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- PDB-3g6d: Crystal structure of the complex between CNTO607 Fab and IL-13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g6d
タイトルCrystal structure of the complex between CNTO607 Fab and IL-13
要素
  • CNTO607 Fab Heavy chain
  • CNTO607 Fab Light chain
  • Interleukin-13
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-13 / antibody / complex / epitope / Cytokine / Glycoprotein / Secreted / MONOCLONAL ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / interleukin-13-mediated signaling pathway / regulation of proton transport / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / Interleukin-18 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of mast cell degranulation ...interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / interleukin-13-mediated signaling pathway / regulation of proton transport / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / Interleukin-18 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of mast cell degranulation / macrophage activation / response to selenium ion / positive regulation of macrophage activation / response to nematode / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cytokine activity / positive regulation of protein secretion / response to nicotine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / negative regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins ...Interleukin-13 / Interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Epitope mapping of anti-interleukin-13 neutralizing antibody CNTO607.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Wu, S.J. / Luo, J. / Kang, J. / O'Neil, K. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2009年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CNTO607 Fab Light chain
H: CNTO607 Fab Heavy chain
A: Interleukin-13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6684
ポリマ－59,5723
非ポリマー961
水00
1
A: Interleukin-13

L: CNTO607 Fab Light chain
H: CNTO607 Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6684
ポリマ－59,5723
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_554-x,y+1/2,-z-1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-31.9 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-27.3 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.540, 68.030, 182.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CNTO607 Fab Light chain


分子量: 22619.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Human Embryonic Kidney 293 cells / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CNTO607 Fab Heavy chain


分子量: 24461.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Human Embryonic Kidney 293 cells / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Interleukin-13 / IL-13


分子量: 12490.583 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13, NC30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35225
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY
配列の詳細FAB WAS OBTAINED BY PAPAIN CLEAVAGE OF ANTIBODY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
解説: The overall R-merge is very high because of very weak diffraction.
結晶化温度: 293 K / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 4.9 M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月22日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→63 Å / Num. obs: 13028 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK9.6Lデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREK9.6Lデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3G6A, 1IJZ

3g6a

1ijz


解像度: 3.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.823 / SU B: 28.326 / SU ML: 0.443 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.647 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26342 501 3.9 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 12362 100 %-
all-16206 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20 Å2
2--2.76 Å20 Å2
3----1.58 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.457 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4054 0 5 0 4059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9515670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7045536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.71624.78159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.07915647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.41514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.023132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.21865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2970.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0740.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.38722735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.75204332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it20.351401635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it26.417991338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 32 -
Rwork0.28 823 -
all0.28 --
obs--88.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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