.0529	0.1067	0.0195	-0.4772	-0.6351	-0.2287	-0.6405	-0.2099	0.6453	0.122	0.3497	0.1141	0.133	0.8207	0.1991	0.3463	10.3836	98.3168	0.7293
4	2.1885	-2.0599	-2.955	5.9218	2.293	6.37	-0.5393	-0.3454	-0.496	0.3233	0.0109	-0.7504	0.9866	0.9086	0.5284	0.388	0.1463	0.2077	0.6138	0.1501	0.5377	8.1662	91.4487	2.1043
5	2.5764	0.993	-2.5035	2.6846	-2.892	6.4335	-0.1016	0.3465	-0.0469	0.0672	0.1135	0.2628	-0.2212	-0.4718	-0.0119	0.14	0.0628	0.0182	0.4203	-0.0272	0.0533	4.2408	106.9197	-13.009
6	2.8369	-1.2581	1.6438	3.6034	-3.1086	4.7868	-0.143	-0.3684	0.2032	0.449	-0.1801	-0.4182	-0.3111	0.2774	0.3231	0.3576	0.0051	-0.0035	0.5366	0.0114	0.0596	45.2666	84.4477	0.6832
7	2.7938	-2.2444	-0.0407	4.2666	-2.9742	7.1958	0.1358	0.1993	0.0381	-0.0958	-0.0474	0.0824	0.7068	-0.1838	-0.0883	0.2772	0.0189	-0.0245	0.3883	0.0001	0.0188	37.3623	80.5534	-11.1014
8	1.0898	-0.2691	-0.17	2.2217	0.1434	5.0371	-0.2742	-0.1536	-0.2947	-0.0069	-0.0443	-0.4519	0.2849	0.2797	0.3185	0.3148	0.0631	0.1729	0.2959	0.0805	0.2438	45.759	92.1274	-32.8655
9	1.585	0.7801	-1.1542	1.2187	-2.0609	6.1751	-0.2208	-0.2175	-0.0043	0.035	-0.427	-0.6105	-0.2589	1.0189	0.6479	0.3146	0.0239	0.0002	0.4929	0.1859	0.5415	53.7206	97.7042	-27.5032
10	8.1805	0.5324	-1.3408	7.3713	-3.8061	8.6496	0.2012	-0.4974	0.3686	0.0971	0.0159	0.4484	-0.4147	-0.5458	-0.2171	0.1675	0.1074	0.0247	0.4811	-0.0064	0.0433	31.8031	91.4501	-11.6581
11	3.8371	-1.4272	1.0212	7.254	-3.2709	6.3845	-0.0922	0.2025	0.0321	-0.8593	-0.2458	-0.3764	0.2033	0.119	0.3381	0.5132	-0.0106	0.162	0.3935	-0.003	0.0633	38.8123	108.1096	-63.0809
12	1.6436	-0.0787	-0.2951	6.253	-0.9402	4.4978	0.042	0.33	-0.0189	-0.2938	0.1387	0.3488	0.063	-0.4182	-0.1808	0.4037	-0.0226	0.0657	0.4129	0.0391	0.044	28.1475	113.341	-59.5443
13	1.837	-0.2827	0.8064	1.7836	-0.7071	5.5897	-0.2936	0.0832	0.4376	-0.0346	0.0727	-0.2144	-0.3594	-0.1311	0.221	0.3829	0.0347	0.0261	0.2331	0.0314	0.1413	36.3336	105.6418	-35.1091
14	3.5015	2.9786	-0.2885	8.4075	-0.473	0.7561	-0.0678	0.6278	1.074	0.16	0.2184	-0.3074	-0.8862	-0.0351	-0.1505	1.1005	0.0335	0.0414	0.4295	0.1381	0.6464	39.881	112.6067	-30.7117
15	0.2529	-0.7518	-0.2685	9.5932	-1.8104	2.1646	0.1689	-0.2995	0.2357	0.2674	0.0111	0.0314	-1.4616	0.5983	-0.18	1.2424	-0.3451	-0.166	0.8707	0.0236	0.8	54.7901	114.3257	-28.2078
16	3.3289	-0.3981	2.4946	1.8323	-1.7093	6.0203	-0.0051	0.0636	-0.0882	-0.1799	-0.059	-0.4086	0.1334	-0.1437	0.0641	0.3768	0.0205	0.1411	0.2323	0.0301	0.141	39.7731	102.9879	-41.848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	161 - 191
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	192 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	239 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	20 - 127
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	128 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	148 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	206 - 272
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	273 - 296
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	17 - 64
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	65 - 134
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	135 - 178
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	179 - 205
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	206 - 228
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	229 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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